Genomic Feature
pd326
- ID
- ZDB-ALT-210514-7
- Name
- pd326
- Synonyms
- None
- Affected Genomic Region
-
- en.gja1be24 (1)
- Construct
- None
- Type
- Allele with one deletion (1)
- Protocol
- embryos treated with
- Lab of Origin
- Poss Lab
- Current Source
- Other Pages
-
Notes
| Comment | Citation |
|---|---|
| 1.7 kb Enhancer deletion via CRISPR. Zebrafish genome coordinates are ... | Thompson et al., 2020 |
Variants
- Variant Type
- Small Deletion
- Variant Location
- Chr 20: 40690777 - 40692430 (GRCz11) (1) Details
- Nucleotide change
- AAACGTAGGCTGTCAGTGAAAATCTAATAGACGTCTAAGAATAGGCCAAAACTAGACTAGTCGTCAAATAGGCAGATTACACAGACATTATATGTCTAGTCATTCATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTTGGCCTATTCTTAAAGGTCTATTAGATTTTTACTGACAGCCCAACTTTAGCCTTGTTTTAGATAAGATGACTATGTTTAGACGTCTATTAGGCATCTATTACACATCTTTTAAAAACAAAAAAATGCTTGCTGGAAAGTAGTTTGATCAACAGCAAATGTCATTTTCTTGTATGTACAGTAGGTTTAGATATTGGGTAGGATTAGATTTTCCTGCAAAATAAGCCTTTTGTATATATTAATAAACAATATTTTAATAAACAGTTAATAAGCCATAGTTAATAGTGAGATTTGGTAATTTGGTAAAGTGTTTCCAAAATAATCAGCATAAAACATCCATTTAAGCCTTAAGTATTATTCCCCCCACTCAAAATGGAGTGAATATATCTAATATTTATATATTAGAAGCTTGAATTTGTCTTATTGTATATGAAGACAAACAATATTTACCATTTGCAGCAGAATTAGTTTAGTATTGTTTGCTTTCAGATAAGCATTGCATTCTGTGTTTAAATATTAGTTTAGAAACTCGTTTCCTTTCGTGTGCAGACAAGAATAGCATGTGGGACAACTGTTTTTAACAACCATCCGGTTTGTAAATGCTTTATAGTTTTCCACCAGTAACTTCGCAGCTTTCTTTCCAGTTGATATTAATTTTACATTTCACACTTTATGGGCATTTTACGCAGACTAATTCTCCAGCAGCTGCACCATTAACTGTTCAATCACTCATGGCGTTCGGTGCAATAAAAAGAGCTGTGAGGCGAGACACGGTGCGGGTTTGCGGTGAGGGTGACACACGGGAAGACCCGCTGTGGGCTGACGGAGTGGCATTCAGCGCTCCCAGGCCTGTTTCTGGCTGGCCGCTTTTCCAAAGCCCAGCTCTCCCAGCAGGTGATATGGGTAGCTACTGTTTATTAAGCTGTTTTGTGGGCAGTAAAATGCAAGAAGTGGCCTATTAGGCCTTGTCTGTGTCTGACAGACTGTGGCCAAGCAGTTCACTAATTACTGCTTATAAACGCTTTAATTTCATTACTTATCGCTGAGCCCAGCAAAAAGGAAAGACATTATTTGTTCAAATCCACCAATACCAGTCATGTAAATCACAGTTTACTCTGCTTCCATTTTCCAATTAGGTGCTGCTGGCTTGAGCTCAAATGACAAACTCAGATGCACGTTTTTGCCTAAACTGGGTTAACTTGCTTAAATAAGCACAATCCTGAACTAGTCTTATAAAAAATGGAAAGAAGAAAAATAGGTAACACTTTAATTTCGGTAACAATTCTCACTATTCACTCGTTTACATGCTTATTGCTTAGATAATTGGCTGTGTGTTAGTACTTATACAATCTTATTGTACATGCCTAATCCTACCCAATACCTATTGATATAGAAATCTGATATTTGGAAATATGTGCAAATTACATACACTCACTGGACACTTTATTAGGTACACTGCTCGTTAACGCGAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAACTCAGTGCATTTAGGCATG/-
- Variant Notes
- None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
- DNA/cDNA Change
- 1654 bp deleted (1)
- Transcript Consequence
- None
- Protein Consequence
- None
- Flanking Sequence
-
ACTTATATATTATATGTTCAGTCCACATATATTGTTAAAAACAATTAAGCTTACTTAATTGATTTGTGTTGGGAAACCATGAAGAATATGTGTGGAAGCCAGCATTTTTTATAGTGTAATTTGAACTTGAATGGAGTTATTTTTAATGTCTCAGCATTAGTGTATGTGTCTGACATAAGTAAAGTCAGTAAATATAAGATAATGATTAAAAAAGTTTACAATTTACTTTAAGGTAGAATTCCCCCTAATAAACACTTAATATAAATAAACAGACCGGCTGTTACTTTTGCCTTTATAAACTCCTGGTTGGCTGTTATTAAGGTAGTAATTACACTGTAAAAATATGCTGGGTTCCACACAATTGATTTGTGTTGGGACAACATAAAGGAATTAAGTTTCAAGTTTAAAATCATGAATTGTGTTCTTTCAGCTCATTTTAAATAAACCCAGCAAACAATTTTGTGTTTAATAGACGCTAATAGACGTAGAAAGCTTGGCTA
AAACGTAGGCTGTCAGTGAAAATCTAATAGACGTCTAAGAATAGGCCAAAACTAGACTAGTCGTCAAATAGGCAGATTACACAGACATTATATGTCTAGTCATTCATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTTGGCCTATTCTTAAAGGTCTATTAGATTTTTACTGACAGCCCAACTTTAGCCTTGTTTTAGATAAGATGACTATGTTTAGACGTCTATTAGGCATCTATTACACATCTTTTAAAAACAAAAAAATGCTTGCTGGAAAGTAGTTTGATCAACAGCAAATGTCATTTTCTTGTATGTACAGTAGGTTTAGATATTGGGTAGGATTAGATTTTCCTGCAAAATAAGCCTTTTGTATATATTAATAAACAATATTTTAATAAACAGTTAATAAGCCATAGTTAATAGTGAGATTTGGTAATTTGGTAAAGTGTTTCCAAAATAATCAGCATAAAACATCCATTTAAGCCTTAAGTATTATTCCCCCCACTCAAAATGGAGTGAATATATCTAATATTTATATATTAGAAGCTTGAATTTGTCTTATTGTATATGAAGACAAACAATATTTACCATTTGCAGCAGAATTAGTTTAGTATTGTTTGCTTTCAGATAAGCATTGCATTCTGTGTTTAAATATTAGTTTAGAAACTCGTTTCCTTTCGTGTGCAGACAAGAATAGCATGTGGGACAACTGTTTTTAACAACCATCCGGTTTGTAAATGCTTTATAGTTTTCCACCAGTAACTTCGCAGCTTTCTTTCCAGTTGATATTAATTTTACATTTCACACTTTATGGGCATTTTACGCAGACTAATTCTCCAGCAGCTGCACCATTAACTGTTCAATCACTCATGGCGTTCGGTGCAATAAAAAGAGCTGTGAGGCGAGACACGGTGCGGGTTTGCGGTGAGGGTGACACACGGGAAGACCCGCTGTGGGCTGACGGAGTGGCATTCAGCGCTCCCAGGCCTGTTTCTGGCTGGCCGCTTTTCCAAAGCCCAGCTCTCCCAGCAGGTGATATGGGTAGCTACTGTTTATTAAGCTGTTTTGTGGGCAGTAAAATGCAAGAAGTGGCCTATTAGGCCTTGTCTGTGTCTGACAGACTGTGGCCAAGCAGTTCACTAATTACTGCTTATAAACGCTTTAATTTCATTACTTATCGCTGAGCCCAGCAAAAAGGAAAGACATTATTTGTTCAAATCCACCAATACCAGTCATGTAAATCACAGTTTACTCTGCTTCCATTTTCCAATTAGGTGCTGCTGGCTTGAGCTCAAATGACAAACTCAGATGCACGTTTTTGCCTAAACTGGGTTAACTTGCTTAAATAAGCACAATCCTGAACTAGTCTTATAAAAAATGGAAAGAAGAAAAATAGGTAACACTTTAATTTCGGTAACAATTCTCACTATTCACTCGTTTACATGCTTATTGCTTAGATAATTGGCTGTGTGTTAGTACTTATACAATCTTATTGTACATGCCTAATCCTACCCAATACCTATTGATATAGAAATCTGATATTTGGAAATATGTGCAAATTACATACACTCACTGGACACTTTATTAGGTACACTGCTCGTTAACGCGAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAACTCAGTGCATTTAGGCATG/- TAGGGGGGAGGAGGTGATTTAAATGACTTTTAATGTGGTGTGGTTGTTGGTACCAGACGGGCTGTTCTGGCACAACCATC ... - Additional Sequence
- None
Fish
Supplemental Information
- Genotyping protocol
- None