Genomic Feature

p3PRD

ID
ZDB-ALT-180226-3
Name
p3PRD
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Mullins Laboratory
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 19: 35141216 - 35150349 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
ACCATGTTAATGTGGTCCAGGTTCTGATTGGCTGCTGGTCGTGGAGAGCTATAACATGGAACTTCCGGCTCAAGGAGCTAATTTTGGTGTGACTGTTGCTGAGAGTGGAGAGCTCCTGGATTTTCCCTACCCCGCTGGCCAACAACAAAACTTTACTATTGTCACGTATGTCCACGTATGCTTGAAACTTTGAGAGTTTGAGCTTGTAGGGGTGGCCTGCTTATATATTTTGGTTACTTTTGATTTTATGTTCAGAGGAAGGTAAGCTGCCTGTATTTTTTTCTTTAAGGATTTATTTAGTTTATTTACTTTGTAGATTGCTTGTTATGTTGACCAGTGGCAACTCTGAAGATATGCTCATTGAATTGCTACATTGACCTTCAATGAATACATTTAATTAATCTCATCTGAGTGTCTGCATTTGGTTGTCGACTGAAGGGAATCTTTTTGTAAATGATTATTTTTTTCTTAGGAAATCCACCACTTTAACCTCATTTGGTAATTATTCCCCTGTAGTTGTTTTCCCCTGGACATGGGGCGTAATATTTTGAGTAAAATATTAATATTTGGTTTATTACATAAAGGTCTGATGACATTTCTTACAAACTGTACAAAAGAAAATCCTGTTAAGAGTCTATTTTTTCCCAGAAAAAAATGTCTTCATTCGTAGTGAATAAAAATGAGGGTTCATTGACCAAGCATTGACATGGCACCTTGTTATTTTCATAAAAAAAGCTCTAAATGACAACATTTTTTAATTTTTAATCCATAACTACAAATAGCAATTCCAGAGAAACTGAGAATTTTTAAGTGGTCTCTGAATTTTTTTAAATGTCTATGTGTAATTGCTTGAAAAGATATTGCCACACTTGATGTTTTACCTCACACAACTGCTGCTTCCGAGTGATCTCTGCCACTGTCTGTCCGTCTACCCCAGTTTCTTCCTGCATTTGAGTGTCAGTCTCCTTAACCCAACTGAGAAGTTTGTCAACATGATCTTGCAAAGACTTCAGCTGACTGTTTACAGCTTCCTGCAAAAATATAAATGTCATGCAAAGATATTTAAAACAAACTAAAGCAAAAAAAAAAAAAAACTCTCTCAACTAAATTTTGCATGATTTTCCTTACATTTTGAGCATCACGTTGTGTTCGTAACCCCTGCAGAGTATTCTGTGCATGGTCCCTGGCTGCACTATAAGCTCGGGTTAAGCCATGCACATCTTTTTCCAGGGCCATAAGCAGCTGAGGTGGAACATCCTCAAGGTTAGACTCCAGTAGCTGTGTAGCTGATTCAATCTCAGTGTGCACTTCTGGTTCCAGATCCCCAATTTCTAGAACAAGGGCCTGAAAAGAGAATTAAAATAAAATATACCCCTTGTTATCTTAACTTGTAAAAATGAACTACTATGCATGCTAAACTTTAATTGTAACACATAGCAAATACCTCTGTCTGCCTGATTATGTCATCAAGTGTGGAGAGACTTCGACCAACGGACTGTTGCTGCTGCTGCTTAAGGCGAACCTCAATGTGTCTCACCATGGAAAGCAGGGCCACAATCTGTTGGTCGTGCTCCAAGCACTCTTGCCGGGCAAGTGAGGACTGAAAGAGAAGGAAAATTATTTAAAAGATCCAATTTATAGTAAACTGTATATAAATATAAACTATAGAATGACTCTTTACCTTGCTGACTTTTGTAGCATCCCTACCCATTTCTTCAATATTAACTTGAAGAACTTCAGGTTGTCTCTCCACTGAACCCATTGGATATTCTTCCACCACTTCCTTTTGCGTGTTATCAGACTCTGGCATAACCTCCTTAAAGGGTAGCCCAGAAATGTTATTTTCTTGGTTAAAAGGTTCATCTTTGAAAAGGGTCTCCTCATTTCTTTTCGAATAAATTTCACTTGATTTCACCTTTTTTGGTTCTATCTTGACCATCGGAGTACACGCCTCACTTGACAGAAGCTCTTTAGAGTCTTTTATTGCAGGAATGTCAGTAACATGTTCGACTGGTAACGATTTGGCAACTTCGTGACTGCTTGATGGTGATGTCAATTCAATTACAGATTCAATTAACTTTTCATCTTCTGAATATAATGGCTCAATGTTTTGTTCTTCTGCCTTTCTTTCTTTGGTTTCCCCAATAAAATTTGGTATTTTAACAATATATTTCTGCTTAATGTCCACAATGTCATCAGAGGACTTCAAGGATGAAATGTCCTGATTCATATCATCCTCACTTAATCCTGATTTAGTTTTCTTGTCACGCTGATCTTGAAGAAGTTGTGTTTTAGTTGAGGAGCATGCATCAATATCAGCCCCAGGTAGATCCTCTGCAGTGGTTGGCATCGACCTGTCTTTATTTTTGCTAAGTTCTTGCCTTGACTTGTGTAGTTTACTGTCTTGCTTCTTACTTGGAGTTTGCTTATTGCTTGTCATTTCCACACTATTTCCCTCCTGTGCGGTTATACGGCGTTCTCCATTATTGGCTGAGTGACGCATAGCCTCTAATTCTTCAGCAGCCTGCTTTTCACTCACTCCCCGCTCAAACACCTTCTTGAGAATGCTTTCCTTAGCTTTCCTCAAAAGTATTTCCTTCTGTGCCAGTGCCTGCTTAGCTTCCTCTAATTTCTTCACATGTTCTTTCTGATCTGACTGGCTGCTTTGAGTTTGAACCTCAGGGATTATCATCTTCTGCTCTTTCTCCGTCTCATCATCTCTTTTTTCTTCTCCCTCTTCAACAATGACCACTTGCTTAGCCTTTTTACTTTTGCTTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTGATACCTCAGTGCAGAGGTCTTTAGAGACCTCAGTAACTTCCTGATTCTGGTCTGTTTTGCCTTTGTAAATTGTTGGACTGTGTGGTGTTAAAGTCTTCTCTTTCTGGCTTGTATTGTTTTCACGATCAGACTCCCATTTGGGGGCTTTCATTTCATTAGCAGTTCTATCTATCCCAGTTTCCATATCTTGGCCTTGAACATTCTCTCCACTCCCTGACACAGTTCCACTTCCTTGGGTCATCTCTGACTGCTGTACTGTCTCATTGCCATCTTTTATGAAAGGTTCTTGACTGGTTGTAAAGCCACCTTGTTCATCAAGCTCTGCTTTTTCTGAAGGAAATATTCTGACTGAGGTGTCTGAAACAAGTGGCCTCTCATCCTTTTCCATTTTAGCTTTCTTGCTGTTTTTCCCTCTACCTTTCTTCTTTCCTGGTACCTTTACTTCCATTGTGGTTGTAGAAACCACATCAAATCCATCTGTCTTGCTGTCCTTCATTTCCTCAGCTTCTGCCTCAAAACCATGACCTCCCGTTTTTTTTTCTTTTAGCATGTGTTCCTTGTTTTGCAAGTCTTCATCAATATCTGAAGAAATAACATTAGAGACTGCAGGCTCACTTACTGTTTGGCACTTGACCCTAGTCTTTGCTTTTGTTTCCTTAGTAGATAGGACTTGTTCCTTGCTGTCACCATTGTTTTCTGAGAAACTGGCAGTAGAAATTGCAGATTTAGTGTCTGTCTGCCTTAGGATATTTGTCTCTGTGGTGCAGTCGGGTAATGTTGTTGAATTCCCAACTTCAACCTCTTGCCATCTGATCTCAGAAGTCTCTTGAGGTTGATTAGTACTTCGAGTTTGCTCTGATTTGACATATTTGCCTTTTGAAGGCCTTATGTCTTTAATGGCCTGCTGAAGTCTTTTTTCTGCTTTCAAGGTAAATTCAGTCAGGACCTCCAATGATGTGTCATTGCTCTCCTGAATCACTGTATCAACCAGCTGTTTCTTGCTTTCTGAATCAGGAAAGATCTCTGTTTCAAGCCCATCTTTTCTCATATGGCCGGCACCTTTAATTTCAAGATCACCCTGCTGTCGTTCCATAGGCATATTCTCAAATTTTACATCATCAGCACTTAGTTCCACAGACAAAGTCTTAAATTCCAAAGGATCTTCTTTCTTTTCTTTATCAGGTTTGTCAAAACAGTCTCTGTTTGCATCATGTTCAAAAATGTCCAGTTCCACAGACTGTTTTAAAGTCCTAGCTTCTTTTAGTTTGCTATTTAGCGGATCATATTGTACAATTTTTACAGTATCTTGCGAAGTTAGTCTACTGCCTTCATCCACATCAATCTGTTTTTGTTCAGTTATCTCCACCACACTGGTCTCTGCTTGTTCCACCTTTGGAATTTGCTTATTTTCAGATTGATTTACAGTTGAATCTGCAATATGATGTTCAGAGAGCATCTTGTTATCTGATATAGTCTTTGGTAAAGTTGAGCTTGTATTTGAAGCCACTATTGAGGTTTGTCCCATCTCTGCTGAAGGTGTAAGATGCTCTGTTGTCCTTTCAATAGTCTTACCCAAATCAGTCAATTTGCTGGCAATTTTTTGTGTTTTAATACTGGATTTTTCATATTGTTCTGATGCCTCAGATACCTTTTTCTCTTTCTTTTGCCAGCACTCTTCTTGCAGTGGCTCTATAAATGGGCTTTTTGTGCCTGTCAATGAGGAAAGTCTTTCCTTAGCTTGTTCACAACTCCTACTCATATCAAGTTTCTTCCTGTCTGTTTTATCTTTTTTAGTCTTAGCATCATCATTGCATTCTCCTGATGACAGAACTTGCTCTTCCCAGAGCTTATGTGAAGTCACCATATACGTTTCTTTTGTGCCTGATAAGCGGGAAAGATCTTCCTCTGATCTTGGTGGCAGTATCTTACTGGCAGCTTCATTTTCTTTAATCTTGAGTTCTTTATATTTTCCTGTTGATAGAACTTTTTCTTGTAAGTTCACTTCCTGTAAAGGCTCTGTCAATGCTCTGGCTGTATCTGCTATGGGGGCAAGATCTTCCTCGGTTCTTTCAACTGTCTCACCCACAGCAGTGTTCACCCAGGCCATTTTACCCATTATAATCATGGAATTTTCACATTCATCTGATGACAACACTTTCTCTTGCTGAACAAACTCATCCATTGACTCTAATTCTCTGCCA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Variant Notes
Macf1a-PRD domain is deleted
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
9100 bp deleted (1)
Transcript Consequence
Exon Loss of Exon 36 (1)
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
GCAAACCTCTCTATCCCTTGTAGCTTGTCTCTCTTTTTCCATTTTCTCTTCTTTCACTTTCTGTTCTTTCTTCAGTCGTTCATGCTCTCTCATCTGCTGGGCTAATAGTGCCTCTGCTCTGGCATCATTGAGACCAACGGCCTGGTGAAAGACCCTCTGCAGCTGCTCCAGCTGTCCAAGAAGGTGTCTGCTCTGATCAGGCAGCAGGTCTTGAGCATGCTCAGAGATGAACACCTGAATATTGAACGCCACGTTGCCGACTTCATTGGATCGGGCAGTGAGAGAGTTCTGTAACTGCTGCAGTGAAGGAAAAAATAAAAATAAAAATATATAACTGTGAAAAATATGCTGTATTCAAATGTAAATGTACTTCAAAATTCGCAGATTCTCTAGATTTACTGAACTGATTTTGGTATGGGTTTCTGTAATGACTAAAGTTTATTTATTTAGTTTTTTTCTTTGTCCCACTTTCTTGTTTTGTTTTTATTTTCCCATACGCT
ACCATGTTAATGTGGTCCAGGTTCTGATTGGCTGCTGGTCGTGGAGAGCTATAACATGGAACTTCCGGCTCAAGGAGCTAATTTTGGTGTGACTGTTGCTGAGAGTGGAGAGCTCCTGGATTTTCCCTACCCCGCTGGCCAACAACAAAACTTTACTATTGTCACGTATGTCCACGTATGCTTGAAACTTTGAGAGTTTGAGCTTGTAGGGGTGGCCTGCTTATATATTTTGGTTACTTTTGATTTTATGTTCAGAGGAAGGTAAGCTGCCTGTATTTTTTTCTTTAAGGATTTATTTAGTTTATTTACTTTGTAGATTGCTTGTTATGTTGACCAGTGGCAACTCTGAAGATATGCTCATTGAATTGCTACATTGACCTTCAATGAATACATTTAATTAATCTCATCTGAGTGTCTGCATTTGGTTGTCGACTGAAGGGAATCTTTTTGTAAATGATTATTTTTTTCTTAGGAAATCCACCACTTTAACCTCATTTGGTAATTATTCCCCTGTAGTTGTTTTCCCCTGGACATGGGGCGTAATATTTTGAGTAAAATATTAATATTTGGTTTATTACATAAAGGTCTGATGACATTTCTTACAAACTGTACAAAAGAAAATCCTGTTAAGAGTCTATTTTTTCCCAGAAAAAAATGTCTTCATTCGTAGTGAATAAAAATGAGGGTTCATTGACCAAGCATTGACATGGCACCTTGTTATTTTCATAAAAAAAGCTCTAAATGACAACATTTTTTAATTTTTAATCCATAACTACAAATAGCAATTCCAGAGAAACTGAGAATTTTTAAGTGGTCTCTGAATTTTTTTAAATGTCTATGTGTAATTGCTTGAAAAGATATTGCCACACTTGATGTTTTACCTCACACAACTGCTGCTTCCGAGTGATCTCTGCCACTGTCTGTCCGTCTACCCCAGTTTCTTCCTGCATTTGAGTGTCAGTCTCCTTAACCCAACTGAGAAGTTTGTCAACATGATCTTGCAAAGACTTCAGCTGACTGTTTACAGCTTCCTGCAAAAATATAAATGTCATGCAAAGATATTTAAAACAAACTAAAGCAAAAAAAAAAAAAAACTCTCTCAACTAAATTTTGCATGATTTTCCTTACATTTTGAGCATCACGTTGTGTTCGTAACCCCTGCAGAGTATTCTGTGCATGGTCCCTGGCTGCACTATAAGCTCGGGTTAAGCCATGCACATCTTTTTCCAGGGCCATAAGCAGCTGAGGTGGAACATCCTCAAGGTTAGACTCCAGTAGCTGTGTAGCTGATTCAATCTCAGTGTGCACTTCTGGTTCCAGATCCCCAATTTCTAGAACAAGGGCCTGAAAAGAGAATTAAAATAAAATATACCCCTTGTTATCTTAACTTGTAAAAATGAACTACTATGCATGCTAAACTTTAATTGTAACACATAGCAAATACCTCTGTCTGCCTGATTATGTCATCAAGTGTGGAGAGACTTCGACCAACGGACTGTTGCTGCTGCTGCTTAAGGCGAACCTCAATGTGTCTCACCATGGAAAGCAGGGCCACAATCTGTTGGTCGTGCTCCAAGCACTCTTGCCGGGCAAGTGAGGACTGAAAGAGAAGGAAAATTATTTAAAAGATCCAATTTATAGTAAACTGTATATAAATATAAACTATAGAATGACTCTTTACCTTGCTGACTTTTGTAGCATCCCTACCCATTTCTTCAATATTAACTTGAAGAACTTCAGGTTGTCTCTCCACTGAACCCATTGGATATTCTTCCACCACTTCCTTTTGCGTGTTATCAGACTCTGGCATAACCTCCTTAAAGGGTAGCCCAGAAATGTTATTTTCTTGGTTAAAAGGTTCATCTTTGAAAAGGGTCTCCTCATTTCTTTTCGAATAAATTTCACTTGATTTCACCTTTTTTGGTTCTATCTTGACCATCGGAGTACACGCCTCACTTGACAGAAGCTCTTTAGAGTCTTTTATTGCAGGAATGTCAGTAACATGTTCGACTGGTAACGATTTGGCAACTTCGTGACTGCTTGATGGTGATGTCAATTCAATTACAGATTCAATTAACTTTTCATCTTCTGAATATAATGGCTCAATGTTTTGTTCTTCTGCCTTTCTTTCTTTGGTTTCCCCAATAAAATTTGGTATTTTAACAATATATTTCTGCTTAATGTCCACAATGTCATCAGAGGACTTCAAGGATGAAATGTCCTGATTCATATCATCCTCACTTAATCCTGATTTAGTTTTCTTGTCACGCTGATCTTGAAGAAGTTGTGTTTTAGTTGAGGAGCATGCATCAATATCAGCCCCAGGTAGATCCTCTGCAGTGGTTGGCATCGACCTGTCTTTATTTTTGCTAAGTTCTTGCCTTGACTTGTGTAGTTTACTGTCTTGCTTCTTACTTGGAGTTTGCTTATTGCTTGTCATTTCCACACTATTTCCCTCCTGTGCGGTTATACGGCGTTCTCCATTATTGGCTGAGTGACGCATAGCCTCTAATTCTTCAGCAGCCTGCTTTTCACTCACTCCCCGCTCAAACACCTTCTTGAGAATGCTTTCCTTAGCTTTCCTCAAAAGTATTTCCTTCTGTGCCAGTGCCTGCTTAGCTTCCTCTAATTTCTTCACATGTTCTTTCTGATCTGACTGGCTGCTTTGAGTTTGAACCTCAGGGATTATCATCTTCTGCTCTTTCTCCGTCTCATCATCTCTTTTTTCTTCTCCCTCTTCAACAATGACCACTTGCTTAGCCTTTTTACTTTTGCTTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTGATACCTCAGTGCAGAGGTCTTTAGAGACCTCAGTAACTTCCTGATTCTGGTCTGTTTTGCCTTTGTAAATTGTTGGACTGTGTGGTGTTAAAGTCTTCTCTTTCTGGCTTGTATTGTTTTCACGATCAGACTCCCATTTGGGGGCTTTCATTTCATTAGCAGTTCTATCTATCCCAGTTTCCATATCTTGGCCTTGAACATTCTCTCCACTCCCTGACACAGTTCCACTTCCTTGGGTCATCTCTGACTGCTGTACTGTCTCATTGCCATCTTTTATGAAAGGTTCTTGACTGGTTGTAAAGCCACCTTGTTCATCAAGCTCTGCTTTTTCTGAAGGAAATATTCTGACTGAGGTGTCTGAAACAAGTGGCCTCTCATCCTTTTCCATTTTAGCTTTCTTGCTGTTTTTCCCTCTACCTTTCTTCTTTCCTGGTACCTTTACTTCCATTGTGGTTGTAGAAACCACATCAAATCCATCTGTCTTGCTGTCCTTCATTTCCTCAGCTTCTGCCTCAAAACCATGACCTCCCGTTTTTTTTTCTTTTAGCATGTGTTCCTTGTTTTGCAAGTCTTCATCAATATCTGAAGAAATAACATTAGAGACTGCAGGCTCACTTACTGTTTGGCACTTGACCCTAGTCTTTGCTTTTGTTTCCTTAGTAGATAGGACTTGTTCCTTGCTGTCACCATTGTTTTCTGAGAAACTGGCAGTAGAAATTGCAGATTTAGTGTCTGTCTGCCTTAGGATATTTGTCTCTGTGGTGCAGTCGGGTAATGTTGTTGAATTCCCAACTTCAACCTCTTGCCATCTGATCTCAGAAGTCTCTTGAGGTTGATTAGTACTTCGAGTTTGCTCTGATTTGACATATTTGCCTTTTGAAGGCCTTATGTCTTTAATGGCCTGCTGAAGTCTTTTTTCTGCTTTCAAGGTAAATTCAGTCAGGACCTCCAATGATGTGTCATTGCTCTCCTGAATCACTGTATCAACCAGCTGTTTCTTGCTTTCTGAATCAGGAAAGATCTCTGTTTCAAGCCCATCTTTTCTCATATGGCCGGCACCTTTAATTTCAAGATCACCCTGCTGTCGTTCCATAGGCATATTCTCAAATTTTACATCATCAGCACTTAGTTCCACAGACAAAGTCTTAAATTCCAAAGGATCTTCTTTCTTTTCTTTATCAGGTTTGTCAAAACAGTCTCTGTTTGCATCATGTTCAAAAATGTCCAGTTCCACAGACTGTTTTAAAGTCCTAGCTTCTTTTAGTTTGCTATTTAGCGGATCATATTGTACAATTTTTACAGTATCTTGCGAAGTTAGTCTACTGCCTTCATCCACATCAATCTGTTTTTGTTCAGTTATCTCCACCACACTGGTCTCTGCTTGTTCCACCTTTGGAATTTGCTTATTTTCAGATTGATTTACAGTTGAATCTGCAATATGATGTTCAGAGAGCATCTTGTTATCTGATATAGTCTTTGGTAAAGTTGAGCTTGTATTTGAAGCCACTATTGAGGTTTGTCCCATCTCTGCTGAAGGTGTAAGATGCTCTGTTGTCCTTTCAATAGTCTTACCCAAATCAGTCAATTTGCTGGCAATTTTTTGTGTTTTAATACTGGATTTTTCATATTGTTCTGATGCCTCAGATACCTTTTTCTCTTTCTTTTGCCAGCACTCTTCTTGCAGTGGCTCTATAAATGGGCTTTTTGTGCCTGTCAATGAGGAAAGTCTTTCCTTAGCTTGTTCACAACTCCTACTCATATCAAGTTTCTTCCTGTCTGTTTTATCTTTTTTAGTCTTAGCATCATCATTGCATTCTCCTGATGACAGAACTTGCTCTTCCCAGAGCTTATGTGAAGTCACCATATACGTTTCTTTTGTGCCTGATAAGCGGGAAAGATCTTCCTCTGATCTTGGTGGCAGTATCTTACTGGCAGCTTCATTTTCTTTAATCTTGAGTTCTTTATATTTTCCTGTTGATAGAACTTTTTCTTGTAAGTTCACTTCCTGTAAAGGCTCTGTCAATGCTCTGGCTGTATCTGCTATGGGGGCAAGATCTTCCTCGGTTCTTTCAACTGTCTCACCCACAGCAGTGTTCACCCAGGCCATTTTACCCATTATAATCATGGAATTTTCACATTCATCTGATGACAACACTTTCTCTTGCTGAACAAACTCATCCATTGACTCTAATTCTCTGCCA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GGATGTTAGCGATCTGCATGCCACACTCCAGCTGCCTGATATGCTGCCCGGAACTGACTAATACTACTATATTCATTCCT  ...
Additional Sequence
None
Fish
Supplemental Information
Genotyping protocol
None
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