Genomic Feature

is55

ID
ZDB-ALT-221102-1
Name
is55
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one delins (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
McGrail Lab
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 5
Variants
Variant Type
Delins
Variant Location
Chr 5: 24086686 - 24099670 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
TAGCTAACATTAGCTGTCGAAAATGCAAACTTAGAGTTTCAGTATAATAGCTTTAGGTGACTTTTAGAAATCTTATGTACAGGTATGCGCATTTTTATTCATTTTTAGCTATATCTACTTGCGCGACAGAACTGTGAAGCTAATAAGCTAACGTTAAGCGGCATCTTTGCGACTCTGAGCGATCGCCTGTTTTTTAAATTTAAAGTGAATGTACATGTTATATAAATATCACACTTTGCATAAGAAACAACATCCCGACTTTTATTTTAACGTTATAGTAATTTTAGTTGTCGTGATATATTATTTCCCCCCAGGTTTTTATGACTTTCGTGTTTATAATTTCACAGCAATGGCGCAAAACGACAGCCAAGAGTTCGCGGAGCTCTGGGAGAAGAATTTGATGTAAGTTCGCAAGGGTCGCACTCCTGATACACAACGCTCCTCTTTTTCCTGCCTCTCTAAATTTCCCCGTATTTTTGTTAGCAGCCATGTCAGGTTGCTATAATGTACCTGTCTTAATATTTTTGGTGTTTGCTTGTTTAAGATGCATCTGTCGAACGTATTGTTTATCTGGAGTTCTTTGTATGAGCTTCAACAGATTAATACTAATTTCTCTCTCTTCCTTTTCAATTGTCTCAGAAGTATTCAGCCCCCAGGTGGTGGCTCTTGCTGGGACATCATTAATGATGAGGTATTTAAAAAAATAATCTCAAACACCCAGAAATCTCTATTTTCCTCTTTTGGTTTTCAGTGTTGAACTTTTGTTTGTTCTGTGTTTGCCAGGAGTACTTGCCGGGATCGTTTGACCCCAATTTTTTTGAAAATGTGCTTGAAGAACAGCCTCAGCCATCCACTCTCCCACCAACATCCACTGTTCCGGAGACAAGCGACTATCCCGGCGATCATGGATTTAGGCTCAGGTTCCCGCAGTCTGGCACAGCAAAATCTGTAACTTGCACTGTGAGTCAAAAGCGCATACACACACATACTTTCACAAATTTAATGGAAAGAGACATTTCAGTATAGTTGATCAATCTAGTAATCTTAAATTAAACATTCATAATCCATAATGAAAATATCACAAAACTGTATGTAGAAATCTGTTTGCATATGTGCCATGGTTTGCTCATAATCTGTGTAAATTATTCAGAAATAAAATTAGGGTTAGTGACAAATATGACTGATAATATACTGTATAAGTGTATGTGCAAAGTGGTTATATGATGGTAGTAAGATGGCTAACTTCAGTATGTAGCATATAGTAGTCTAAATGTGGACATGTAGCTGAAGTCATGCAGAGATGCAGGTTGTTCTTACTGGTGAGCGTTGAATCTGAATGCTGAGGATACCACACGGCTTCATTCATTCATTCTTCCCCTCCTCCTCTCCTGTGCTGAATGATATCTCAGGCCTCCTATCTTTTGTATATTCACCACTTGACTTCAGAGATGGTTGTTGTAGTCATTTAGCTCGTTGGTCTGACATCAGGTGTGGGCAAATAAGAAGATTATTTCTTACAGCATTGTCTGAAGACATGAATGGGCATGTTCTCATGTGCAGCGCCAAAAAGTTATCCGGTAGTGGTGGGGTTAAAAAAAAAAGTGACGTCGCACAGCGTACCACCCACAACCAAACCTTTTTTTTTTTCTTTCTTCAGTTGAACTATTGGTTTAGAACTTTTTAAATGCTCACTTTTTAGCCTAAATATTTACTCTGTAATCTAATAGCTCCTGTCACCCTACATGAGTGAATTGGTGCGGAATAAACTTTAGATGTTTAAATTGAATTTTGAAAACCGAGGCTATTTTATTTGCTTTAATAGTGAAATTAAAGAGAGATCATTCATTTGTGGTTAGGATCAATGATTTGATAATTAAGTCAAAAAATGTTGTTAATTTATTTTGGATGTTTAATAGATAATTATCAGGAGATGTTATGGCAAGTGAGTTTTTTTACAACGATATGTGGAAAAATTAAGTTCTTACCAAGACAAGCTGATCTGATGTTCATTCTGTCAACCGACATGGGTGAATTGGTGAATGGATAAAGTAAACGTCATATGTTTGTTTAAAGAGGTTGAGAAAAGTTGTACTATTGACTTTTTAATGTAGCAAGAAACTTTGTTTATTTTGTCAAAGCGACTTGCAGTAAAGGGACAAGCTGTTTATTATGGTGAAATTCATACAGTCAATTCCAGGATTATTATTTTAAATTGTACAGTTTAATAACTGCTCTCTTGACTACCTTTTATGAAAAGAGGTGTTGCTCTAAGATGGCTGCATGACAAAAAAAAATAAAATGGCAGCATTTGTTATTGGTCAAGAAAGCTCTTTCCCTTTCATATTCGGTTATATTAGAAGTTAGTCATATACCTCATTCAGGCAGTCTAGCTTATGTGTGTCTTATTTAATCTGACATGTTATATTTTATCAAGTCCAATAATCTGTCTTTCTTATTGATTTTAGTTTTTGTGCTTTGTTTTTGATTAGAGTTTTTGATTTCCTTTAATTTGAGGTGGAGTTTTATTGTTTAAGGCAGAATCAGTGGAGGTTGAACATGTCTGAACTTGTCCTGATTGAGCAGTGGGGGAGGGGAGTGTCTGCTTTTGCCACAGCACAAACTGCAGACTAAAACACTCAGAACAGAGATGTGTTTCGCATTTTTAAAATATCCTGGCGAACATTTGGAGGGAGATGTTGGTCTTTTTATGCATTTTTTAGGATGGAGTGTAATACATTTTAGGATTGTTAATAGTGCTGGACAGTCAAGCTGGTGCTTCACATTCTGTGTGACATTACAAGACCAGGAGGGTAAGACATTTGAAAAGACATTTAAAAGGCTTGAATGTAAGTGTGATTAAAATGTGTTAATTATTTTGTAGTTCATTAAATTAATTGGTAATTTTGTAAATCTTTGTGATGATATTGTCAAGTGATTTATGCCTGCTAATCTTTTGTTATTTTATTTAATATTATATTTGTGTTATTAGTTTATTGTTCTGTGCTAGTGAAGACGCATTAGGGTGTTTTTTAACATACTTGCATTTTAATTGAGTTAATAAGATTTGCAAATGCATATTAAAATCAGCCTTCTGGACACGACATTCTTTGAGACCGATAGTGCTTCAGTGTTGATGTTTTGATGATACATTATTGATGAGACAAATTTTTATTCACTTTAAAGGGAAAGTTGACAAAAACCTAAAAATGGTTTTACCCAACCGTCACTTACAGTTTAAACTTATTTGAATATCTTCTGTAGACCACAAAAATTAAAATAAATAAATGAATAAATACTGGCCATTGTCATTTTTCGTATTCTTTTACTATGGATATCAGTGGCCACCAATTTTAAACTTTCTTCAAAATATCTATTATGTTAACAAAAAACAGCAACGTTGGAGCCACTTGAGGTTGAGTAAATTTTAATTTTGGGGTGAACTATCTCTTTAAAGCACCAGTACTAAGGAATACCCCAGTCAATAATATCTCATATTTAATCTGCTTTCTCATTAATTTTAGTCATGATTCTTACATTAACTTGTTTAGTTTCTACCGATACTAATAAAAACTGCTTGGATGGATTATTGAACTTTTTTTTTTAAGTGCTAAACTATAACAACTGGGTGAAACTTATTTTTTTGTAATTGCAGTATTCACCGGACCTGAATAAACTCTTCTGTCAGCTGGCAAAAACTTGCCCCGTTCAAATGGTGGTGGACGTTGCCCCTCCACAGGGCTCCGTGGTTCGAGCCACTGCCATCTATAAGAAGTCCGAGCATGTGGCTGAAGTGGTCCGCAGATGCCCCCATCATGAGCGAACCCCGGATGGAGATAGTACAGACATTTTTTTTTCCATATCCATTCTTGCATCATTCTAGGCCTGCACTATTAATTGATTTTAAACCAAAATGACGATTTGAAAAGGTGTGTTTTTTTTTTGTTGTTTTTTGCCAGAAACTGTGATTATTTTGTTTATTACTATGGCGAGGGAGGCAAGTGTGTGTAATTAAAACGATCCAACTAATGTTAGTTAAAAAGCAAACAACCGTTACAGCAGACCCCCAAACCAATATGTGGAGATGAAATGAAAGCTGCTAACTTCATTTCTGCTCTGCTTCTCTCGTTCACTCTCTTGTTTTGGCTGTTACAGTGATTCTTGTGGATCCACACACGCACACGAGCACAATTTTATATATAGTTTTAGTTAAATTTAAAATACTTTAGTTATTTTCTTAATTTGTCATGACGGCTGACAACTTTATTGTATTGTATTATATAAAAAGTGGTTTCAAATAAACAGTAGCATAGTGTACTTTGTGATTATGATTGGTCTTTTTTGGTGCTGTTAAAGCCACCACATCAAACCTGCAGCTCTTAAAAAATTAGTAAATTGCATTTTTAAATTGCAATTTTGATCAGATAAATCGCAATTAGATTTTTTTTTTCAAATCGTGCAGCCCTACACTGGAATACACAAGCTAAACAATTATAAGGTGTTTACTTTTTGCACTGAAAGTTAATATCTTGTCTGTTTTCTCCCTGCTCAGACTTGGCGCCTGCTGGTCATTTGATAAGAGTGGAGGGCAATCAGCGAGCAAATTACAGGGAAGATAACATCACTTTAAGGCATAGTGTTTTTGTCCCATATGAAGCACCACAGGTTAGTCTCTCTATTTTGATCTGTTAAAAAGTCTACCAGTATTGTAGCCACTAGTTGAACCTCATTAATGCTTTTGATTTTATTTTCATGGAAGTTTAAAGTTGATATTGAAGTTGCTTTGGTATGTCACAGCCTTTTTGTAGGACCCTACCAAAATGTTGTTTTTCCCAAATGTATGTTTATGCAAACTACATTTTAGTAATGTAAGTGTGCATAGTAATGTAGTAAGTGTATAAAATGTAACCTTTAACATAACTTTTTCCTTTATTGCAGTCAAAATTAACATTTCAGAACAGTTGAGTATAAATTACTTGAATGCATTATTACATTGAGAAGTC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Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
1 bp inserted / 12985 bp deleted in Intron 1 (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
ATTCTCTGTCCGTCAGGTGACGCTGACGTCACATGCTCCTCCTGTAACTAGGGGAATCCCCAAAACTCCACGCGGATTTGCTTTGTGGATGTCCAATAACCTCCTTGTTTTGGTCATTCTTTAAGTCGATCGACTACATATCCGGGCAATCCGAAAGTCGATAATCGTAGTTTAGTGGAGAGGAGGTCGGCAAAATCAATTCTTGCAAAGGTAACAAAGCGAAACTTTTATTGACTAGCGTTAGTGGTTTGATCGATCATATTTATTAACGTTAACTAGTGTTTGTAGATTCAGCTGTTTGTATATTAAGTAAAAGTCGGGATTTGGTGTGCAACATCATTGGACCGCTTGTGTGTTGTATTATTGTAACAAACTGACGTCGATTCGATAAAAACTGGTAATGAATTAAGAGTGAAACTCGTATTTCGAACTTTAGGCCCGACATCGCTTTAAACGTTACTAAAACGTTGATGTTAACGTTAGCCGCTAAGCCTGTTAGC
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AACAAATGTAGAGTGTAGGGTGTTATTTTAACAATTGTTCTGTTCTGCTTTGAAAAACTGAACAAAAAAAGAAAAATTCT  ...
Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
tp53is55/is55Homozygous♀-/- ♂+/-Fig. 11 from Schultz-Rogers et al., 2022
rbbp4is60/is60; tp53is55/is55ComplexFig. 11 from Schultz-Rogers et al., 2022
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations