ZFIN Data Reports from: 20 Jan 2021 |
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Category | Download File | Download w Header |
Column Headers | File Size | Number of Records | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Anatomical Ontologies |
Zebrafish Anatomy Term
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Show | 216 KB | 3,057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Anatomy Term Relationships
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Show | 178 KB | 5,910 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Anatomy Term Synonyms
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Show | 155 KB | 2,959 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Development Stage Terms
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Show | 316 KB | 13,380 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Stage Series
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Show | 2 KB | 45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Data |
Antibodies
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Show | 320 KB | 3,676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Expressions in wild-type
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Show | 480 KB | 8,649 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish Data |
Experiment Details
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Show | 836 KB | 21,905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish Components
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Show | 10 MB | 68,260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Backgrounds
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Show | 618 KB | 9,486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Features
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Show | 7 MB | 39,398 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Features (removed or displaced genes)
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Show | 40 KB | 378 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Innocuous/Phenotypic Construct Details
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Show | 2 MB | 25,331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression |
Expression data for wildtype fish
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Show | 37 MB | 216,559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression Environment Description
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Show | 859 KB | 12,413 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression Experiment-Figure
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Show | 18 MB | 420,640 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Gene Expression by Stage and Anatomy Term
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Show | 33 MB | 420,776 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Antibody Expression Assay Records
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Show | 2 MB | 18,252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Expression Assay Records
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Show | 18 MB | 138,673 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genetic Marker Relationships |
Genetic Marker Relationships
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Show | 12 MB | 116,863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genetic Markers |
Genetic Marker
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Show | 10 MB | 172,074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Previous ZFIN IDs
(includes former and current ZFIN IDs for merged data) |
Show | 1 MB | 35,399 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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SNP Data
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Show | 149 MB | 2,673,622 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Feature Data |
All Genomic Features
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Show | 7 MB | 71,880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Construct Components
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Show | 1 MB | 13,699 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Feature Data for CZRC
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Show | 11 MB | 71,541 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Features and their affected genes
(alleles, deficiencies, translocations) |
Show | 7 MB | 52,599 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transgenic Insertions
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Show | 3 MB | 31,961 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Disease |
Gene to Disease via Orthology
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Show | 1 MB | 8,062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Disease/Models
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Show | 326 KB | 3,261 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Image Data |
Image-Figure translations
Note: |
Show | 6 MB | 124,409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Knockdown Reagent Data |
CRISPR
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Show | 776 KB | 5,968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Morpholino
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Show | 1 MB | 10,494 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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TALEN
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Show | 102 KB | 748 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mapping Data |
Mapping Data from the 6 Zebrafish Mapping Panels
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Show | 1 MB | 36,500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Orthology Data |
Drosophila and Zebrafish Orthology
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Show | 8 KB | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human and Zebrafish Orthology
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Show | 5 MB | 41,697 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mouse and Zebrafish Orthology
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Show | 4 MB | 30,226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypic Zebrafish genes with Human Orthology
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Show | 172 KB | 4,002 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype Data |
Ameliorated Phenotypes
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Show | 1 MB | 4,735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Labeling Phenotypes
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Show | 922 KB | 2,883 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Exacerbated Phenotypes
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Show | 168 KB | 670 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish with Phenotypes
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Show | 36 MB | 161,286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish-Figure relation
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Show | 2 MB | 56,060 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression Phenotypes
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Show | 7 MB | 25,865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype Environment Description
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Show | 1 MB | 15,373 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype for Zebrafish genes with Human Orthology
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Show | 6 MB | 52,981 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype of Zebrafish Genes
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Show | 31 MB | 126,392 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Previous Names |
Previous Names
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Show | 13 MB | 189,497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Publications |
Fish-Publication relation
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Show | 4 MB | 117,288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene-Publication relation
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Show | 31 MB | 584,876 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype-Publication relation
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Show | 3 MB | 91,365 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Bibliography
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Show | 8 MB | 34,554 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker IDs / UniProtKB IDs to ZFIN Pub IDs & PubMed IDs
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Show | 7 MB | 105,538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Publication IDs: ZFIN IDs to PubMed IDs
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Show | 1 MB | 43,746 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sequence Coordinates |
Assembly: Ensembl
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Show | 158 MB | 1,152,227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Complete Assembly Clones: Ensembl
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Show | 4 MB | 51,655 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transgenic Insertion: ENSEMBL
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Show | 2 MB | 15,224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene Models
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Show | 65 MB | 620,151 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Antibodies: Ensembl
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Show | 204 KB | 934 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Expression: Ensembl
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Show | 2 MB | 12,167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Phenotype: Ensembl
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Show | 928 KB | 4,175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Knockdown Reagents: Ensembl
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Show | 3 MB | 24,124 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sequence Data |
Transcripts
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Show | 5 MB | 55,166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene IDs indirectly and directly associated with Sequence Accessions via cDNA & EST
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Show | 6 MB | 129,559 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene IDs indirectly associated with Sequence Accessions via cDNA & EST
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Show | 1 MB | 41,504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to Ensembl IDs
(Only associations with 1:1 relationships between ZFIN marker IDs and Ensembl IDs are stored in ZFIN. All associations can be obtained using BioMart http://www.ensembl.org/biomart/martview) |
Show | 1 MB | 26,601 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to GenBank sequence data
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Show | 6 MB | 144,777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to GenPept protein data
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Show | 1 MB | 42,743 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to InterPro protein data
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Show | 316 MB | 6,881,256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to NCBI Gene data
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Show | 1 MB | 23,233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to RefSeq sequence data
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Show | 4 MB | 87,880 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to Sanger Vega data
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Show | 2 MB | 38,875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to UniProt protein data
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Show | 2 MB | 57,285 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Wildtype Lines |
Wildtype Lines
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Show | 1 KB | 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Identifiers |
ZFIN Identifiers
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Show | 22 MB | 256,788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Externally Hosted Files:
The 'File Name'-links point to the latest version. To obtain previous versions you have to check the archive of the external source.Category | Description | External Source | File Name | Update Frequency | Format / Header | |
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Gene Ontology Data |
Gene Ontology (GO) Annotations of Zebrafish Markers
(see also GO Annotation File format at the Gene Ontology Consortium) |
geneontology.org | gene_association.zfin.gz | weekly | ||
Anatomical Ontologies | Zebrafish Anatomical Ontology in OBO Format | Obofoundry | zebrafish_anatomy.obo | quarterly | OBO file format |