ZFIN Data Reports from: 13 Nov 2024 |
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Category | Download File | Download w Header |
Column Headers | File Size | Number of Records | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Anatomical Ontologies |
Zebrafish Anatomy Term
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Show | 219 KB | 3,092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Anatomy Term Relationships
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Show | 180 KB | 5,963 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Anatomy Term Synonyms
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Show | 156 KB | 2,984 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Development Stage Terms
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Show | 316 KB | 13,380 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Stage Series
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Show | 2 KB | 45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Data |
Antibodies
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Show | 534 KB | 4,293 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Expressions in wild-type
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Show | 571 KB | 10,280 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish Data |
Experiment Details
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Show | 1 MB | 26,904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish Components
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Show | 13 MB | 84,791 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Backgrounds
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Show | 744 KB | 11,300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Features
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Show | 9 MB | 50,359 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype Features (removed or displaced genes)
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Show | 56 KB | 485 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Innocuous/Phenotypic Construct Details
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Show | 2 MB | 27,312 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression |
Expression data for wildtype fish
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Show | 40 MB | 234,706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression Environment Description
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Show | 1018 KB | 14,259 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression Experiment-Figure
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Show | 20 MB | 487,082 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression phenotypes with single chemical in environment in WT fish
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Show | 2 MB | 5,527 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Zebrafish Gene Expression by Stage and Anatomy Term
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Show | 37 MB | 487,218 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Antibody Expression Assay Records
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Show | 3 MB | 22,785 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Expression Assay Records
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Show | 23 MB | 170,850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genetic Marker Relationships |
Genetic Marker Relationships
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Show | 14 MB | 135,966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genetic Markers |
Genetic Marker
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Show | 12 MB | 192,430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Previous ZFIN IDs
(includes former and current ZFIN IDs for merged data) |
Show | 1 MB | 38,645 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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SNP Data
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Show | 148 MB | 2,672,560 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Feature Data |
All Genomic Features
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Show | 8 MB | 77,336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Construct Components
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Show | 2 MB | 18,206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Feature Data for CZRC
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Show | 12 MB | 77,205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genomic Features and their affected genes
(alleles, deficiencies, translocations) |
Show | 10 MB | 55,668 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transgenic Insertions
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Show | 3 MB | 34,339 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Disease |
Disease Models that Include Chemical
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Show | 112 KB | 580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene to Disease via Orthology
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Show | 1 MB | 8,931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Disease Attributions
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Show | 342 KB | 4,637 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Disease/Models
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Show | 335 KB | 2,770 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Image Data |
Image-Figure translations
Note: |
Show | 8 MB | 176,232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Knockdown Reagent Data |
CRISPR
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Show | 1 MB | 11,282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Morpholino
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Show | 1 MB | 12,085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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TALEN
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Show | 147 KB | 1,051 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mapping Data |
Mapping Data from the 6 Zebrafish Mapping Panels
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Show | 1 MB | 36,499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Orthology Data |
Drosophila and Zebrafish Orthology
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Show | 9 KB | 77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human and Zebrafish Orthology
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Show | 5 MB | 43,708 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mouse and Zebrafish Orthology
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Show | 4 MB | 31,752 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypic Zebrafish genes with Human Orthology
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Show | 202 KB | 4,677 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype Data |
Ameliorated Phenotypes
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Show | 1 MB | 7,832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Ameliorated Phenotypes with Chemicals
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Show | 1 MB | 5,545 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Antibody Labeling Phenotypes
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Show | 1 MB | 5,221 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Exacerbated Phenotypes
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Show | 307 KB | 1,221 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish with Abnormal and Normal Phenotypes
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Show | 47 MB | 208,156 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Fish-Figure relation
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Show | 2 MB | 72,735 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression Phenotypes
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Show | 13 MB | 44,082 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression Phenotypes with Chemicals
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Show | 4 MB | 10,819 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype Environment Description
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Show | 1 MB | 19,761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype for Zebrafish genes with Human Orthology
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Show | 7 MB | 63,664 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotype of Zebrafish Genes
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Show | 39 MB | 157,258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes Modified by Chemical - Ameliorated or Exacerbated
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Show | 1 MB | 6,081 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes with Chemicals in Environment
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Show | 8 MB | 26,211 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes with single chemical in environment in WT fish
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Show | 2 MB | 9,505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Previous Names |
Previous Names
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Show | 13 MB | 195,086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Publications |
Fish-Publication relation
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Show | 5 MB | 129,964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene-Publication relation
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Show | 36 MB | 659,491 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genotype-Publication relation
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Show | 4 MB | 102,145 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Bibliography
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Show | 12 MB | 48,212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker IDs / UniProtKB IDs to ZFIN Pub IDs & PubMed IDs
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Show | 4 MB | 55,556 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Publication IDs: ZFIN IDs to PubMed IDs
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Show | 1 MB | 60,429 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sequence Coordinates |
Assembly: Ensembl
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Show | 158 MB | 1,152,227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Complete Assembly Clones: Ensembl
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Show | 4 MB | 51,655 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transgenic Insertion: ENSEMBL
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Show | 2 MB | 15,224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene Models
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Show | 93 MB | 925,080 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Antibodies: Ensembl
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Show | 229 KB | 1,045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Expression: Ensembl
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Show | 2 MB | 13,022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Genes with Phenotype: Ensembl
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Show | 1 MB | 4,949 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Knockdown Reagents: Ensembl
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Show | 3 MB | 27,640 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sequence Data |
Transcripts
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Show | 5 MB | 55,171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene IDs indirectly and directly associated with Sequence Accessions via cDNA & EST
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Show | 6 MB | 138,144 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Gene IDs indirectly associated with Sequence Accessions via cDNA & EST
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Show | 1 MB | 41,448 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to Ensembl IDs
(Only associations with 1:1 relationships between ZFIN marker IDs and Ensembl IDs are stored in ZFIN. All associations can be obtained using BioMart http://www.ensembl.org/biomart/martview) |
Show | 1 MB | 26,751 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to GenBank sequence data
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Show | 8 MB | 175,452 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to GenPept protein data
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Show | 1 MB | 43,393 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to InterPro protein data
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Show | 315 MB | 6,915,456 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to NCBI Gene data
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Show | 1 MB | 24,765 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to RefSeq sequence data
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Show | 4 MB | 96,654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to Sanger Vega data
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Show | 2 MB | 38,876 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Marker associations to UniProt protein data
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Show | 1 MB | 41,117 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Toxicology |
Ameliorated Phenotypes with Chemicals
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Show | 1 MB | 5,545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Disease Models that Include Chemical
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Show | 112 KB | 580 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Expression phenotypes with single chemical in environment in WT fish
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Show | 2 MB | 5,527 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Expression Phenotypes with Chemicals
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Show | 4 MB | 10,819 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes Modified by Chemical - Ameliorated or Exacerbated
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Show | 1 MB | 6,081 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes with Chemicals in Environment
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Show | 8 MB | 26,211 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phenotypes with single chemical in environment in WT fish
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Show | 2 MB | 9,505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Wildtype Lines |
Wildtype Lines
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Show | 1 KB | 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ZFIN Identifiers |
ZFIN Identifiers
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Show | 24 MB | 283,547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Externally Hosted Files:
The 'File Name'-links point to the latest version. To obtain previous versions you have to check the archive of the external source.Category | Description | External Source | File Name | Update Frequency | Format / Header | |
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Gene Ontology Data |
Gene Ontology (GO) Annotations of Zebrafish Markers
(see also GO Annotation File format at the Gene Ontology Consortium) |
geneontology.org | gene_association.zfin.gz | weekly | ||
Anatomical Ontologies | Zebrafish Anatomical Ontology in OBO Format | Obofoundry | zebrafish_anatomy.obo | quarterly | OBO file format |