Genomic Feature
pd324
Notes
Comment | Citation |
---|---|
10 kb CDS deletion spanning from before first exon to after last exon, via ... | Thompson et al., 2020 |
Variants
- Variant Type
- Small Deletion
- Variant Location
- Chr 7: 39166509 - 39176430 (GRCz11) (1) Details
- Nucleotide change
- AAAGGCGGATGCTGGAGAAGAGTGAACACAGCAAACTTCAGCCAGAGTTTCAGTGAGGGAACTTTCGACACAGAAAACAAGTGAGTTCTAGCTGTTTTTACACACCAGCACTTCTCGTCGGACTATTGTTTGGCTTTCTGTTTGTTTTAACGTTACTCCCTGAACTTTTTGAAAAGTGCCATTGGAGAGTTTTACCGCGTAAAGAGCAGTTTAGATGTTTTTACTGCCACGATATTTAAAACACTGTCAGAAACTTGATTTTGATATGGTGTGAAAAGAATGTTAAAAATACTATAAATGTGTTGGCAATGCTCTTGAGTAAGTGTCGAGTTTTCTGTTATCTATCAATAAAACATAAGCGATATGGAGTGAGTGGGTTTGTTATGTGCACTAGTTTTTCGTTGAGGAGGATGAGTTAGTCAAGAGCTGTTTAACTCAGCACAAGATATTTAAAAGGTGTCAAAGTCATAATTCAAAATAACCATCAACTTTTTTTTGCGTAAAAAGCAGATTATTTCTTTCTTTTATTAGTTTGTTTTGTCATAAGGGTAATAAACAGTCCTGTTATTATAATATTTTTATCTAATGGATTTTAATAAATGTAATATTCACTGTAAATGATTGCACATAATCTACAACTATGTTTAATATGCAAAACTACTAACTAACACAGTATCACACAGTTTGGTGGATATTGTACGTTTTAGCCAGTATGCTTGTAGAAAATCTAAGATCCTAGTTTCATAGTTTGAGACATTAAAATTAACTTCCCAGTGTCCCTTGAACCTGCTGACTGTTTATAAGGTTAGTATTATAAGCTGTCTCAAAGCATGATCTGCAGGCGATTTCTTTGCTCTCACTCACTTTAAGTGTGACCAATAGCTGCTATCTTTGCAGAAAAAAAAAGTATTTACACAAAGAATGTGGTTGTCTGCACTGATTCTGAGATGCTTGCCAGTGTTTTAAATATCTTGTTCTCACTGTACTTTTGAACTGCTTTTTTCAGTTTTACTGTCATCAAGGGGTCCGGGGACCCTGAGGGGCTCAATGGGACTGCTGAGGGGAAACCTTTAGAAAAAAAGAGCAAACAAAATGAAACTAAAAAATATTGCATTTCATTTTAAAAATACAGTTTAAAAATAAAGTTTCAAATAAAAATGGGCAAAGAAATAAACATTTACATCTGAAAATGTAAAAAAATAACATGAATAATTACAATCTTAGTAATTATAAAATAAAAATCTAAAATGACAATGTAAATATACATTTATAATTATAAACATGTTATAAACATAAAAAATATAGAACAAAAATATAATTCATAAAATGCATAAATTTAAAAAATCTTAAACTGAGCAATAATATATGAAAACATATTTATAACTAATTTTCTTTCACTTTCATATTTTTTATTTATCTTTATTATTATTTATTACTTTTTTTTAAAAACTTAATTATGTTTATTCAGTATTTCAATGGGAAGTTAGAGGCAGTTGAGGGAGGGAAGTGTTTATTAGGGGTAGTGCTAACAAGAACATGGAAACATAATGATAAAATACTGTTGTAATTGATATTCCATGTAAAGAGTTAAATGAATCTATAAATGATTAGGAATCATTTTTTGCAGTATAAATTGAGTCTTTAAACAAGAAAATAAATACTTTAGATGCTCCTGAAGAACCCAAGACCCTTTATCTAAAAAAATTACTAAGAAATGTGTTTTTATTTCTGTTACATGTGTCTGTGATGGGACAACAGCTAATGCTATAAATGGAGAATCACCATAATTCAACCCTCTTGCTAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGGGATCATTGTGCGTTTAATGCTCTTGGCTTCATTCACTCTCTCTCTTTCCTCTTGAATGGGGTGATTAAAGTGAGTATGGTCAAAGGGTGCAGGACAGAAAGGAAGAGGGCCTCGTTTCTTCTTTTCTTCTCTTGCTTTTTCAGAGACCCTTTCACCTGACCTGCATTCTGACCTGCCCCCCCCCTCTTCACTTCTCTCTCTTTAGACACTTTCAGGGCCTTTTCATCCAAGAGTGGGAATAAGAAAGTGCAAAAAAATGCCGTTTTATTGAAGCGATTACACATTCGGAGCTGTACCACTTCACAGCACTTCAGCAAAGTTGTAAACATTCAACCTTTTGCCCTTTGCCCTGTTTTTGTTGTGAGTTTGTGAGAGACGGAGAGTGAAAGGGGCTCTTTGGGTTTAAAAAAGGTGGGTAAACCCTTTTCAAAGCAGAAACAAAACAGAAAGTTAGAGAGTGAATAATTATGGAGTTATTTGTATAAAACACTGGGAAGTTAAAACGGTAGTATTGTGTGCATTAAAGATTGTATTTCACATGACTATAGAGGATAAATGGAGTGTGTTGGTATAGAGCCATCTGCATTAGAGCTACAAGCCTTTAACTCCAATAGCTGGGTGTCAGGCTATTGTTTTCCTCAGGGGGTTTGTGTTTAGCAACCAAAGTGCACTGATTCAGTCACTGATTTTTTTGTGAGGAAAAGGGTTGTTGTTTTTTTTTTAAGCGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTCCGAACTTTCAGATTTACAGGCCTCCAGCACCATGCTGGTCACAATTTCTGTCAGAAAGCATTTGCTGTAACACTTGCCTAATGCTGTGCAGCACTGGTCTGGTGACAGTGTGTGTGTGTGTGTCATCCAGCTGCACACGCCCATCAGAAAGAATGATGGGAGAGTGTGAGTGATTTATGACTGCTCGCCTCAGACCTGTGTTTGAGTAAATCTTGAGCCGAGGTGAACTTAAACAGCTGCTCCTGGTATGAACACTGTCTCCAGACGTCTCTCTCTCTCTCTCCTCCCCCATGCTGCTCCGTCAGTCCGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGCGGTTTAGATGACTGATAAAGCCAGTGCTGACTTGAACTCCCTCTGCACTTAATCTACAGACTCAGTACCGGCTCAGCCTTAAGGGCCTGCTTTGCTTCAGACTTAATGGAAGCACCTCCGTTTAATGTGCTCTTTCCAGAAACACGCAGCGCTGGTAATAGAATTTAAGAGTTGCAGAAAGGAGCCTCCGAATGGAGATCTGTAATTGAAAAGGCGCGCTGATAAGCGTGAAACTGTGCCATATGTCTGACTATGAGTGAAGTGGGTCAGAGCTTTGTGTTGTTTTCTCTGCTATGGAAATGAGTTTGAAGTCCAGCTGGTTGTGCGGCGAGGGACTCGTTCACTCTCCAACATTGGGTGCTGGAACGCACTGAAAAGATGTGAGGGGAGGAGAGAGGACCTGAGGAGGGGAGAGAAGAGAAACCGTGTGTGTCCAGCGGTCCTGCATTCCTCCACGCTTGTGATAATGGAAGCCCCATGGCGTATGATGAGTGAGTAAGGCCCTCAAAGAGTGTGTGTTTCTGAGGGAGGAATGGGGCTTTTAAAGGGCTTTCTATCTTCAGAGTGTACGAGATTTGTGTGAGAGTGTGTGTGTGTGAGAGAGTGTGGACCCAGCGGGTTAGAACAACCTCGTTAGGCCGTCTAAAACACCCCCCATCACACACACACACACACACACATTGCACAAAGAAGACTGCCTGATGAGAGATTTCGGAGAAAGGTCAGAGAAAAAAGGTGAGGAGGGGGAATTTTTGGACACAGAGAGGGGGTGAAGACATTTTTGGGCCAGCAAAATGGGGGTTGGGGTGCTCGAGATTTGTGTTTTTCTGAGAGAGGTTAGTCACGCTCCGCTGAGCGGCTGACACTTAATTACTGTTTGGAGGGAGTTGCAGGATTTACTGGGTCAACAGAATATTTTATAAACGGCTTTAGAAGAGCATTTAATGTCTGAGAGTGAGAGATCGAGGGTAAAAAAATAACAGAGATAGAGAGCATTTTTATTGCTTCTGCTTATGGTGACCCATTAAGGCCTGGTGTCTGAGTGATGAGGTCCAGCATTTGGGCTGGGACAGGAAGTTACAGCCCAGAGATATTGAGAATCAGAGTACTCCACTCAAACACACTGAGCAAGAGCAACACGTGCGCCAATACAGAGTGAAACAGACAACGTGAGCTGTATGAGAACCAAATTCAGTACAAACCTTATTAATTAAGCATCTATTAACAGCAAAACAGCCAACACTATGAACACAACACACACATCTTCACATTAAATACTCTTTACCCCATAGAATGCTTAATGTAGCTTATAAGATGAAGATATAAAAAGAGAAATTTGGTGTAAAGTTGATTAAAAATGTATACTATGTAAAGAAAAGCAGATGTGCTCAGAATATTAACTCCATTCATATTAGTTGTATGCCTCTCTTAGGTAGCGGTTCTAAAGAAAATGCTTAATGTGGCTTAACTGATGAAGACAGTGGCCAAATACCATTATCCATTCATTCATTTTCCATCGGTTTAGTCCCTTTATTCATCAGTGGTCGCCACAGCAGAATGAACCACCAACTTATCCAGCATGTTTTACACAGAGCATGCCCTTCCAGCCGCAACCCAACACTGGGGAGCACCCAGACACTCTTGCATTCTCACACGTACACTACGGCTAATTTAGTTTATTTAATTCACCTATAGCGCAACCTCCCAATGGACCTGTCAATCTCAATGAAACTCCAAGTGTTTTTACAAGAGAAAAGTTAAAAGCCTACCCGTCTTTGGATGCCAACAATTTTGTTCTGTGTAGTCATGTGCAAGAATTAATGTTCCATGATTGCCAGATTCAAAACTTTGTAGTGCTAAAAACCGAGGTTCTGCCTAGCCAAGACAAGGAAAGAAGACTGAACTGTGCAAGGCCTGGGTAATCATCAACAAGCAAAACTACTGCATTCTGACAGCGAACTGC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- Variant Notes
- None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
- DNA/cDNA Change
- 9922 bp deleted (1)
- Transcript Consequence
- None
- Protein Consequence
- None
- Flanking Sequence
-
TTCTTTGGGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCAATCTACTTTAATAGGTTAGGTTAACTTAATGGATTTGTTTTTCGCGCAACATGATTAAATTGTGCGCAATCCTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTATTAGCTTTTTTTCTACACAGGTTTGCAGTTATTTTACTGATTTCTATTTTATTTATTTTTTGCTTGGTCCAGTGCTACACGTTTTTAAAAACACAAACTCTGTTCCTCGATTTGTAAGGTATTGGTTTCTGTACATTATTTGATTCATTCTTAATTATGTTATTATCATTGTTATATTGTAGTTATTACATTTTGCAGGTTGAATAAAGTCTAGAAAAAAAGTCTCATGGCTGTGACTGATGTTTATTGAGTGATGCTGACGTACGGTTTGACGTCACCGCGGGGTTAATTTATATGGGGTTCAGGGGGGGGCGAGAAACAGATTAAATTAGTTAGGGGGGAAACAAAGAGCCGGAGCAGCGCAT
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GACTCTTTCATGCGCGAGGGCGATCGGAGAATAAAATGCCGTTGTTTATCGTGTAGTTCAGCCACTCCTCTGCTGTTTCC ... - Additional Sequence
- None
Fish
Fish | Genomic Feature Zygosity | Parental Zygosity | Affected Genomic Regions | Phenotype | Gene Expression |
---|---|---|---|---|---|
mdkapd324/pd324 | Homozygous | ♀+/- ♂+/- | Fig. 3 ![]() | Fig. 3 ![]() |
1 - 1 of 1
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Supplemental Information
- Genotyping protocol
- None