Genomic Feature

pd281

ID
ZDB-ALT-210514-3
Name
pd281
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one delins (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Poss Lab
Current Source
Other Pages
Notes
Comment Citation
3.4 kb Enhancer deletion via CRISPR. Thompson et al., 2020
Genome Browser
Variants
Variant Type
Delins
Variant Location
Chr 4: 19038666 - 19042116 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
ATCCTAATTGGGTTCTCTTTGATGCTATTTTTTTGAGTCTGAGATATTTAGGGATAAAATGCTACTTGGTTTTGTTTCTGCATTTTTGTATTTTCGTTTTAGTCTAATTTAGATACTATTAATTTATGTTTTAATAACACATAAACACGTTCAGACTCTGATAATGAGGATTTGAGAGCCAGCTTTCACCTTTTGTTTTCACTTACTGGTAGTGCATTTGGCCCCTTTGTGCTCTCACACACTTTAACTTATGCTACATTGAGATCCAGTAATGTGGAAGATGGAAGCAATGGATGTGATACACGTTTAATGGACCTGAAATACAGAATGTGTCTTGTATAAACATACAAGTGGCATACACAGCAAACATCATGAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTTTTTAATTTAATTTTAATATTTTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAGATAAAGATAAAGATAAAATAAAATTCAACTCAATTAAATTAAAACTAAGCTAAAATAAAAATACAATAAAATAAATTTCAATTTAATGTAATTTAATTTAAAAAGGGACTACGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGGATGAATAAATAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTGTTCGGCACAGTATAATATGCTAGCATCTCAGTTATTTCACGTGTGTTGTTACTATAAAATAAGCAAAACAGTGATAAAATAAGTTTGTGTTGCTTATCTTATGACTGGTGGAATGTAACAGGGAAAAAAAGCACATACTGTGACTTTGACAAAACTGAGTGACTGATGATAATAAACTTCTCTTCTCGTAAGCTGACAGTTCATAAAACCTCTGCTTGTTTTTTTGTACTTTTAATCTTAAGGTGACGCATGTAGCTTCCTGTCCTTCTCAGTTTACTGACAGAGGTTAGGGTTTAATCCCAGATATCCAGTCTGACTGTACAGTAGTTCAGGAGACCGACGCAGATTTATAGCATCATTCGTCAAACCCTGAGGATAATCATTTGTCACAGCTTCCTTTGGTCATCATTACTGTGCAAATAAACTGTTAGAGCATGAGCCAGCAAAAACAGTGGGAAACGCAGCAATTTCCTGTATTTAATAGTCTGTGAGATATACTTTAATGAGATGAAATTGAAGAAAACTGAGTCATTAGAAAGGCATTCACATAAACTTTCCTGGTGTATATTTCCTAACTCTCTTCCAGTGTTTTCTACACCAGAAGAGTTCATTACATCATTGAAGGACAATGCTGAAAAATAAGAACGCGTTTGGTTTTTCATAAACCACATGGTCTTGTGGGTCATGTTGTTTTGTTTCTTTAGATTTGAGAGACGGGGAATGATGTGATTTTGCCCAGTCAGCATGGATATGATTTGGACTTCCATCTGTTTAAGATTAAATGGTAGACAGAGAGAAATATTTCTGTTTTTTTTATCCATGATTGCAAATCTGTGGGTTCAAAGTCTGCTTTTGTTCCAAATAATCATTCAAACCTGCCGTACTGTGTGGGGTGGGAAGTGAAGGAGGATCTTATCTGGAAATCATGTGCTGTATGATGAAGGCAGGATATGGAAAACTCCAAATATGGACACCTTTATGTGTGCAAGGGAGAAAGTCTGAAGGATGCAACCTGTTCATAACATTTTCATTCAAATTTAAACTAGTTTGATTAATTCCAAATGCACATTTGATTTGTTGTGTTTTTATGATGTATTTCACAATACTGTTGCATAAAATATCTAAAAAAAACATTTAGTTATATGGAAGACACTTGGACAACTGGTTGTTATTTGTTTGTCTATTTTTATGAATGCCTCAAAGATCAAATAGTTACACACTTAATGCAATCGAGCTTAGAGAGAGAAATTAAAAGTCTTAAATAAATTGTGATTAGATAAATAGAAACAGAAGCAAATTGGCGAGTAAAAATGCCATCTTTAAGACAAATAAATATATTTATTATATATAAGGTCGTTACATCCTTACATGGAAGCTCAATAAATGATTCCACAAGAGTGAATGACTGAAAATCAGTTCAGTTTTCATTAGCTTTTTTATTTATTTATTTTTTAATTATTTGAGAGATACAGGGTGTTATACAGTCCCATCTGCAACTGCATCTGACACTTATTTATGGGTATTGTAATTTTTGTTCTGTTGATATAATAACCCTAGAGTACATTGTATTTAAATTTATTAAAACTATATAGGATTTTTGCTTTAAAAATTCAAGCAAAACTTTGTATAGTATTTCATCAATTTGGATAATTGGACAATATTTGATGTCAAAACTCACTGTTTTTAAATCTGCATATTATCATTTCTTTTTCTTCAGAAGATGAAAACGGTCAGAAAGCTCTCTGTTTGTCTTTCTATCTGTTGGGCTAAGCTTGTGACTGCACTGCTCGGATTGACCTGTAGGAGGTTTCACTGAGTCAAATACAAAAGAGTACTCAGAAGATCATCATGGTACTGAACTGTAAATATAAATGAGTCTAGAGAGGCCTGAAACATATTCGAAAAAATATTCCCTCATAAAAATGTAGATAAAATTGAATTACTATGATTGTTTCTCAATTTTTCCATGGCTGTTAGAAGAATCTTGATATGTCTTACAAAACTTTGCTTCATTATTTTACATTTAACATTCTTACATGCATGATTGGTGTGCTCTAGTCTAACCTATTTAGTAGCTGATTTACAGACTCCATTGTATTTTATTTGGCTGTTAAGTAAATTTTATCTGAATAATTATATTTGTTTACTTATTAAGTGCTAAAAAAAGCACAGGGAAATTTCAGCTTTCCTTAAACTTATACATTCTTAAAAATTAATCTTGACATTATGGGGTTTTCTAAAGAACCATTTGCTAATATTTTTAGAATCAACACTTCAGTTCTTTTGAATATTTACTACAAGAAAATGTATTTTTTTCACTTTTAAATACATCTACACTGAAAGATTCTTAGAAAGGCCCAAAATAATTAATCTATAGCATCACTATGACAATGCACTCACTGAACCTTTATTTTGTAGCTATGCAATTTAAAGTTTCCAAGGTTTATGGAACCATGATGCTAATAAAAACAACCTTTACTGTATTATGCTTTTAAAGTCACCACTCGTTTTGCAGATGCTTTATCTGACCTACTGTACATTTAATGCATACAACATAGTAATAATTAGCTTGATCCTCTTCTGGCCAGATGTTGGAGAAAATGCAAGCTGTGTGTCACATGTTTTATGCTCTCCCTGGGATTTTGCTAGCAGGGTCTTACATATTGATAGAGATTTATTTCTAACAAGAACTGATTTTGTAGGGTCAGAACATCTCTTCAATGCAGCTCCCTATGGT/TACGGATACGG
Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
11 bp inserted / 3451 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
ATCACCCTAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGTTTAATAAATGCGTTTTGTTTAAATGCAACAAAATACTTTGCCTATATTCACTGAGACATTTGAGACATATTTTGTCAAAACACACGTTTATTTTGGATTCAATTAATTGTGATTAATGTTTGCCTATTCTTAAATAAAATTTAAAAACGTTTATTTTTGTTTATCTTTGTACTTGCTTTTTTATGTATTTATTTAGTTTTGCAATAATTATGAGTTCAGTATGTCATCAGTATTTTTAACTTGTTTTGCTGGAAATATGAATAATAAACAGATGACTTAAATGTTTCCAGACATGCATCGAAAGCCTCAAAATTCCAATTTACAGTCTGTTGGGTTTTTAATTACTGTGTGAGAGCAACGCGGCTTGGCTGAACGTGACTTGACAGTTTTTTTTTTTTTTGCCAAACAAAAGGCTTTTGAGTGATTAACAGTCCATTTACCGTAA
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Additional Sequence
None
Fish
Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
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