Genomic Feature

z48

ID
ZDB-ALT-211022-5
Name
z48
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one delins (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Grunwald Lab
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 11
Variants
Variant Type
Delins
Variant Location
Chr 11: 41717630 - 41769409 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
GTATCCGGATGACAGGAGGCTCCGTTCATACAGTCACACTGCTGCTGACACCCAGAGCCGAAGAGACCAGCCGGACACGCTGAAACACACACAAATCACAGTCATTCAGCATGTGTATGCATGATTGTGGAATTGTGGGTACTTCTCTATTTCCAAGCTAAACCGTCTTATTATTTTTGAAAACAAAAATAATTGTAATTTAAAAAAAAAAGAAAAACGAATTATATCAAGTTATCATGGTGGCTCAATGGTTAGCACTGTGGTGTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGTCTGGTTTGGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTTCGCGTGGGTTTCCTCTAGGTGCTCCCGTTTTCCCACAGTCCAAAGACAAGTGGTACAGGTGAATTGATAAACTAAATTGTTGAGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGAGAGAGAGTGAAAGTAAGAGTGTATGGGTGTTTTTTAGTATTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATTCACTGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCCACCTCTGATAAATAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATAAATTCAATTATTCATTTTCATTCAGCTTAGTCTCTTTATTACTCTTGGGTCGCCACAGTGGAATGAATCCCAACTTATCCAGCAGATGTTTTATGCAGCGGATTCCCATCCAGCTGCAGCCCAACACCAGGAAAGGAAAATAAATGAATGAATGAATGAATAATATCATGAAAATACGAGACATTCAGTTTTAAACATGTCGTGTGCTATCATGTTTAAGGTTAGCGTCTTAAGCTAAAGCGCAAAAAGATGGAAAATGTCAACTCTGTGATGGTTTAAAAGGTTTAACATTAACTTAAACAACAATTAGTAACAAAATCAATCATTAGTTTACATTAATAAGAGATTCAGTGTGCTGTAAATTATCAGGGTATCTGTGGATCCTTAAAAAGTCCATTAGGAAGACCTTTATTCGTCTTAAAAAGTCTTAAATCTGTTTCAAAAGTCTTACAAATGCAATGAAACTGACCTCATGAAGAAGATTTTGTTTCCGTTTTGAAATCTATTTCTATTTGTCCAGAACGAAATAGGCGGAACCCCATAAAATAAACACTCGGATGGTAATTCATTAGTCATGTTGTGTGCTTTCTTTGCAAATTCTGTACTATTAAATTATAATATACATTAAGTTTTAAATTTCATTCAGTGAGTTTTTAAAAAATCCTAGATAGAACACTACCTGTCAAAAGTCTTGTCGCCTGTCCAAGTTTTAGGATCATCAAATAATAGCTTAACTTCTAGTTGAACATTTGGCATCAAAAGTGGCTTAAATGAAAGGCGAAGGCCTCTACATTACGCTTATTTTACCAAAATAAAATGATCAAGCCTTGATTTTTAATAATTTGATCAGGACAGTAAGGTCTGACTTTACTCAGACAAAAGTCTCATCACTGAACAGAAATAATGTCCAGTATAGAATATAAAGTCCTGCTGCAGTGGAGACAGAATGAATATTGTGTCTGACTACATCATGAGCTTGGAGGACTGCATCCATACATCTCTGACATGCCTCAAATCACTGATTAATAAAGTCATCTGGAATGGTGAAGAAAGCGTTCCTGCAGGACTCCCAGAGCTCATCAAGATTCTTTAGATTTGTCTTCAACGCCTCCTCCTTCATCTTACCCCAGACATGCTCAATAATGTTCATGTCTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTCTTTGCTTTCAGGAGCTTTGATGTGGAGGCTGAAGTATGAGGAGCGCTATCCTGCTGGAGAATTTGCCCTCCCCTGTGGTTTGTAACGTAACGGGCAGCACAAATGTCTTAATACCTCAGGCTGTTGATGTTGATCATCCACTCTGCACATCCACTATGCCCCATACTGAATGTAACCCTAAACCATGACATTTCCTTCAACAAGCTTAACTGATTTCTGTGAGAATCTTGGCTCCATGCTGGTTCCAGTAGGTTTTCTGCAGTATTGGTGATGATTGGGATGCAGATCAACTGATGATTCATCTGAGAAATCGACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTAGAACTCAAGTTATTAAGTTATTAACTCTGACAACGGGGATCCATGTCAGGTAGTGTAGAAACCTGCAGACACCCTGATTATATATTACTATAAATCTTTCCAGTTTCAAGAAAATTAATGGAAAATACCTGAAACGTACATACAATTCTGAAATGATTCATATGTTTCTCACCGTGTTCACACAGATGACCGTAATATCCTGGACGACAATGACAACTTCCTGTCACTCGGTCACATGTGCTGTTATTCTGACAGGAACACTGAAGAGAGCAGTCAGGCCCAAAGCTGCCATCAGGACACTCTAATAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATTATATCAAGTTATCTCTAAAACACCCAGAAATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGTTGCATAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGCCAACCCCGGATTAATAAAGGCACTAAGCCGAAAATGAATGAATGAATGAATGGTGTTTTCAGACACTGCTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTACGTTACAAGTCGGTTGTTTACAATCATCAGAGCAAAAGTCTAACAAGTTCTTATTAAATGAAGATGTTATAACCTGTAGAGAGTGCTAAACATGTATTAGTTCTGTATGTCACCTTTATCACAGTGTTTGCCGGTCCAGCCGAGAGCACATGAGCAGTTTCCAGAGACTCCGTCACACACACCTCTGTTACTGCAGTCACAACGCTGAGAACAGCCAGAACCAAACCAACCTGGAGGACAGACTATACACACACAGATGTAACAGAGGGAAACAATATAAGTATTAGTTCTACTGTCCTCAGTGTTATATTAGACAGCTAGTTAAGCTTTAAAATTATAGTTCCCATATCATAAAAACAGCCTTCTTTCATTTGAGAAATATCGCTAAGCTAGGAAATCTCAAATGCAGAAAAGCTTATGCATTTATGACCTCTAGATTAGATTACTGCAATGCTCTGTGCTCTGTTCGCCCAGCAGCCCCTACTAATAAACTTCAGTTACTTCAGCCAGAGTTCTTACTAGGTCAAGAAAACATCCCAGTGTAACAGTGCATGCTGACGATCACATTTGGCATGCTTTGAGACTTTTGTTTCCCTGCTGGTGTTGCAGAGAGTAATGTGATGTGCTTTTTATTTAATGCCATGTCAGCAACCAAGGCTATTTTCATGGCAGGAATCTTTCAACAATAAACATAAAATTTAAGGGCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAGAGCGCAAAACGCAGGGCGCAAACGCTTTCAGGGCGTGTCAGAACGCATTTTTGCTAATTTACAGTCGGGAAAACCTGCTTTGCGCCAAGGCGCATGTTATAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAGTGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGCCAGCTACGTCGCGCCAAGAGCACATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAATGGAAAAAATGAGCATTTCACTAGCAAACAGTTAACATTTTATTAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATGGATCTACTTTCACTTTCACTCTTGGATAGGGAAACCTTTACGCACAGACATCAATTAGTCTATAAATAAATAATTTCGTTTGTTAAGCGCAAAATTTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGAACAATAATAACCAAGTGTGGTCAAAATACTGAGTTATTTCCATATACACCTGCCATGCCCCATATAGTCTAAAACCTGACAGGTGGCCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGTAAATTGTTATGAATAAACTGAAAAAGCCCCCAGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGATTTTTCATATTTATGTAGGCTAGAAAATAAAATGTTTTGTAATATTTTAATTCTTTATATTTATATTCTATATCTATTCTTATTATATCCTATATATATCATTAATATTTACATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGTGTATTAAGCAGTGTGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCTGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGCGCCAGCGGTCCGCCTCAGAGCGCTTCCTTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGCGCACAAATGAGCGCTAATGCATTTGCTATTTAAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTACAGCGTCACGCCTTGCGCCACACTGCGCCGGGTGTATGATAGTGCCCTAAAAATCAACAAACAAAATAAAACATAAATTAAACAAGATTTTTTGTGTTAATACATGATAAAAAAAAATCTAATATCTTTTCTGGTTTCATTTTGTTAAAAATGTCCTTAAAAGAGTTCATTTCATAAAAAAAGTCTTCTGGAATCAGTAAAAGCAGGACAGTCCAGTAAAATGTGTTTTATAGTAAGAGGAGTTTTGCAGCACAAACACTGAGTTGGGTTTTGGTGTTGCAGAGAGAAGCACCATCAGCTCACCTTGATGTGCAGTGCATCTTCCTGTAGCCGGATCATTCCTCACTCCTGTCCCACACGCTGACACATGAGCACAGTCCAGACCATAGCGACCCGCTGGACATGCTGAACACAGGAGGAA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Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
53 bp inserted / 51780 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
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TGCTGGCAGCCGCCGTTATGAACCTGGCACTCGTCAATATCTGCACAGAAACACATATAAACACTGTTTAATATTGCTCG  ...
Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
megf6bz48/z48Homozygous♀+/- ♂+/-Fig. 4 from Teerlink et al., 2020
megf6bz48/z48 + CRISPR1-megf6a + CRISPR2-megf6aComplex2 figures from Teerlink et al., 2020
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
TSV
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