Genomic Feature
nc100
- ID
- ZDB-ALT-231024-2
- Name
- nc100
- Synonyms
- None
- Affected Genomic Region
- Construct
- None
- Type
- Allele with one deletion (1)
- Protocol
- Lab of Origin
- Bautch Lab
- Current Source
- Other Pages
-
Notes
| Comment | Citation |
|---|---|
|
Genotyping protocol: For detection of WT variant, use ... |
Zebrafish Nomenclature Committee |
Variants
- Variant Type
- Small Deletion
- Variant Location
- Chr 25: 2282059 - 2286667 (GRCz11) (1) Details
- Nucleotide change
- GAAAGGAATCGTTTACCGAACCGAGTCACTAAACAAAGTGACTCATTTGGCGGAGGCTCG TCGAGGGTGTTTTGTTGATGTACTGTTCTAGTGGGGGATGGGCGCTCAAAGAAGGCGGAT CTCCGGTGCTCCAATCCCCTGCCGTCCCCTCGTCCTTTAAAGAGCTCTTTGTGTCAATCA CGCGTTTTTTTCGCCCTCTTTCCCCCCTTCATCGCCATATTGGGCACCGAAAAGCCTCGC CTTGTTATTTCTCTTCCCCCTTTTTTTTTACTACGCGTCTACGCCTCGCAGTTGACAGGA GTGGCCATCGCGAACGCTGCTTTTGTTTTGATGATCGTCTTGTCGATGTTTTTTTCGCTC ATGCGGCCCGTCGTTGTGGATCGCGTTGGAGTAGCTCTGTAACAGCTGTGTTTTCGTCTC AAAAATGTCCAATGTTCGCTTGTCTAATGGCAGCCCGACGCTGGAGCGGATGGAGGCGCG ACTGTCTGACCAACCGAAGCCGTCGGCATGTCGAAACCTGTTCGGGCCGGTGGATCATGA AGAGCTGAAGAAGGACTTCCAGCGGCAGCTCCGGACGATGGAGGACGCGTCGGCTGAAGC CTGGAACTTCGACTTTTCCACGCACACGCCGCGCGCCGACGGTAGATATCAGTGGGAAGC GCTGGATATTCGCTCGGTGCCCGGTTTCTACAGCCGATCGGAGCGGGGGAAGGGCTCCGA TATTCACATCTCCTCCTCTGGGAATAATAACGACAATAACGTGGATGTTAACGGGAATCA CGACTGTAGGGTAACGGAGCAAAGCGCGGAGACGCCCGAAACGCTCCGAGAGCCGAGGAA AAGAAGCTCCTGTCTCGGTATGTGCTTTGAATTTTGACCGTTAAAAACTTTAAAATGTTG ACCGTTGACATTTTAAATCAAACCGAAAACGGTTTATTTATAGCCTACGTGTGTATGGGT GTATATGATGTGGCTTATGCTCTATATCTCGGAATGTGTTTAACGTTATTAGTTTTAAGC TTTTCAAACCTACATAACAACTGCGTTGTGCTTGTGACGAACTACGTTTAATTAATACGT TAAATCTACATGTACTACTTTCAAAACTAAAATGGCTGTATTTTAAATTAGTTGTTTTAA CTTTTGTTAACTCAAATATGGACAAGTCCAGCTGTTGCGTTAAGTTTTTCCAGGTAAATT TAAATTACACTTAAAACACAAGCGTTGGGTTTGTGTGTAGTTGACCCACTTGAGTTGTAA CTATTTTTAGTGTACAAAAACTAAATTATACATTTCATACGCACTTTTAAGTAGTTGTAT TTTGTAGTAAAATGGAGTTTAATCCTTAAAACGATAATTTATTTAGCTATTTACATGTGT TTTTGTTCTTTTCAACCAGTGTTTGACAATTAAATACTTTTTTTTATTATGTCAGACTCA TCGTGTCAAAGCAAACGCTCGCACATCTGTGTGGATGAAGTGACCCGAACGCCCAGAAAA CCCAAAAAACCCAGAAAACCATTGAGTCCGACACCCACATAAACACAATGAGGTAAGCAC AACATTTTATACTTGAATATTGTGTTATACAGAAAGTTTACAGTTGTTTATTGATTCTAT ATAACAGGGGCACATGTCTAAAAAAGAAAGGATGTGTTCTAAAATCTTTAAAAACACTAC TCGATTTAACATTAATGTACCCTAACGTCAACTTAACGGTTATATAAATATAAAACATCC GGCTTTTTCCGTATAATAACCTAAAGAGAGTGCGTGTGTGTGAATGTGAAAGGGTTAAAA TGGTGCGTTTACTACGAGAGCTCGAGTTTCCTTCAGAGTGAAAAACATTTTACACGTCAG CAGTGTTCACTATCGAGGGACTTCAGAGTGTCATTCACACCTCCACTCGACTACTATCAT CTGAAACCGCGCATATATAATCACAAGTTCGCGCTAGTATCCTTTAAGTGCAGGTTTGAG GTGTAAAACCGAACACCTGGAGTCTGATTGCAGGTCGTGTCCGTAAATCTGATGTAACTT CAGGTTGTTGTGTGCTCAGTTTAGTCATGTGAGGAAATGTGCAGCCAAATCGATATGTCA GAGAGCAAATAACAGTCGGTCACGGCGCATTTATAAAGTCATAACATCAGTAATGAGGAG TGTTTTGCTTTGGTGGGACTCCAAATGTTTCGTGAGCTCATTTTTCCAGTGTTTTTGTTT CCTGCTGTAGTTTCATTCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTGGGTTGTGCTGCTAGTT TGGTTTGTGGTGAAGTCGAGTCAGAAGTGAAGTTATCTGCAAGAGTCAACAGTTTTATTG CTGTTTGTTTATACGTATGTGTAAAATGAAGTTAAGATGAAGTAATAATCATTCTGAAGT AAATTAATAATGGACTGATCAAATATTTGAAGCTATAAATAGGCCTGAATGTAAAGATTA TTTCAGTGTGTTGCGCAAGAGTTCAGTTTTTGTATTTTAGATTGTCATATTTAATTTATT AAGTTAAATGTGTCCTTAAAGTGTTGCATAACTTTTAATGGCTTGTTTTTAGCTCATTTT AATTCAATAACATTTGAAGAAATGTGTGGAAATGCTGATATACAGTAAAAATGTGACATG TTTTTAATATTGCGTTAATTTGTTAAGCATATATTTATATGTTTAACTTAACATTTGATT GGTGCAAGTTGAGATGACTGAGGTTCATTTAATTTAACTAAAAATGTTCAGGCAGCAAGA TTTTTGTTTATTTAGTTTTGTAGATTTCATTTTAATCTGTTTTACATTGGATTAAATTTG AAATTGTGAAGTTATAAGTTGAATAATGGAGTTTGTGTAATAAAAAAAATCTGTTGTGAG TTATTTTAGTTATATAATTATTATATATAACAAAGATAAACGTTTATAGGCTACTTTTAA ATAAAACAAGAAAAAATAAAATGAAATATTTCTAAAAGTTTAGTTTGGGCTTGCTGCCAA GAAATAACGTCACTTAAAATAAAAATAAAAAATACAGACAGAGTTGCATCTTTAAAAAAG TGAACCCAAAAATAAGCAAAACGCGCAACAAAAACTCAAACTACAATGAAAACTTGTGTC TGTAGATGTCAGAGTAAAGCTGAAATACACTGAAATCTGACAGTGTGTTTATATTGCTTT AGTTAAATTTATTCATATACACTTAACTTGACATTTGATCGGTGTAAGTTGAGATGACTA AAGATAATTTAATTTAACATAAAACATTGAAGCAGCAAGATTTTCCTATTTTGTTTTGGA GAGTTTACTCAGTTTTTACATCGGATTAAATACAAAATTGTGAAGTTATAAGTTGAATAT TGGCGTTTGTTAAATTAGAAAAAAATCCATTATTCCAGATCTTGTATTTAAAAATGTAAT GTTCAATCTGTTGTGAATTATTGTAGTTAATCAAGGTAAATGTTTATATGCTACATAAAA CAAACAACAAGAAATACAATTATATATTTGTGAAAGTTTCATTTGGGCTAGTTGCTCTCA AAAAATGACTTTTGCTACTTTTGTTTAAACGACTTCTTTTGAGTTGATACAACACAATTC TTAAGGGTTTTTTGAGGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCAATCCAGTTAAATTTAGAAA AAAACAATTAAGGTAACGTTTTGGGACAATATGACGGAAATTTGTGGAATTCAGTATTGT TTACAGTGTGCCAAGAAATAACTTTTCTTTTGGTCTGTATTTTCACTTAAAGTTAAGTGG CTCCTTTAAAAAAAAAAAAATAACCAAAAATGCTGAAGCATGCAACAAAAATTCTAACTA TAGTTAAAAAAAGATTAATGTACTCTAAAATATCTGTCAATTTTACATTTAAAACCAAAT GTCTAAGTAATCTTTTTCTATGTGGTGTTTATATCTTGCATTTAACACTTACTAATTCTC TGTAATGTTTCCCGACAGGCCTGAAGATGTCGTCATTGTCGTCGCTTCGATGACCTCAGT GCCTGGTGGCTGATTTTTCTATATATTTTGTTTGGGCGTCTGAAAAACAGAGGAGCGAGG AGGGGGAATAAAGAGACATATCAACTCTACGAGTGTGTTCAAGCACTGAATCAGAAACAC TAAAAACTTCTGGCACTCAACAATAAAGCAACTGCCTCTGAGAGCAGTTAATGTAGCAGT GTGCAATTAGGTTGAATTTCCTTTTTTGCTCATATATTTTGTTTTCTTACTACCTGTGTA TATACATTGTTTCCTTTTTCCCTTATGTAGCACATAATTAGTATTATGTTGTAAAAATGA AAGATTAAAAAAAAAAAAGTATATTGTTTTATTTTTGGAGGTGTGATTTTGGTTTGACTT GAAGAGCCACCGTTGTTGCCGTGTGTAGATTATTTCCAAAATGCTGTTCATTATTGTTTG TGTTGCATTTAATTTGCATATTGGTTGTGTAGTAAATTTATATTTGGTACACATAAAAAA GCACCGTTTTTGTTTTGGATGTGAACATCTCAGTCTGTTTTAATTGTTAAAATCTCAAAC TCTGAGGTCAAACCTTGTAGCATCGACCAGTATTACTATCAGGCACTTC/-
- Variant Notes
- None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
- DNA/cDNA Change
- 4609 bp deleted (1)
- Transcript Consequence
- None
- Protein Consequence
- None
- Flanking Sequence
-
AAGCGTTTGCGTAAGATCCACTTTTTTTTTTTTTTACAAGCCAGTTACAAAACAAGACATGAAACGTCACGAATGAACCGAATCTTTTAAACGAATCAACGGAACAATAGATGCCCGAATCACTCGATTGTAGTAAAACTATTTGGGAGTAATTTAAACAGTTTTGGAGTACATATAATAAAACAGCAATTATATACAAAGTCAATAATTCGACATTATTACTAAGTGCACGGTCGCTTCATAGGGAACTGCTGAATTAAGATACATTTGGCTTTATATTCGCACATTTGGACTTTTTTAACAATATAATTTCAGAATAATATTATTTGCCAGTTCTAAATGGGGAAATCATATTAGCAGTTACTGACTCTCAAAGTACAACTTTGTTCACAGTCAATTAAATAGTGATGATGTTGTTTTCAAGTTATACTAAATGCGATTTCAGAGCCAATGTAGCGTGGTAAACAAGAACCAACTTTACCTCAATAACTGCTGCGAGT
GAAAGGAATCGTTTACCGAACCGAGTCACTAAACAAAGTGACTCATTTGGCGGAGGCTCG TCGAGGGTGTTTTGTTGATGTACTGTTCTAGTGGGGGATGGGCGCTCAAAGAAGGCGGAT CTCCGGTGCTCCAATCCCCTGCCGTCCCCTCGTCCTTTAAAGAGCTCTTTGTGTCAATCA CGCGTTTTTTTCGCCCTCTTTCCCCCCTTCATCGCCATATTGGGCACCGAAAAGCCTCGC CTTGTTATTTCTCTTCCCCCTTTTTTTTTACTACGCGTCTACGCCTCGCAGTTGACAGGA GTGGCCATCGCGAACGCTGCTTTTGTTTTGATGATCGTCTTGTCGATGTTTTTTTCGCTC ATGCGGCCCGTCGTTGTGGATCGCGTTGGAGTAGCTCTGTAACAGCTGTGTTTTCGTCTC AAAAATGTCCAATGTTCGCTTGTCTAATGGCAGCCCGACGCTGGAGCGGATGGAGGCGCG ACTGTCTGACCAACCGAAGCCGTCGGCATGTCGAAACCTGTTCGGGCCGGTGGATCATGA AGAGCTGAAGAAGGACTTCCAGCGGCAGCTCCGGACGATGGAGGACGCGTCGGCTGAAGC CTGGAACTTCGACTTTTCCACGCACACGCCGCGCGCCGACGGTAGATATCAGTGGGAAGC GCTGGATATTCGCTCGGTGCCCGGTTTCTACAGCCGATCGGAGCGGGGGAAGGGCTCCGA TATTCACATCTCCTCCTCTGGGAATAATAACGACAATAACGTGGATGTTAACGGGAATCA CGACTGTAGGGTAACGGAGCAAAGCGCGGAGACGCCCGAAACGCTCCGAGAGCCGAGGAA AAGAAGCTCCTGTCTCGGTATGTGCTTTGAATTTTGACCGTTAAAAACTTTAAAATGTTG ACCGTTGACATTTTAAATCAAACCGAAAACGGTTTATTTATAGCCTACGTGTGTATGGGT GTATATGATGTGGCTTATGCTCTATATCTCGGAATGTGTTTAACGTTATTAGTTTTAAGC TTTTCAAACCTACATAACAACTGCGTTGTGCTTGTGACGAACTACGTTTAATTAATACGT TAAATCTACATGTACTACTTTCAAAACTAAAATGGCTGTATTTTAAATTAGTTGTTTTAA CTTTTGTTAACTCAAATATGGACAAGTCCAGCTGTTGCGTTAAGTTTTTCCAGGTAAATT TAAATTACACTTAAAACACAAGCGTTGGGTTTGTGTGTAGTTGACCCACTTGAGTTGTAA CTATTTTTAGTGTACAAAAACTAAATTATACATTTCATACGCACTTTTAAGTAGTTGTAT TTTGTAGTAAAATGGAGTTTAATCCTTAAAACGATAATTTATTTAGCTATTTACATGTGT TTTTGTTCTTTTCAACCAGTGTTTGACAATTAAATACTTTTTTTTATTATGTCAGACTCA TCGTGTCAAAGCAAACGCTCGCACATCTGTGTGGATGAAGTGACCCGAACGCCCAGAAAA CCCAAAAAACCCAGAAAACCATTGAGTCCGACACCCACATAAACACAATGAGGTAAGCAC AACATTTTATACTTGAATATTGTGTTATACAGAAAGTTTACAGTTGTTTATTGATTCTAT ATAACAGGGGCACATGTCTAAAAAAGAAAGGATGTGTTCTAAAATCTTTAAAAACACTAC TCGATTTAACATTAATGTACCCTAACGTCAACTTAACGGTTATATAAATATAAAACATCC GGCTTTTTCCGTATAATAACCTAAAGAGAGTGCGTGTGTGTGAATGTGAAAGGGTTAAAA TGGTGCGTTTACTACGAGAGCTCGAGTTTCCTTCAGAGTGAAAAACATTTTACACGTCAG CAGTGTTCACTATCGAGGGACTTCAGAGTGTCATTCACACCTCCACTCGACTACTATCAT CTGAAACCGCGCATATATAATCACAAGTTCGCGCTAGTATCCTTTAAGTGCAGGTTTGAG GTGTAAAACCGAACACCTGGAGTCTGATTGCAGGTCGTGTCCGTAAATCTGATGTAACTT CAGGTTGTTGTGTGCTCAGTTTAGTCATGTGAGGAAATGTGCAGCCAAATCGATATGTCA GAGAGCAAATAACAGTCGGTCACGGCGCATTTATAAAGTCATAACATCAGTAATGAGGAG TGTTTTGCTTTGGTGGGACTCCAAATGTTTCGTGAGCTCATTTTTCCAGTGTTTTTGTTT CCTGCTGTAGTTTCATTCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTGGGTTGTGCTGCTAGTT TGGTTTGTGGTGAAGTCGAGTCAGAAGTGAAGTTATCTGCAAGAGTCAACAGTTTTATTG CTGTTTGTTTATACGTATGTGTAAAATGAAGTTAAGATGAAGTAATAATCATTCTGAAGT AAATTAATAATGGACTGATCAAATATTTGAAGCTATAAATAGGCCTGAATGTAAAGATTA TTTCAGTGTGTTGCGCAAGAGTTCAGTTTTTGTATTTTAGATTGTCATATTTAATTTATT AAGTTAAATGTGTCCTTAAAGTGTTGCATAACTTTTAATGGCTTGTTTTTAGCTCATTTT AATTCAATAACATTTGAAGAAATGTGTGGAAATGCTGATATACAGTAAAAATGTGACATG TTTTTAATATTGCGTTAATTTGTTAAGCATATATTTATATGTTTAACTTAACATTTGATT GGTGCAAGTTGAGATGACTGAGGTTCATTTAATTTAACTAAAAATGTTCAGGCAGCAAGA TTTTTGTTTATTTAGTTTTGTAGATTTCATTTTAATCTGTTTTACATTGGATTAAATTTG AAATTGTGAAGTTATAAGTTGAATAATGGAGTTTGTGTAATAAAAAAAATCTGTTGTGAG TTATTTTAGTTATATAATTATTATATATAACAAAGATAAACGTTTATAGGCTACTTTTAA ATAAAACAAGAAAAAATAAAATGAAATATTTCTAAAAGTTTAGTTTGGGCTTGCTGCCAA GAAATAACGTCACTTAAAATAAAAATAAAAAATACAGACAGAGTTGCATCTTTAAAAAAG TGAACCCAAAAATAAGCAAAACGCGCAACAAAAACTCAAACTACAATGAAAACTTGTGTC TGTAGATGTCAGAGTAAAGCTGAAATACACTGAAATCTGACAGTGTGTTTATATTGCTTT AGTTAAATTTATTCATATACACTTAACTTGACATTTGATCGGTGTAAGTTGAGATGACTA AAGATAATTTAATTTAACATAAAACATTGAAGCAGCAAGATTTTCCTATTTTGTTTTGGA GAGTTTACTCAGTTTTTACATCGGATTAAATACAAAATTGTGAAGTTATAAGTTGAATAT TGGCGTTTGTTAAATTAGAAAAAAATCCATTATTCCAGATCTTGTATTTAAAAATGTAAT GTTCAATCTGTTGTGAATTATTGTAGTTAATCAAGGTAAATGTTTATATGCTACATAAAA CAAACAACAAGAAATACAATTATATATTTGTGAAAGTTTCATTTGGGCTAGTTGCTCTCA AAAAATGACTTTTGCTACTTTTGTTTAAACGACTTCTTTTGAGTTGATACAACACAATTC TTAAGGGTTTTTTGAGGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCAATCCAGTTAAATTTAGAAA AAAACAATTAAGGTAACGTTTTGGGACAATATGACGGAAATTTGTGGAATTCAGTATTGT TTACAGTGTGCCAAGAAATAACTTTTCTTTTGGTCTGTATTTTCACTTAAAGTTAAGTGG CTCCTTTAAAAAAAAAAAAATAACCAAAAATGCTGAAGCATGCAACAAAAATTCTAACTA TAGTTAAAAAAAGATTAATGTACTCTAAAATATCTGTCAATTTTACATTTAAAACCAAAT GTCTAAGTAATCTTTTTCTATGTGGTGTTTATATCTTGCATTTAACACTTACTAATTCTC TGTAATGTTTCCCGACAGGCCTGAAGATGTCGTCATTGTCGTCGCTTCGATGACCTCAGT GCCTGGTGGCTGATTTTTCTATATATTTTGTTTGGGCGTCTGAAAAACAGAGGAGCGAGG AGGGGGAATAAAGAGACATATCAACTCTACGAGTGTGTTCAAGCACTGAATCAGAAACAC TAAAAACTTCTGGCACTCAACAATAAAGCAACTGCCTCTGAGAGCAGTTAATGTAGCAGT GTGCAATTAGGTTGAATTTCCTTTTTTGCTCATATATTTTGTTTTCTTACTACCTGTGTA TATACATTGTTTCCTTTTTCCCTTATGTAGCACATAATTAGTATTATGTTGTAAAAATGA AAGATTAAAAAAAAAAAAGTATATTGTTTTATTTTTGGAGGTGTGATTTTGGTTTGACTT GAAGAGCCACCGTTGTTGCCGTGTGTAGATTATTTCCAAAATGCTGTTCATTATTGTTTG TGTTGCATTTAATTTGCATATTGGTTGTGTAGTAAATTTATATTTGGTACACATAAAAAA GCACCGTTTTTGTTTTGGATGTGAACATCTCAGTCTGTTTTAATTGTTAAAATCTCAAAC TCTGAGGTCAAACCTTGTAGCATCGACCAGTATTACTATCAGGCACTTC/- CATGGAGCGTCTCGCGCCCTCTTAAATTATTTCTGTAAGAAGTTTTCTTGATCATCTGTAATTTTTGCGTGAGTTTTTTT ... - Additional Sequence
- None
Fish
Supplemental Information
- Genotyping protocol
- None