Genomic Feature

ka709

ID
ZDB-ALT-210831-2
Name
ka709
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Strähle Lab (Closed)
Current Source
European Zebrafish Resource Center (EZRC)    ( order this )
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Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 25
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 25: 15031604 - 15034614 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
AAGAGGGTAAGAAGGGCAAACCTGTCAACAACACTCATGTCTCGCATAAACAACCTTCTAGTCTTGTCTGTATGCTGCGCTTGCGTAAGACCTTACAGCGCTCAGCAATATCAAATTACTAATCCTCTCAAACTGGACGTACTTGCATAGGAAGGTTGTTGGCCATGGTGAAGCTTGGCATTGGTGGCAGGGCGCTGTATGTGTTCGTAAGAGCTGTGTCTGATCTGCCCAACATGGAGCCTGACGTAAAGGATACTGTTTAAAGGATAAAAATGCACACTTAGTATCTTGCTTATTAGAAGTAGTGGGTGCATTCGAGTAGATTGGGACACTTTTGCCATTGAGATGACTGGAAAACAATGTCCCAGTCAACCCAAATTTGCACTTGATTAAATAATGTTTGCTTTATTAAAATAGTATTTGCTTATCAATCATTTTCAAGCGTTTACCTGGCGTTGTGGGCTGAGGGATTGGTTGATAGACACTTGTGCTGAAGCTGCTGCTGATGGGTATGTGACTTGAGGAATTACTGGCTTGTCTTCTTTGATTTCTTAACTTTTCCTCCCTCCTCCATTTCGCTCTTCTGTTTGAGAACCAGACCTGGATGCACATATTTTTGTTTAGTTGGTGTGAATCTATATATATAGACAATTTTGCTGCAGATTTAATTTTCAAATACATATAGATTTCCATAAGGATTTCCATATTATGCAGAATAAGAGCACCTCTCTACATATTTTATACAAAAATATTGAATTTTGACAGATGAAATAACATTTTAAAATAACAAGAATAATTACTTAATTGTAGAAAGGTTTAGACTTATAAAATTATTTTTATTTTACTGAAAATATGGTACTTTTCTATATCATTATTTTCAATTTCAAATGTTTTATAGATTTTTTATGCAATTTAATTTCTCAAATGCATAAATGTGTTACAGAAACATGAAATATAACATATTTATATTATGAAATATGAACAATTAAATAAACATTCTTTAAACCATTTTAATGTACATATTTATGTTTAATTGGTTATCAATAATTAAATAGAGCAGGTAATAGAAATACAGACCCTGTAGAGTAGTATAGAGCTTAAAGGTCCCTAAAGCGCTTTGAAATGTGCAGTTTTATTCGATGTTTGACCTAATCTCAACTGAAACATGAAGACAGGGTGGAGCAAATAGTAACTCCTCCCCTTTTTGTAACAGCTCTGTCTGTGAGAGTGGTCAAGCTCAAGCACATATAGTAATAGCATCTTTAAGGGGGTGGGACATCTTAGATACTAGAGAGCATTTAATTGGTCAGAGGATTTGATGGTAAACTGATGTACATTTGACATCAGAATTATTAGCCCCACTTTGAATTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCTCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATATTTTTTTTTCTTCTGGAAAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTACATTTTTAAAAAAACATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTAATTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAATCGTTATCCAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAGTCAGTTATTAGAGATGAGTTATTGAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAAATCTTCTCTCTGTTAAACAGGAATTGAGGAAAAATTAAATGGGTGTGGGAGGGGGGGTCTCTGCCAATTAAACTTTGGCTAATAATTCAGGGGGGCTAGTAATTCAAATCATAATTTGGCAAATATTTAAAAAAGAAAAAAATCAAAGGGGAGCTAATAATTCTTACTTCAACTGTACATGGGGGTTTATTTCCTGTTGAAACAGGAACTTTGAATGCTAATTTGTTTTTTTTTTTGGTTTTATTTTATAAAGTAAAATGTATTCATTTAGATCACAGATACTTGATAGTGATAGCGATACTAGACAGATACAAATCGATTTAGTGTGTGGGACATTCTCATTCTACAGAGCGTCTGACTGGATGGAAATGATGAGTCATCAGTATTTTTGTTGTTTCTTCTGAAGGAGAGATTTACTTGATTTATTAAAAACTAAAATGTTGTTTTCATAACAATAGTTTACATGCCAAAAATCTTGTAAAAACAAGCATTATTTGACGATGCCTATTCATCCTGTTTTTGTACATTAGTTTGTCCTGTTTTCACTCACCTGTATTCTTGCTTCTGGTAAATCTATTTTTGCAGCAAGTCTTTCTCGTGCAAAAACGTCAGGGTAGTGCGTTCTTTCAAACTCTGGTGGAAACAAACAAAAATAGGAAACATTTTGAAAATGCTACAATATTGGGCAAAAAAGTTAAATATTTGATATTTTTTAGGGCCGGGTAACTTAAATGTCCGCATTTGATTAGTTTATTACAAATAATTAATATGGCTTAAACACACTTGCTATTGATATTTTTTAAAAATGAACCATAAATATTTAGTATATTTTAGTTTAGTATAAATAGTTTATTATATTAAAATCTTTTATCTTAAGCACAAATAGTTACGTATAAACATAAATCATCACTTTATTGCAAATGCATACAAGTTTGAATCTGGAATACAGAACATAAGAATATTAATCAATTCTTTTAAGGACATATATTAAACTAGCCACATTTCAACAAGTTATATTGTTCCTAATTATTTTGTTAGTTTGTAACAGATGCTGTAATATTCGCTATAATCTCCATGTTTACCTTTTTCAAGTGCTTCTATTTGTTCTTGTGTGAAAGAAGTGCGATTCCTTTGCAGTTTTCGTTTAAGCTGAAGCCTCATTTGGGTCTCATCTGAGTCCTCGCCATTGGAGCTTATTGAGTTTGTGTTCTCACCGCCTCCG/-
Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
3011 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
TAAATATTATTTATATTACTAAATATAAATATTTTTAAACCACTTTAATATTAATAATTAAGCTTGTCATATTATGTAATTGTTAAAGAAAATGCATAAATATTTTAGGATTTTTTAAATTCAAAATTTAATAAATGTAAATGCAGAATGTTTAGGTTTTACATTTTACGTTTACATTTCTTAGAGCATGTTTCTTGATAGTGCACATTGTAGCAAAAAAAAATAATTATTATTTTGTAAATATATTATTAATTTAAATTTTAAAAAGTTCAATATTCAGATTTTAATTTTTTTTTATTATTTTTTTATTTTTTTATTTTATTTTATGCAAATTCAAATGCAAATTCTCTTACCCGTTGAGGTTGTGCCCGAGGCGGCCATTGATTGGCTGTTCATATGCGCCTGCATGTGCGGGGGTGTGTATGTGTCATAGCTCCGCCCGTTTACTGAAGGACTAGTGGGCAACATGCAGGAGTAGGATGAGGTCTGGCTGGGCTGTG
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Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
pax6aka709/ka709Homozygous♀+/- ♂+/-Fig 6 with image from Takamiya et al., 2020
pax6btq253a/tq253a; pax6aka709/ka709ComplexFig 8 with image from Takamiya et al., 2020
pax6btq253a/tq253a; pax6aka709/ka709Complex
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
TSV
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