Genomic Feature

sq5715

ID
ZDB-ALT-190228-1
Name
sq5715
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Sudipto Roy Lab
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 25
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 25: 17405651 - 17413645 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
GCTGGATCTGAAAGCTGTAAGCACGACATCAGCTCATCACCATCACCATCACCTATACATCTGTACAATATCACACACGCGCTCGCGAGACACACAGCGCATGCACCGCGTTTATCTTTTAAAATGTGCATGAATACAGATAAACTGCAGATCTTGTAAAAGTTGCCTGAAAGTTGCTTTGCTAAGGGAGGAGGGGGTCGCGTGCACGCACATCCCCTCACTCAACTCCCACGACAATACACTAGCTCATTTACTAAATTAGACTAGTCAGCTAACAAGTTGCAAATGTAATGTCACTGCAGTCGGCAGTTCTATAATCCGCTCCGGTGTTTGTTGTTGTACGCCGGAGTTTATTTGCGGTGGAAAAGTAGTTTCCATCCGGGCTGAAAACTCAAACAAAAGCCTTCAAAACAAGCACGTGCTCTGGAGTTTTGGGAAATTTAGGCCTATGCAAATGGTGGAGTTGCAAAGCATGCTTTAGAGTTTAAACCTGGTTTTTGTATGTATAAATATATTATAATGCAAATATGTTGTTTTGAAATGTCCTATGTTGTTTGGAGTTTAGATTTGCGCAGGCGCTACTCGAAGTGGACCGCATCTAGTTCGGTTGCTTGTCAAATCTGATTTTTTTATCTCTTAGATTAGTTACGGTACATTTTAAAGAAATTAGCATTTTGTCTATATTTTCACTCTCATATTTGTTCCGAACATTAGTTTTTAGTGGGACCACTAAAAGAGATGTTAGGCTGAATGACAGCCTCGGTCACCATTCACTTTCTTTACACTGAGTTAAGATGCACTTCTAGTGAATGGTGACCAGACAAGTCTTTCACAATATGACTAACATTTAAAAAGTCGCATGAACATTTGTAAATGATCAAGTGTTTTTAAGTCAACTGTTGTGTTTAGGATTGCGTATATAAAACATTTTCAATATGCAATAAAAACTTTATATTTAATCATCTGTTCTGTTGGATGTGGTTTTAGGCTGCAGATACTTTGGCTGTAAGGCAGAAACGGCGCATCTATGACATCACCAATGTTTTGGAAGGGATTGGACTCATCGAGAAGAAATCCAAAAACAGCATCCAGTGGAAGTAAGATGCAGAAGCTTTCATGTGGACATATCGTCACCTTAGAACTATAAGGTTCTATCTGCCATTTTTGTCAAAATTAAGTTATTGACATATTCTTATTAAATGACAACTTATTTACATTATGGGATATTTTTGTTGTTGTTTACATTTTAATACTTTTAATAAAAATAAAAACGCGTAGATAGAACCTTATAATTCCAAGGTGACAATATACTGACTCCTATATTTGTTGGTCACTCCTCTATTAGCTTTTTGCATCAATATATTTATATATTTTAGTAGGCTCCTAACAAACATGAGACAATAAAAGTTTTTAAGGTTAACTGTGGTTAATTAGGTTAATTATGTAGTCTGGCATGTTTACTGCTAGAAAATATTATACATTTTTCTCAAAATAAAATATTTTGTGCTCAAAGGTAAAAAAGTTGGGGCCCCATAACATTGTATTGAAATATTAGAAAATATATTTTTGTGATAAATATTGCAATATAAATACAGTTTTACCAGATGGTTTGAATTCTCTACTTGACTTTTTTATAGTCTAATAAGTGTTTAGGTACTGAAATTCGGTAATCACAATGTAAATTACTTGGGGTTGCCTTGTTTCTAGTCCACATATCTAAAAACATAGATTTATTTTCACTTTCAGAAATAATAAGTCAAAATTAAGTGAGATTTTCCTTTAAACAAGCTAATTAATCTGCCAGTGTGGTAAGCAAAATAATGATTATTGTGGATACACACATTGCTATATCGATGCTGAAACGATTTATTGTGCAGGCCTACTTCCAATTTCAAAGAACCTGAGCTGTCTTTTTTTTCTGTTGTGTAATTTTAATGTTAATTATGCAAAAATATGCTGCTTTTTAAGATTTATTTTGATATGGTCAGTGGTTTTTATTCAAACATGTCTGCTTATTATTGCATAGCTACGGAGATTTTATCATTGTTAAAAAATGTGCTGTTTGGTTTCGCATTCAATTCACAAAAGTGACGTTGTTTTAATAGAAAGTAGAGCTGGATGATATGGCAAAAATGCTGTCACGATATTTAAATTCTACATTAAACGATAACTATATTAAAACAAGTTGTTAATGCTTCCACTTTTAAAAAGAGTATCCTAAAAATGACTGAAGACGGATACTGCAGGCAGGAAAGTGAACTGCTGGTGGGAAAGTGAAACGAGAGTGCTAAACAATACTGGGTGACTCAGCAGGACCTATTTCCAGCCGATAATTTTCGGCGACCAAAACTTCGGTGAATCCAACAAAATTATAGATTTCTGTTGTTGCATATATCCACTGTGTGATTGGCTGATCCTTGGTGATTAGGATAAATGTTGAGTAAAAATCCAGAGCTTATCATCGTTATTGACATGAATTTTATTGTGATTCAATATAATATTGTTTTAGGCCCAGCCCTAATAGAAAGCATATTGAATGCAAATAAAGTGTTTAAAATTTTTTAGCTGTAGCTATAATATTTGTGAAATAAATATATAAACCAATGATTTAAACTTTAAAGCTAATTCAAACTTTCAGACGAGACTTTGTCAAGCCACCATGAAGTTTATCTACGAACTTGTCTATTTTACTGTATTTTTGATCTGATAAATGCAGTCTTAAAATCATTTCAAATTTGAATGGCAGCAATGTTTATATTATTATTATTATTATTATTTGAAATATTACATAAAAATTGGCCAGTTAAATGATTAAAGGTTTATTTTAGTAGACCGCCACAAAAGTACTTCTAATTGCTCTTGCTATTTATGTTTTAGAAACACGTCTGCTTCAATGTCAACTAATTCATCTGATCTAAATGTCTGTTTCTATTTTTGTATGTTTGTAGGGGTGTTGGTCCGGGTTGCAACACGCGCGAGATTGCAGACAAGCTGATAGATCTCAAGTTGGAACTGGAGGATCTGGACAGAAGGGAGCATGAACTGGACCAGCAGAGAGTTTGGGTTCAGCAGAGCATCAAGAATGTGACCGACGACTCGCTAAACAGCCCATATCCTTCTAGATGCCTCAATCGTTTTTTTGTTTTCTGAGTGGTGTTCTCACTGTGCCGTGTTTAAAGGAACAGTTCACCTAAAAAAAATAATTAAGTGTTAATTTAATCACGCTTATGGTGTGCCCAAGATGACTGTGACGTTTGATCTCTTCAGTGGAACATTAAAGATTATTTTTAGCTGAAACTATGGTGATTTGTAAAATGCATTTTAACTTTGGGTCAAAAAAAAAAAACATACACAGGCAAAACAATATTAATGTATGTTACTATGGATGAGCAATAGGGATGCAACAGTGAACAAAAGTATCGACCTGTTGTTCTTCTAAGGTTAAGTGTGTCCTGTGATCCGCTGTTCAGAATATGCATTTTTATACTGGTTTGTCAATAGAAACAACTGAAAAAAAGCAATGTTCCACCTTTGTACTCTTCCAATTACCTTTCCCATCCATTGCACGTGCAAAGACCTGTCCAATCACCTCTTAGTATGTAAATGTGTTGTTGACATCACGTTTCCTCACATGTCGGCGTGTGCATGTGGAGTTTCTGTGCGTTTCAGCTTGGCAAGTGAAGGAGATAAAGCACAAATGCGCAGTGTTGCCAACTATTTTCAATGAAAAGTAGATAAAGCCTGCCCTAAAAATAGCTAAATGTTGCCAAATAACGTCACACACTAATTTGCATATCAGTGACATCATCACATAGTATCTGACAAACGTAAGCCTGTCATGTATCTATTCTCTAAGGCACTGTGTATTAGATTGTTAAAACAATACATTCAAATGCACAGTACATAGGTTCTTATTAACAAATTACTTTGCGTGATGACATTGCGTAACCACATCTCAAAACTACATCTTTATGCAATATGCAAAATTATGAACGTTTTCTCAAATTGACTGGCCATCTCAGCAAAAACATTATTTGAAATATGTCCATTTAGATTTGTATGAAAAATAGAGTTGACTATTTGTAAAAGTATTACAAACACTTTTTGATAATTTAGTTTTATTTTTAAATAAAACACTGATAATGAACAGTTACATTCTTTTAAACAATCACAGCTTGTGTACTTTTTTAACTTGTGAAATTAACACATTTGTGAAAGTGAAGACAATTGTAGCACTATTGAAATTTATTGCTAAATAAATTACCAACAATTTTACATGTTAACAAATATCAGTAAATTAACAGTTGAGCAGCTAGCAGCTGAGTGAAGCCTGCAGCCACTGCTCTTTTGAGTCACTTTTTAAAATTGCTAAAAGTAGCCAAATGATTGTTAAAAATTGCTAAATTTGTTGCTAGGTGCTTATTGAAAAAAAGTTGCTAGGGTAGTATAAAAAAAAGTTGCAAAATCTAGCAACAAAATTACTAAGTTGGCAACATTGCAAATGCACAGGTGAGACCAAATCACAGCGCGCTGCTGTCAGCGTTTAATCAGACACTCAATATAAATTCAGACAGACACAAAACCATAACGATTGCCATTTTTTGTTGTTGTTGCAAAGATAGCCTAGATCAGTGGTCACCAACAGGCGGATCGAGGTCTGTGTCCAGACTCAGAAGCATCCTTTTCGGACATGGACATACCACAGGTCTGTTACTTCATACCCACTCCTTCTGGGTGTTCTTCCACACCTGATCACTCCCTCTACTCTGTTTACCCGCTGCCTTCTAAGAACAGTTTTCTTCTCTATGTACCGTTTCCGTTGAAATAAGAGAGAAGAGCCGAACACTCTTCCTTTGCTTAATGCGGAATTCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTCGTGTCACGGATGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGCTAGCATTTTGCCGCTGCTTTGTTTACACTGCAAGATGGAACGGCGACAGGGGGTTTCACACTGTAT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Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
462 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
Amino Acid Deletion: 154 AA missing (1)
Sequences
Flanking Sequence
TACGCAATGCAGGAACCCTCCAATTTTTTTATCAGGTCATCCCATGATGCACTGCGCCTTCAACGGCTTCAGTCATTCAAGCAGCTCAGCGCTGGTGCTCGTAAGACCTCCTGTTCTGTTAGGCCATCTGGGTTGGGGTGATCCGTGTCCCAAACCGGACCAGACCCCGAACAGCGGTCGCAGCTCTGTCATTTTGTGGACAACTTTCCCGTCCATGGTTCGCAAATCGCCGGTCGTTGACGGGAAGCGAGCGTTTACGCGGCAGGAGCGGTGCTGTCAGCGATATAGCAAGCAGAAAGCGTTATTTATGCAACCATAAACACAACTGCGGGGATTTATTAATACTTCAACATCATCCTGATGGATTTAGAAACCGGAAGAAACGACCTGGGAGCGATGGGAGAGTCGCTGCAGCCGCAGACCCCCAGTCGCCACGAGAAAAGTCTCGGACTGCTCACCACCAAATTTGTGACTCTACTGCAGGAAGCGAAGGACGGAGT
GCTGGATCTGAAAGCTGTAAGCACGACATCAGCTCATCACCATCACCATCACCTATACATCTGTACAATATCACACACGCGCTCGCGAGACACACAGCGCATGCACCGCGTTTATCTTTTAAAATGTGCATGAATACAGATAAACTGCAGATCTTGTAAAAGTTGCCTGAAAGTTGCTTTGCTAAGGGAGGAGGGGGTCGCGTGCACGCACATCCCCTCACTCAACTCCCACGACAATACACTAGCTCATTTACTAAATTAGACTAGTCAGCTAACAAGTTGCAAATGTAATGTCACTGCAGTCGGCAGTTCTATAATCCGCTCCGGTGTTTGTTGTTGTACGCCGGAGTTTATTTGCGGTGGAAAAGTAGTTTCCATCCGGGCTGAAAACTCAAACAAAAGCCTTCAAAACAAGCACGTGCTCTGGAGTTTTGGGAAATTTAGGCCTATGCAAATGGTGGAGTTGCAAAGCATGCTTTAGAGTTTAAACCTGGTTTTTGTATGTATAAATATATTATAATGCAAATATGTTGTTTTGAAATGTCCTATGTTGTTTGGAGTTTAGATTTGCGCAGGCGCTACTCGAAGTGGACCGCATCTAGTTCGGTTGCTTGTCAAATCTGATTTTTTTATCTCTTAGATTAGTTACGGTACATTTTAAAGAAATTAGCATTTTGTCTATATTTTCACTCTCATATTTGTTCCGAACATTAGTTTTTAGTGGGACCACTAAAAGAGATGTTAGGCTGAATGACAGCCTCGGTCACCATTCACTTTCTTTACACTGAGTTAAGATGCACTTCTAGTGAATGGTGACCAGACAAGTCTTTCACAATATGACTAACATTTAAAAAGTCGCATGAACATTTGTAAATGATCAAGTGTTTTTAAGTCAACTGTTGTGTTTAGGATTGCGTATATAAAACATTTTCAATATGCAATAAAAACTTTATATTTAATCATCTGTTCTGTTGGATGTGGTTTTAGGCTGCAGATACTTTGGCTGTAAGGCAGAAACGGCGCATCTATGACATCACCAATGTTTTGGAAGGGATTGGACTCATCGAGAAGAAATCCAAAAACAGCATCCAGTGGAAGTAAGATGCAGAAGCTTTCATGTGGACATATCGTCACCTTAGAACTATAAGGTTCTATCTGCCATTTTTGTCAAAATTAAGTTATTGACATATTCTTATTAAATGACAACTTATTTACATTATGGGATATTTTTGTTGTTGTTTACATTTTAATACTTTTAATAAAAATAAAAACGCGTAGATAGAACCTTATAATTCCAAGGTGACAATATACTGACTCCTATATTTGTTGGTCACTCCTCTATTAGCTTTTTGCATCAATATATTTATATATTTTAGTAGGCTCCTAACAAACATGAGACAATAAAAGTTTTTAAGGTTAACTGTGGTTAATTAGGTTAATTATGTAGTCTGGCATGTTTACTGCTAGAAAATATTATACATTTTTCTCAAAATAAAATATTTTGTGCTCAAAGGTAAAAAAGTTGGGGCCCCATAACATTGTATTGAAATATTAGAAAATATATTTTTGTGATAAATATTGCAATATAAATACAGTTTTACCAGATGGTTTGAATTCTCTACTTGACTTTTTTATAGTCTAATAAGTGTTTAGGTACTGAAATTCGGTAATCACAATGTAAATTACTTGGGGTTGCCTTGTTTCTAGTCCACATATCTAAAAACATAGATTTATTTTCACTTTCAGAAATAATAAGTCAAAATTAAGTGAGATTTTCCTTTAAACAAGCTAATTAATCTGCCAGTGTGGTAAGCAAAATAATGATTATTGTGGATACACACATTGCTATATCGATGCTGAAACGATTTATTGTGCAGGCCTACTTCCAATTTCAAAGAACCTGAGCTGTCTTTTTTTTCTGTTGTGTAATTTTAATGTTAATTATGCAAAAATATGCTGCTTTTTAAGATTTATTTTGATATGGTCAGTGGTTTTTATTCAAACATGTCTGCTTATTATTGCATAGCTACGGAGATTTTATCATTGTTAAAAAATGTGCTGTTTGGTTTCGCATTCAATTCACAAAAGTGACGTTGTTTTAATAGAAAGTAGAGCTGGATGATATGGCAAAAATGCTGTCACGATATTTAAATTCTACATTAAACGATAACTATATTAAAACAAGTTGTTAATGCTTCCACTTTTAAAAAGAGTATCCTAAAAATGACTGAAGACGGATACTGCAGGCAGGAAAGTGAACTGCTGGTGGGAAAGTGAAACGAGAGTGCTAAACAATACTGGGTGACTCAGCAGGACCTATTTCCAGCCGATAATTTTCGGCGACCAAAACTTCGGTGAATCCAACAAAATTATAGATTTCTGTTGTTGCATATATCCACTGTGTGATTGGCTGATCCTTGGTGATTAGGATAAATGTTGAGTAAAAATCCAGAGCTTATCATCGTTATTGACATGAATTTTATTGTGATTCAATATAATATTGTTTTAGGCCCAGCCCTAATAGAAAGCATATTGAATGCAAATAAAGTGTTTAAAATTTTTTAGCTGTAGCTATAATATTTGTGAAATAAATATATAAACCAATGATTTAAACTTTAAAGCTAATTCAAACTTTCAGACGAGACTTTGTCAAGCCACCATGAAGTTTATCTACGAACTTGTCTATTTTACTGTATTTTTGATCTGATAAATGCAGTCTTAAAATCATTTCAAATTTGAATGGCAGCAATGTTTATATTATTATTATTATTATTATTTGAAATATTACATAAAAATTGGCCAGTTAAATGATTAAAGGTTTATTTTAGTAGACCGCCACAAAAGTACTTCTAATTGCTCTTGCTATTTATGTTTTAGAAACACGTCTGCTTCAATGTCAACTAATTCATCTGATCTAAATGTCTGTTTCTATTTTTGTATGTTTGTAGGGGTGTTGGTCCGGGTTGCAACACGCGCGAGATTGCAGACAAGCTGATAGATCTCAAGTTGGAACTGGAGGATCTGGACAGAAGGGAGCATGAACTGGACCAGCAGAGAGTTTGGGTTCAGCAGAGCATCAAGAATGTGACCGACGACTCGCTAAACAGCCCATATCCTTCTAGATGCCTCAATCGTTTTTTTGTTTTCTGAGTGGTGTTCTCACTGTGCCGTGTTTAAAGGAACAGTTCACCTAAAAAAAATAATTAAGTGTTAATTTAATCACGCTTATGGTGTGCCCAAGATGACTGTGACGTTTGATCTCTTCAGTGGAACATTAAAGATTATTTTTAGCTGAAACTATGGTGATTTGTAAAATGCATTTTAACTTTGGGTCAAAAAAAAAAAACATACACAGGCAAAACAATATTAATGTATGTTACTATGGATGAGCAATAGGGATGCAACAGTGAACAAAAGTATCGACCTGTTGTTCTTCTAAGGTTAAGTGTGTCCTGTGATCCGCTGTTCAGAATATGCATTTTTATACTGGTTTGTCAATAGAAACAACTGAAAAAAAGCAATGTTCCACCTTTGTACTCTTCCAATTACCTTTCCCATCCATTGCACGTGCAAAGACCTGTCCAATCACCTCTTAGTATGTAAATGTGTTGTTGACATCACGTTTCCTCACATGTCGGCGTGTGCATGTGGAGTTTCTGTGCGTTTCAGCTTGGCAAGTGAAGGAGATAAAGCACAAATGCGCAGTGTTGCCAACTATTTTCAATGAAAAGTAGATAAAGCCTGCCCTAAAAATAGCTAAATGTTGCCAAATAACGTCACACACTAATTTGCATATCAGTGACATCATCACATAGTATCTGACAAACGTAAGCCTGTCATGTATCTATTCTCTAAGGCACTGTGTATTAGATTGTTAAAACAATACATTCAAATGCACAGTACATAGGTTCTTATTAACAAATTACTTTGCGTGATGACATTGCGTAACCACATCTCAAAACTACATCTTTATGCAATATGCAAAATTATGAACGTTTTCTCAAATTGACTGGCCATCTCAGCAAAAACATTATTTGAAATATGTCCATTTAGATTTGTATGAAAAATAGAGTTGACTATTTGTAAAAGTATTACAAACACTTTTTGATAATTTAGTTTTATTTTTAAATAAAACACTGATAATGAACAGTTACATTCTTTTAAACAATCACAGCTTGTGTACTTTTTTAACTTGTGAAATTAACACATTTGTGAAAGTGAAGACAATTGTAGCACTATTGAAATTTATTGCTAAATAAATTACCAACAATTTTACATGTTAACAAATATCAGTAAATTAACAGTTGAGCAGCTAGCAGCTGAGTGAAGCCTGCAGCCACTGCTCTTTTGAGTCACTTTTTAAAATTGCTAAAAGTAGCCAAATGATTGTTAAAAATTGCTAAATTTGTTGCTAGGTGCTTATTGAAAAAAAGTTGCTAGGGTAGTATAAAAAAAAGTTGCAAAATCTAGCAACAAAATTACTAAGTTGGCAACATTGCAAATGCACAGGTGAGACCAAATCACAGCGCGCTGCTGTCAGCGTTTAATCAGACACTCAATATAAATTCAGACAGACACAAAACCATAACGATTGCCATTTTTTGTTGTTGTTGCAAAGATAGCCTAGATCAGTGGTCACCAACAGGCGGATCGAGGTCTGTGTCCAGACTCAGAAGCATCCTTTTCGGACATGGACATACCACAGGTCTGTTACTTCATACCCACTCCTTCTGGGTGTTCTTCCACACCTGATCACTCCCTCTACTCTGTTTACCCGCTGCCTTCTAAGAACAGTTTTCTTCTCTATGTACCGTTTCCGTTGAAATAAGAGAGAAGAGCCGAACACTCTTCCTTTGCTTAATGCGGAATTCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTCGTGTCACGGATGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGCTAGCATTTTGCCGCTGCTTTGTTTACACTGCAAGATGGAACGGCGACAGGGGGTTTCACACTGTAT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CTTGGTGAATAAAGACCCCTCTAGTTCTTCTCCAGTGGTTCTGCCTGTGCCTCCGCCAGACGACATGCTTCAAAACCTGT  ...
Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
e2f4sq5715/sq5715Homozygous♀+/- ♂+/-Fig. 2 with image from Chong et al., 2018Fig. 4 with image from Chong et al., 2018
e2f4sq5715/sq5715; e2f5sq5716/sq5716ComplexFig. 3 with image from Chong et al., 2018
e2f4sq5715/sq5715; e2f5sq5716/+ComplexFig. 3 with image from Chong et al., 2018
e2f4sq5715/+; e2f5sq5716/sq5716ComplexFig. 3 with image from Chong et al., 2018Fig. 4 with image from Chong et al., 2018
e2f4sq5715/+; e2f5sq5716/+ComplexFig. 4 with image from Chong et al., 2018
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
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