Genomic Feature

pd323

ID
ZDB-ALT-210514-4
Name
pd323
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Poss Lab
Current Source
Other Pages
Notes
Comment Citation
2.5 kb Enhancer deletion via CRISPR. Zebrafish Genome Coordinates  ... Thompson et al., 2020
Genome Browser
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 1: 16342598 - 16345114 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
TCATTTTCCTTCTGCTTAGTCCCTTATTAATCAGGGGTCACCACAGTGGAATGAACTATTCCAGCATATGTTTCACTCATTGGATCCGCTTCTAGCCACAACGCAGTACTGGGAAACACCCATACACTCTCACACTCACACACACACACACACACACTAATACACTACGGTTAATTTAGTTAATCCAATTCACCTATACTACATGTCTGTAGACTATGGCAGAAAATGAGAACCCATAGGAAAACCCACACGAAAATGTGTAGAAAACTCCACAGAAATGCCAAACGACCAGGACTTGAACCAGCTACCTTCTTGCTGTGAGGCAACAGTTCTAACTACTGAGCCACCGTCTCCCCTTCCCTATTAGTGTTCACAGAGTATTATTTTAATTGTACATTATAATCATGATCACAGAATGCAATCATTGCTTTATTCATATTCATGTTTCTTGAATATACAGTACCATCATTACCTGTATGTTTATATCATCCTAGAGGTGCAATTTGGACATTACTTTTACATAATAACCATCGATAACCATTGTTCTTAAGTCTAATGTAGAATCAACCATTCTTTCTGTAAAGCTGCTTTAAAAATAATAAACAAATAGAAAATGCTATACAAATGAATATGAATTGAATTGAGATGCATTCTAAAGATACTTTCTCAATAGACCTTATTTTTACTGTAGAGTTAATCAACAAAAGACCTATAGATAATCCGAGCATTTCAATTTTATAGGCCAGAATGTAAATAAACATCCTATTAAGTCTTCATCATTTGACAATTTTATGATGAGCAACCACTGTATACAATAATGTGAACATTCTTAAAAGGCACTCTAAAAGTTTAAGACAATAAATAATTATTCACAGTATTATAAAGTGCCCATGATATCAATATTGTTGTTCATTATCACAATATATTGATTGATTATTGAATATCAGCATATATAGTGAATTCTAAAGACTGCTTTCTCTATAGTCCTTTTTTTTTAATCCATTATTCCCATTCATTCTTCTATTCCACCTTGAACCCACAGCGTGGCAGCACTGAGTGTTTGAGATCATCTTCAGTTCACTGTATATGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTCTGTGAGATCCTCTGCTCTGACAGAGATTTACATCTCTAGTTCATCTGTTCATCAAAGAGCCTCATCATGTTGGCCTGCGGGAGAAGGAGATTACCAGCATGTGAGTGTGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAATCACCAGCCTGTGGCAAAAAGCAAACCTCTTCGGTAATGACAATCCACAACTTCCACTTCTCTCAGTCTGAGTCAGGATGTGTGTGAGTGAGCGTCTGCGTCCTCTGCATCTGTATGTCTGTGATATGGGATATGTGCTGTTTCCAGGTGGGTGGGCAGTCCAGGCTCTCTGGGAAATACACTCAGCCCAGCTGTTGATGTGATCCTGGACCTCTTTGAAGTGCGCCTATCGCCCGCCCATGTGCACACCCTCATCCACACACACACACACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTGCTCACTGAAGAAACTTCCAGACCTCTCCATGCCAGTCAAAGCATTAATAGCTGTTTTGACGCTGTGTGCAGGTTTGCGTGTGTGTGCATGTGTTTTGGTGTGTTTCTGTGAATTTGTGAGTCATGTTTTAGTGTTTAGGATAAACTGGGACTGATGTAATAGAGGCTGAAATACCAAATTTCATAGTTTGAGATGTTATGATTGGGTTGAGATAATACTTTAATATATTAGGTGATGTACATCCTTTATACATTTCCATACAATTAGATAGTATAAATAAGTCTTAATGCATGAAAATATATCTGCTTTCAGAGTTTCTTAAGGGGTTCAGAGCTTGTTCTGCTTTGCCTTGTGGAAAAAAAAAAAATTTTATGACTATGTAATGATTTTACTAAGTATATTTGTTGAAATCTTAAAAGTGTCATTATATCTAAATTATAAAGCAGCAATTATCTAAGCATAATAATTATGTAACACTTTTCAATCAAATTAATGAAATGTGTATGTGCAATACTGTCTTAACTCTCTTAACCTTTATATTTATTACAATCAAATCACATTTATTGAGTAATTATTGAATTATTATGTGGAAAAAAAACATTTAATTATGATTATTTAATGATTTTATTAATCAAAGTGTATGGTTGAGACCTTAAAAAGTGTCAATATAGCTGAATTTAAAAGCAGCAATTACCTTTTGGCATAATAATTAAGTAACATGCTTTTTAATCCACTTAAATTTTAATTATTACAATATGTATGTACAATACTGTTAAGACAACATCTCTTAACCTTGATATTTATTACAATCAAATCACATTTATTGAGTAAATATTACATTATCTGTAAAAAATAAACATTTATGTTATGGTTATTTTGTGATTTTATTGGTCAAA/-
Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
2517 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
TATGATTTACAAATAAAGTTGTATGTGGTTAAATTTCTACTTAAATAATAAATTATGTGGGATGAAAATGGAACACTTTTTCATTGTTATTTCGACTTTTTAATTTCAGGAACAATAGTTCAAAAACTGAAGTAGACACTTCACTTGTGTTTCACTTTCTTCATAAGTGAGTAAATTCACTTTTGCCAATTTAATTTGACAGAGACATAAAAATACATGTCTCAGATTTGAACCATAATTTGTTTGTTTAGTTTCTAATAATCGTTTGACATTATCCAAGGTACTAAATGTCTTGCCAGTTTGACCCGCAATCACATATTTGAAATGGACTTGTTAACATCAACCAATCAGAGCTACCATAGTGTAAATATCCTGCATTCACACTGTGGTGTCATTACATTACACAACATTAACATCTCCAGGTGATTGGCTGAAAAAAAATATTTATAAATTCATTTATATTTCAAATACCAGTCATTAATAATCATTCATTCATTCAT
TCATTTTCCTTCTGCTTAGTCCCTTATTAATCAGGGGTCACCACAGTGGAATGAACTATTCCAGCATATGTTTCACTCATTGGATCCGCTTCTAGCCACAACGCAGTACTGGGAAACACCCATACACTCTCACACTCACACACACACACACACACACTAATACACTACGGTTAATTTAGTTAATCCAATTCACCTATACTACATGTCTGTAGACTATGGCAGAAAATGAGAACCCATAGGAAAACCCACACGAAAATGTGTAGAAAACTCCACAGAAATGCCAAACGACCAGGACTTGAACCAGCTACCTTCTTGCTGTGAGGCAACAGTTCTAACTACTGAGCCACCGTCTCCCCTTCCCTATTAGTGTTCACAGAGTATTATTTTAATTGTACATTATAATCATGATCACAGAATGCAATCATTGCTTTATTCATATTCATGTTTCTTGAATATACAGTACCATCATTACCTGTATGTTTATATCATCCTAGAGGTGCAATTTGGACATTACTTTTACATAATAACCATCGATAACCATTGTTCTTAAGTCTAATGTAGAATCAACCATTCTTTCTGTAAAGCTGCTTTAAAAATAATAAACAAATAGAAAATGCTATACAAATGAATATGAATTGAATTGAGATGCATTCTAAAGATACTTTCTCAATAGACCTTATTTTTACTGTAGAGTTAATCAACAAAAGACCTATAGATAATCCGAGCATTTCAATTTTATAGGCCAGAATGTAAATAAACATCCTATTAAGTCTTCATCATTTGACAATTTTATGATGAGCAACCACTGTATACAATAATGTGAACATTCTTAAAAGGCACTCTAAAAGTTTAAGACAATAAATAATTATTCACAGTATTATAAAGTGCCCATGATATCAATATTGTTGTTCATTATCACAATATATTGATTGATTATTGAATATCAGCATATATAGTGAATTCTAAAGACTGCTTTCTCTATAGTCCTTTTTTTTTAATCCATTATTCCCATTCATTCTTCTATTCCACCTTGAACCCACAGCGTGGCAGCACTGAGTGTTTGAGATCATCTTCAGTTCACTGTATATGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTCTGTGAGATCCTCTGCTCTGACAGAGATTTACATCTCTAGTTCATCTGTTCATCAAAGAGCCTCATCATGTTGGCCTGCGGGAGAAGGAGATTACCAGCATGTGAGTGTGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAATCACCAGCCTGTGGCAAAAAGCAAACCTCTTCGGTAATGACAATCCACAACTTCCACTTCTCTCAGTCTGAGTCAGGATGTGTGTGAGTGAGCGTCTGCGTCCTCTGCATCTGTATGTCTGTGATATGGGATATGTGCTGTTTCCAGGTGGGTGGGCAGTCCAGGCTCTCTGGGAAATACACTCAGCCCAGCTGTTGATGTGATCCTGGACCTCTTTGAAGTGCGCCTATCGCCCGCCCATGTGCACACCCTCATCCACACACACACACACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTGCTCACTGAAGAAACTTCCAGACCTCTCCATGCCAGTCAAAGCATTAATAGCTGTTTTGACGCTGTGTGCAGGTTTGCGTGTGTGTGCATGTGTTTTGGTGTGTTTCTGTGAATTTGTGAGTCATGTTTTAGTGTTTAGGATAAACTGGGACTGATGTAATAGAGGCTGAAATACCAAATTTCATAGTTTGAGATGTTATGATTGGGTTGAGATAATACTTTAATATATTAGGTGATGTACATCCTTTATACATTTCCATACAATTAGATAGTATAAATAAGTCTTAATGCATGAAAATATATCTGCTTTCAGAGTTTCTTAAGGGGTTCAGAGCTTGTTCTGCTTTGCCTTGTGGAAAAAAAAAAAATTTTATGACTATGTAATGATTTTACTAAGTATATTTGTTGAAATCTTAAAAGTGTCATTATATCTAAATTATAAAGCAGCAATTATCTAAGCATAATAATTATGTAACACTTTTCAATCAAATTAATGAAATGTGTATGTGCAATACTGTCTTAACTCTCTTAACCTTTATATTTATTACAATCAAATCACATTTATTGAGTAATTATTGAATTATTATGTGGAAAAAAAACATTTAATTATGATTATTTAATGATTTTATTAATCAAAGTGTATGGTTGAGACCTTAAAAAGTGTCAATATAGCTGAATTTAAAAGCAGCAATTACCTTTTGGCATAATAATTAAGTAACATGCTTTTTAATCCACTTAAATTTTAATTATTACAATATGTATGTACAATACTGTTAAGACAACATCTCTTAACCTTGATATTTATTACAATCAAATCACATTTATTGAGTAAATATTACATTATCTGTAAAAAATAAACATTTATGTTATGGTTATTTTGTGATTTTATTGGTCAAA/- TTATATTTGTTGAGACTTTAAAAGTGTCAATATATCTGAATTCAAAAGCAGCAATTATTTTTAGCATAATAATTATGTAA  ...
Additional Sequence
None
Fish
Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
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