Genomic Feature

nju209

ID
ZDB-ALT-210901-3
Name
nju209
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Xin Lou Lab
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Genome Build: GRCz11Chromosome: 3
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 3: 15708803 - 15731292 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
GAGAGGAGCCGTCTGTAATAAGAGTAGACTTCAGACCCAAAGACTGCAGGAGCTTCACCTGGAAGACAAAACGGTACATGTTTAGAGGCCATTTCTATGTGGTTATGTCATTGGCCCTTAAAAATGTCCTGCTTGTTGTCAAACTATTTCAAAACTGTAACAAGAGGCAATTTAATCATAACTTAATGTTTAAACACCTGCCATACGATTATTTATCAATATTTGGACTTTTTTTGGATTCTCGGAAGCTCTGGAAATTAAAAATGTAAAACAGGAAATGTGCATTGTTATTGTTTACATCCCCCAAAATGGTCTATAATTATCTTTACACGGCAAAAGCAGCACAGAAACCAAACCTGAAGTGGTGTAAAATAAATATATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTGAAATCACAAAAATAAATAAATTAAGAGTTTAGATGCAAAAACCTCTAAAAGCCATTTGTTATTTTCTGTAACTCCTGTGTGTTGGCTCAGTAATTTTACATTTATAGTGACGGATAAGTTCCCTTCATTGCCTTTTAGGTGAAATAACTGAACAAACCGAGGAGGTTAAGAAAAATTCTCATTTTGAGAGACAAAAATGAGACAGCATTTGGAGGTTTTTGCATCTGATGTCTTCAAATACAAATGCATTTACATTTATAGTAAAGCTGTAGGAACTATTCCTCCTAAAATAACAGTTGTAACAAAATCAAATGCTATTTAAAATGATATAACAAATATAAAGAATAAATAAAACATACTGACCAAATTTGTAGCCTAAATAACTTTTTCGTTTCGTAATTAAGGCTATTTCAGAAATAATTTGTACTTTTTTTTTCACATTTGATAAATTCAACAACATCAGAACAAATAATATATAACAATAAATAAATAAAACACAATTCATAATGACTTGTATATTTGTAGCCTACAGTTAGTTAAAAACATAGTTTAATTTTGCATAAAGGCAAACACAATATTAATGCAATCTGCTAAATTACATGTTATGCAGAAGTTTGCAATGCAAGACATATGCATTTCAAACACAAGAGGATGCGTTTTATTTTTAAAAATTGTTTAAAATTCTGCTTAATATGTAATTTAGCGCATTGCATTAATATTCTGGCTTCATCTGCGTGCAAAATTTAGCAAGCTATAGGCTACAAATTTAGTCAGTTTTGGTTGTTTGTTTATTATATATTATTTGTTGTGTTGATGAATTTATCAAATCTGAAAAAAAAAGTCTGTTTTAAAAATAATTTCTGAAGTAGCACTAATTAAGAAACGAAAAACAAATTACTAAGGAGTAAAACATTAAAGTAACAGTTTGCATGATTTAGAGCCTATTTAAATTTATTCTTGAGAGGCTATAGTGCATCTTCATCTGCTTGAATGTTGTACAGCTAATGTTTATCATTTACCAGCTTACGAGTCTTAATATATATAGTCGATTTGTCCTTTATATAGGCCTTGATATAACATTTTAATGCATGTAGCCATGGTGTTTTTGTGTTGAACTGACTGGCGTCCTTTGGGTTGCCATGACAACAATGCTCCTTAGAGTGCCGCTGTTTCGCTTTTTATTTACACTCAATCACAAACCATTGTATCGCCTTAGATACTAGGGACTAAGGGTGAGTGAGACGAGGCACATTTTAGGTCTGCTGAGATCTGCGTTCTGAACTAACACTGAATGTTCTGAGCAGACAGTGATCCGTATGAACACCATTTTTAATCTAATGATGATCATTTAACCCAGTGTTTCTCAACCACATTCCTGGAGGACCACCAGCTCTGCACATTGTCCTTACCCAAACACACCTGATTCAGATCATCCGCTCATTACCAGAGTATGAAAGACCTGTAATGGGTGTGACAAAGCAGACATCTAAAACATGCAGTGTTGGTGGTCCTCATGGATCGTGGTTGAGAAACACAGATTTAACCTATTGAAAGCAGCAGAATCCATTCACACCCATACCAAAATGCTTGTATGTCAACTTCTGTGATGTAAAGGCTCTATAGAAGGATATTCATTTGTGATCGCAGACACTCACCTGTAGTTCAGGCCCGGCTCTGGCCATTTCCTTCAGGGTTTCAGTGCCCAGGTTATCCATCAAATGCTTGAAGCGTTGACTCTCGATGTCTGCCAGCTTCTGCTGCTTCTCCACCTCCAGATGGTCTATCTGCTTCTTGTAGTTCAGCTCTTGTTCGCGTGCCTTACACAGACGCGCCAGCTCTGAGTCCTGACACACACACAGAGAAGAAAAGTCAAAATCTAACAACATAATAATATCAGGGTTCCCACAGGACATGCAGTTTATGGAAAGTCACAGAAGTTTAAGAAATTCATTCCAGACATTAAAGGGAATTGTTTTTGTCTTGCTCATAGAAAATCTGGGATTTTTGCTTGTTGCTTTAAATTGTAGTTTCTATTTATGAAAATGTCAATTATCTATACTGTAATTTTATATCATGCTGTTTTGACGACTATTTTTAGCTCCATTTTGGTTCGTTCATACTCATCAACTCGCAGCCACTTCAGCCATCAGACTATACCTGTAAACTAAGGCTAACATGTTACATTAGATTAGATTCAACTTTATTGTCATTACACATGTGCAAGGCAACGGAATGCAGTTTAGGTCTAACCAGCAGTACAATAGCAGCAAGTGCAGGATACAGGAATAAGTTATAAAGTGCAGTTATAGAATAACTATGGTCATATTTACAGATGGATGTTCTATGAACATTATATAGAGGTGGTATTAACTGTGAACAAAGATTTATAATAGATGAATATATGTACAGGTTGCTATTATTAATCAGAAGTGTGCAGATAGATCAACATAATTACAAATGTATATGTACAGTGGGTATATACAGTTCAAGTGAATGAATCACTGCAATGTAGTGCAATGAATATGTGCAATTTTTAAGTTTAATAAATAACATATCAGATAAATAATATAGATTTTGAAAGCGGTGTCTTCAAATTAACCACTCTTAGAAGACTGGGGGTTAAAGTCTGATGAGAAAAAAATACAGAAAAGCTAAATATAAAGTTTGTAAAACTACTATTGAGTTAAGCTATCCTATATTAGAGATTTATTCATCAATTTCTTTTTAGGTAAATGAGGTGAATGTACCCTTTTCACAAGACTGTTATGTTTAATGGTCATTAGTATCTTCAATCCTTTAAATTTTTAACTATTTAAACAAAAAAAAAAACATATAAACCTATGTGTATTTATATGTATTTATGTATGTATTATATCTTCTTTGCATCAAATTACAAGAAAATGAATTATCGCTTATGCGAGGCGTTTCTAATGCAGCATGTATAGGGAGGACGGTAAATTTGATGTTATTCTCTAGTCTTGCTGCCGTCTTACACAATTTTATTTTTCCTTTTCTGAAAGTTGATAACTCCATTGTGGAGTTTTTGTTTTATTATTTTAACAAATAGGATTGTAAAAAATAATTTGTTTTACTCTCCTCTTCACTGTGTCTAATTTTATCCAACTATGACACCTTCCGCTATACTGAGAAACCCGCAAATGTGAAAAGGGTCCATTTTCAAATTGTTGTTAGTCGCTATTTAACTCATGCAAAATGAAATTCAAACCCCAAAAAAACTGATTCATTAGATTTCAGCTTTTTAGTCAATGAAAGTCATGGAACAGTCAATCTGATATTTAGATTAAAGTGGGAACCCTGTAATGTAAAAATATAAGAAATGACGTACAGCCTCGATTTTCTGAGCCTCTGCTTTGAGTTTGGCCTCTTCGACGGCTGCTTCTCCTTGAATACGAGCTGCTTCGGCTCTAGATTGTGCCTCTGCTTTTGCTGCTCCTGTACTCTCCACCGCAGCACTAGAATGAACACACACATCAATTATTATTGACCGTGGACAAGTTAAACGTTAACATAGCATTGATCTTTGTGGTCAGCTTACCTCTGAGCCTCCAGCTCCAGCAGCTCCTTTCTTGCTTTCTCTGCCTCCGCCTGGTCTGTGATCTTCTGCCTCTCCAGGCGACCCCGAGCCTCCTGCTCCAGACGCTCTGCCTCGTGTCTGAAAGAAAGAAAATTAATGTAAAAACGGACAAAAACATATAACAGAAGCTTGAGTCTTCCTAAAAAAACAGGTTGTATGGGTTTTGGAAGATATCTTATTTGAAGTTTGTAACAAAATCCAAAAAAAAGTGCACGATAAATGACAATATTGTCTCTCAAAAAGAAAAAGTTGTTTCTGAATGACCTTAGGGAGGTAATATATTTTCAAATTCTTTGCCTGCTATTGAGCTACACAAAGTTAACATATTTGGTTTTTTAAGCCAATTGTCCTTAATTTTATGTATATGTACAATGTATGAATGAACATATGAGTGAACTTGTATCTTTCTGTATTTGCTTATGCATACACACATATTAATAATATGGTGTAAAACAGATGCATAGCAATGGTGACAATTTGCTTTATTTTTCAAAACTTTTTGAAATTGTTGTTTAATTAATCAATAAAATAAATAATATATTAATAAATAATTTTTATTAATCAATAAAAAGATGTGAAAACAGTTATATTTGCATGATTCCCCCTGCCCAAACAATTCAAACACTCTGAAATGGGCATTTCGAAATAGGATAGATACATAAAGAGCAATCAAAAGTTGGCCAGCAGACTAATCCGAGCTGAGTTGGCTTATGGAATGGTTTTCAGAAGTGTTAACCTTAATCACTGAGGGGCATAACGACTTACTTTAAGCATAAATATTGTGCATTAATACTACATGTATAGTCTTGTGATGTACCGACATCCAAAACATCAGTGACAGACCATGTTTTCTGAGTCACAAAAAGTCTCTTTTTTAATCTTGGCATTGCATTTTGTCTGAATGCAAACAATTTTTAAAAATGCAAAGGAATTTTTTACCTTT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Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
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Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
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TGTTCTGATCCAGGACATGGATGTAGTGGTGAGGTGGGATCCTGATGATTGAGGCTCCGAGCAGGTGATCAGCGTCCATG  ...
Additional Sequence
None
Fish
Fish Genomic Feature Zygosity Parental Zygosity Affected Genomic Regions Phenotype Gene Expression
mvpnju209/nju209 (AB)Homozygous♀+/- ♂+/-4 figures with image from Zhang et al., 2020
mvpnju209/nju209; pd41Tg (AB)ComplexFigure 3 with image from Zhang et al., 2020
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Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
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