Genomic Feature

sq36

ID
ZDB-ALT-161017-2
Name
sq36
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one delins (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Sudipto Roy Lab
Current Source
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Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 5
Variants
Variant Type
Delins
Variant Location
Chr 5: 65946401 - 65951486 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
CAGCCAGCGTGGCTGCAAAGAGGGGCTTCCACATGGAGGCCATGGTCTATTTCTTCACAATGTTCTTCACCGCGGTAAGAGAATTGTGGCTTTATTAGATGTGTACTACAATGCAATAGAGTTTGCAGAAATAGCTGGTCTTTACACACTGTAAAAAAAGATTAGTTGGCTTTACTTAAAATAAGTGAGTAAACATGTTTCTTTTAAAAATATTAGTTGACTTTATTTAAAATAACAACTCGTTGCCTTTAAATTTTTAAGTAAATGAACTGTGTATAATTATAAAAATTAAGGTAAATCAACTTAACAGTTCCAAGTTACAATGGGTTTACTCGCTTATTTAAGTCAAGTCAACTTGTTGCTTTAAAGCGAACAGGTCGACCAATTTTTAAGTAACTAATTTGGCACTTTTACAGTGCAGCTTGTGCATGTCTTTAAAATGCAGGGCTCCACACAACTCATTCATGTTTTCCCAACACAAATCTATCTACAAATTTAAGTTGATTGAACAGAAAAAATTAAGTTGTAATTAAGCAAAAGAAGGTTGCTGAGTTGCTGGTTTGAACCTTGGCTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCCTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATATGTGTGTAGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGGCCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCAACAAAAAATGAATGAATAAATGAATGAATGAATACTCTCTTTCTCTAATATTGCACTCTGTCCAATATACTCTCCTATTCTAATAAGGGCAAAAAAATTAAAAATAAAAAAAAAAAAAAGTAAAACTATTTTTTTTTATATGAGTGTATAATTAAGTTTCCTGATATTTTTTTGTTTGCTGAATTCTATCAGTGCATGATTTTAATGTATATTTATATGTAAGAATGTTATTTATATTGTGTTTACGATGTTATTTTCTGACCTAAGATGAACCTAATAAAGCAAAATGATAATAAATATAAATAAATAAACATCTTTAAATAGAAAAAAATATATAACATTTGACTTTTCAGTGGCAAGAAGGTCATTGGTTCGAGCCCTTGCTGGACCAATTGGCATTTCTGTGTGGAGTATGCATGTTCTCTCCGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCATTGTCTAAAGACATGCACTATAGGAGAATTGTCAAAATTGGCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGCAAGAATGTATGGGTGTTTTCCAGTACTGGGTTGCGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGGCGGTTCATTCCGCTCTGGTGACCCCTGATAAATAAGAGACTAAGCCGAAGGGAAATTAATAAATGAATTTTCCTGTACCTCAAGTAGTAAACCAGAGATATGGGTTCACTTCCCAGCGAATGCAAGAACAGATTTTTTTCAGCCCACATTAATTTACTTTTATTCCTAACGCAAAACAAAGTTTCGTTTACAAAGCTCAACCTCCATTTGCTCAACTGTAGGGCCGTAAAAAGGTCTACTTCATAAATTTCTCCAGACAAGAACATGGAAACTTCATCTAATCTGTTCTAGAGCCTTTTAAATTGACATGTATGTCCTCTGCAGATACCTTTCTTTCAAAGTGGCTTAAAATGCTCATGTGTTTTCTGCATTTGTGCTCAGATTTACCACGCATGTGACGGTCCGGGCTTGTCCATTCTCTGTTTCATGAAGTATGACATTCTGGAGTACTTCAGCGTGTACGGGACAGCCATCTCCATGTGGGTCACGCTACTGGGTGAGCAAATAATAACAATTGCATCTAACTGCATACAAACTGTGAGGATTTCTCTGTAATGAATGTCCACAGGTACACATTTGGAATCAGAATTATTAGCCCTCCTGAATTCTTTTTGTTTGACGGAAGGAATGTTTTTTCAACACATTTCTAATCATAATAGTTTCAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTCTTTTATCTTTGCCGTGATGACAGGACATAATATTTGACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTATAGTTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTTTGTACACAATTGAAAACAAATATTGCTTAAGGGGGCTAACATTACATTAAAACATTAAACATTAAAATGATTTCTAAAAAATTAAAAACGTCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATACATTTTTTTCCAGAAGAAAAAATATTATAGGAAATACTGTGAAAAGTTCCTTGCTCCATCATTTGGGAAATATTCGAAAAAAGAAAAACAAATTCACAGGAGGGCGAATAATTCTGTAAATCTATTTATGATAAAATAGACGTGTCAAACAGTGTGATGCAAAAGGCTATTTTTCACGAGCATGTTGACAGGTGTTTACATTTTGCATTCCACTTTGACGTGTCAAGTATTTGCTTTATTTGCAGCGCTTGGGGATTTCGATGAGCCCAAACGCTCTTCGCTCACCATGTTTGGGGTGTTGACCGCAGCTGTGAGGATCTACCAGGACCGACTGGGATACGGCATCTACTCCGGCCCCATCGGGACAGCTGTCTTTATGATCACAGTCAAATGGGTGAGTTTGAGACACGTCAGATGGGTCAGATTCTTCCAGTTAAGGTAGAGTTGTCCTGGAGGGCCAGTGTCCTGCAAAGTTTAGTTTCAATCCCAATCAGACACACCTGGGCTAGCTAATCAAGCTCTTACTAGGCTTTCTAGAAACATCCTTGCAGGTGAGTTGAGGCAAGTTGGAGCTAAAATCTGCAGGACACACCGGCCCTCCACGACCGAGTTTGGACACCCCATGAGTTAAGGAATTAGTTCATGTGAATGACGATATCTGTGAGATGGTCAAAGTTGTCCACATTAGTTTACACAGAATTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTGTTAATAAAAAAATAACAGATTGTATGTACATTATATAACAGCAGTACATTGTAAAAAGTAAGAAGACTTTCGTAAAAAAGTGAGCAAATCCATTGGTTTTAAATCTATCAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGCAAATCCATTGGTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCAATGATTTTAAACCTCTTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTTAAATCTATCAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGCAAATCCATTGGTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCAATGATTTTAAACCTCTTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGTTTTTAAATCTATTCGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTTAAATCTATTCGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGATTTTAAACCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGATTTTAAACCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTTAAACCTATTCGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGTTTTTAAACCTATTAGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGGTTTAAAATCTATTCGTTGCCTTTACTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGATTTTAAACCTCTTAGTTGCCTTTACTTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGTTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTTAAAAAGTGAGTAAACCCATTGTTTTTAAATCTATTAGTTGCCTTTACTTTTAAAACGTGAGTAAACCCATTGGTTTAAAATCTATTCGTTGCCTTTACTTTAAAAGTGAGTAAACCTGTAGCTCCTTAAATTGTAGAGTAAATGTGAGTAAACACATAAAAGTGAGATATTTTCACGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATTAGAAGGCTTAATTAGGTTAATTAAGTAAATTAGGGTAATTTGGCAAGTCTTTGTATAACGATGGTTTGTACTGTAGACAATCAAAAACAAATATTGCTTAAGGGGGCTACTAAAATATTGACCTTAAAATGGTTTTTAAAAATGTAAACTGCTTTTATTACAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATAGGAAATATTGTGAAAAATTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGAGAAATATAAAAAAAAAAAACATTGACAGGAGTGTGAATCATTTTGACTTCAACTTTACATCTTCAAATGTGTCAAGATTAATGCAGATGAGGCCTAAGAGCGAATCACCAAATAAGCTCTATTTGCTCATGGCAACATGGAAACTCAGGATTTTATTATCTCCCACAAATGCTTTCACAAGATTTTACAAATGTTTTTTTTTTTTGTCTTTGCTCCAGTTACAGAAAATGAAGGAAAAGAAAGGCCTTTATCCAGACAAAAGTGTTTACACTCAACAAGTGGGCCCAGGGTGCTGCTTCGGTGCTCTTGCTTTGATGCTTCGCTTCTATTTTGAGGTAAAAAAATATGAACATGTGCAGCTACTGAGGGAACACTTTACACAAGTTGTTTGTTAGGAAAGCCTGTGGTAATGACTTGCCCATTTACTCCCACAGGAGTGGGACTACGCTTATGTTCACAGTTTCTACCACGTGTCTCTGGCCATGTCCTTTATTCTGCTGCTGCCCAAGAAGAACCGTTATGCTGGAACGGGACGTAACGCAGCCAAACTCAACTGCTACACCCTCTGCTGCTGT/null
Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
29 bp inserted / 5094 bp deleted (1)
Transcript Consequence
Premature Stop (1)
Protein Consequence
Polypeptide Truncation (1)
Sequences
Flanking Sequence
None
Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
mymksq36/sq36Homozygous♀+/- ♂+/-Fig. 1 with image from Zhang et al., 2017
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
TSV
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