Transcript

msrb1a-203

ID
ZDB-TSCRIPT-090929-7149
Name
msrb1a-203 Nomenclature History
Previous Names
  • msrb1a-002
  • sepx1-002
  • sepx1a-002
Transcript Type
aberrant processed transcript
Annotation Status
nonsense mediated decay
Annotation Method
Ensembl
Associated With Genes
Strain
TU
Non Reference Strain
Genome Resources
RNA Central
None
Note
None
Sequence
ENSDART00000145904 (1) [ Show ] (double-click sequence to select) [Download]
>tpe|ENSDART00000145904.3|gene_biotype:protein_coding|ENSDARG00000025436.8 transcript_biotype:nonsense_mediated_decay gene_symbol:msrb1a cdna chromosome:GRCz11:3:18798431:18805221:-1
CTGGCACACAGAAAGTTACAGTTGTGCGCTTTCAGTTGAT
CACAGTCCGTCTAAACATGTCTTTCTGTTCGTTCTCTGGA
GGGGAGATTTATAAAGATCATTTTGAGAGCGGCATGTATG
TGTGTGCTCAGTGTGGATACGAGCTCTTCTCCAGCAGATC
CAAATATGAGCACTCGTCCCCCTGGCCAGCCTTCACTGAA
ACCATCCATGAAGACAGCGTGTCTAAACAGGAGGAAAGAT
GGGGCGCCTACAAGATGTGGAAAGTGTGGAAATGGTCTTG
GCCATGAGTTTGTGAATGACGGACCCAAACACGGCCTCTC
ACGCTTCTGAATATTTAGCAGCTCTCTGAAGTTCATTCCT
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GATGGCGAATGAAACGTTCTGAAGAAAAGCCCAGCGAGGA
ACATTCAGAGCGAGGATGTGTAAAACAGCCTCATGAGGCA
CATTTAGATGCTCACTCGCAATTACTGCTACTGACAATCA
CCACGCACAACCATACATGATCAATTCTTTTAGGAATAAG
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TCAGATATGCTTTAAAATGTAATCCGTTCTTGTTTTCAGA
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AATATAAGTCTTGTACATCATTTGTTAATCAAATTTTTCA
ACATTTACTAATGCATTATTAGCATCCATATCCAATGCTT
GTTAACATTTGCTAATTCACTGTGAGTTAACATGAACTTA
CAATGAACGACTGCATTTACATGACCTAATGTCACTAACA
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CATGTTCGTATAAATGCATTAATTAACATTAACTAATACA
ACCTTATTGTAAAGTGTTACCCAAATTTCTTGTGACACAA
CCCTTTACAAATCATCCTGATGCTCAAGAAACATTTGTTA
TTATGATTAAACAGTTTTTTGTGGACTGACTCCAAACTTT
TCAAGGCATCGCACCTTTTATCTTAGTTTTTATGGATTAT
TAGTTACTTTTTACATGTTTTTGGTTAATGTACAAATCCC
AATGCTGACTTGATCATTTATGCTGCTCCAGTTGGACATA
GAGAGATAATCTTTTGGAGTTTTTTTGCACATTAACCACA
TTAAATAATTTATGAATTTTCAAAGCCATTTTGGTGTTTG
TAAGGGAAAATTATATTTACAAAAAGCTATTGTATGTTAT
AAAAGATGGGTCAAATAATGTTCGGTGTAACCTATATTCA
TACAATAATTAAAAAAAGAAGATTATTATATATTTAAGTG
ATCATAATAAATTATATTATATTTTAAATAACCAAATACT
TCCTGATTGACAAAAGATGGTATCTCAGATATTTAAAATG
ACAGTAATCAGTACTTGTGCTACACAGTGATACTGTACTT
AAATGTGACCCTGAAACACAAAACCTTATGTTGCTCAGGT
ATATTTTTGACTATAGCAAAATACATATTGCATGGGGCAT
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GGTAAAGATCATAATCCATGAAGATAATTTGTAAATTGCC
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TTATATAGCGCATTTATTGTGTATGGCCATACACCCAAAG
CGCTTCACAATCATGAGGGGCGTCTCTCCACACCAGCACC
AGTGTGCAGCGTCCACTTGGATGATGCGACGGCAGCCACA
GGACAATGGCGCGAGTGCACTCACCACACACCAGCTTCTG
GGGAAGTGAAGAGAAAGTAATAGAACCAATTCGGTGGATG
GGGGTAATCGGGAGGCCATGATTGTAATGGCCAATGGAGA
GAATTTAGTCAGGACACCAGGGTTACACCCCTACTCTTTA
CGAGAAGTGCCATAGGATTTTTAATGGCCACAGAGAGTCA
GGACCTCAGTTTAACATCTTATTCGAAAGACAGCGCCCAC
TGACAGTGTAGTGTCCCCTTCACTTTTACTGGGGCATTAC
AGACCACAGGTTGAGCGTCTCCTGCTGGCCTCACTAAAAC
CACTTCTAACTGCAACCTGGTTTTCCTATGTGGTTCCCTG
GTTTTCCCACTCTGACCAGGCTCACCCCTGCTTAGCTTCA
GTGAGTAACCGGTCTTGATATGGCTGTGGCAAGATGATTT
ATCAATCGCCATTTCAAAACCATTACACTTACGACTGGTA
TTGTGGCTCAGGGTCACGTAGTCTTTTAAAAACGTGCTGG
ATAAATTGGCGGTTCATTCCACTGTGGTGACCCTGGATTA
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TCTTCTGTAAATCATGACAAAAAAAACTTTGACAGTCATT
ATTGTTTGCTCATTTTTTTTAATTAATCAGGACACTTCAA
TGTTTAAAATACAAACTATCACACAATGCAAAAGAATCTT
TTTTGGACACTATTTCTGCAGTTTCCGACTGTATATTAGT
GTATGTGTCCTTCAATCACTGACTAAACATTGTTTGCACA
TTAAAATGCTGGTTGTTTCTGTTGTTACACATTGATGGAG
ACCCAGAAGATGCTCACAGTCTAAAATCTCTTCTTTAAAT
CGGATCAGTAAATCAATAATTGGTGTGACTAAATATGTAA
CGAGTTTGTTGACACTTTGAACGTAAAAACAAATCCACAC
TGCTTTGATGGTAAAAGCAAACAGGACAGCAAGAAACAAA
CAAACATATCTGTAATATTCGTTTGCTTTACATTAAACTG
CTTAATCATTCA

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>tpe|OTTDART00000024278|OTTDARG00000019694|ZDB-GENE-030411-3 msrb1a|OTTDARP00000035885 sepx1-002 LG_ AL772362.8 Danio rerio protein_coding KNOWN, 3212 bp
CTGGCACACAGAAAGTTACAGTTGTGCGCTTTCAGTTGAT
CACAGTCCGTCTAAACATGTCTTTCTGTTCGTTCTCTGGA
GGGGAGATTTATAAAGATCATTTTGAGAGCGGCATGTATG
TGTGTGCTCAGTGTGGATACGAGCTCTTCTCCAGCAGATC
CAAATATGAGCACTCGTCCCCCTGGCCAGCCTTCACTGAA
ACCATCCATGAAGACAGCGTGTCTAAACAGGAGGAAAGAT
GGGGCGCCTACAAGATGTGGAAAGTGTGGAAATGGTCTTG
GCCATGAGTTTGTGAATGACGGACCCAAACACGGCCTCTC
ACGCTTCTGAATATTTAGCAGCTCTCTGAAGTTCATTCCT
AAAGTGAAGAATGAGCAACAGTAGAGCCCTGTGGATGTGA
GAGAGAGTGGATGGAGGAGCTCAGATGTGTCTACCATGTG
GATGGCGAATGAAACGTTCTGAAGAAAAGCCCAGCGAGGA
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CATTTAGATGCTCACTCGCAATTACTGCTACTGACAATCA
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CATAAGATACACTACAGGTCAAAAGTTTGGGGTCAGAATA
TTTTGTTACAACTTTAAAATGTTAGATATTTTCATTCTAA
TCAGATATGCTTTAAAATGTAATCCGTTCTTGTTTTCAGA
ATATTAGTTCAAGTTTTTTTTTTGGATTAACGAACAATGT
TATTAACATTTAAAATGTGTTCTTCCTATTTAAACATTTT
AAAGTGTCATTTTTTCCCTGTGATTTAAAGCATTTCCCTT
TACATTAAGGTTTCATTAGTAAATGCTAGTTAATGTAGTA
AATATAAGTCTTGTACATCATTTGTTAATCAAATTTTTCA
ACATTTACTAATGCATTATTAGCATCCATATCCAATGCTT
GTTAACATTTGCTAATTCACTGTGAGTTAACATGAACTTA
CAATGAACGACTGCATTTACATGACCTAATGTCACTAACA
TGAACAAATACTTTGATAAACTTGATGTGCAGTGTTTGTT
CATGTTCGTATAAATGCATTAATTAACATTAACTAATACA
ACCTTATTGTAAAGTGTTACCCAAATTTCTTGTGACACAA
CCCTTTACAAATCATCCTGATGCTCAAGAAACATTTGTTA
TTATGATTAAACAGTTTTTTGTGGACTGACTCCAAACTTT
TCAAGGCATCGCACCTTTTATCTTAGTTTTTATGGATTAT
TAGTTACTTTTTACATGTTTTTGGTTAATGTACAAATCCC
AATGCTGACTTGATCATTTATGCTGCTCCAGTTGGACATA
GAGAGATAATCTTTTGGAGTTTTTTTGCACATTAACCACA
TTAAATAATTTATGAATTTTCAAAGCCATTTTGGTGTTTG
TAAGGGAAAATTATATTTACAAAAAGCTATTGTATGTTAT
AAAAGATGGGTCAAATAATGTTCGGTGTAACCTATATTCA
TACAATAATTAAAAAAAGAAGATTATTATATATTTAAGTG
ATCATAATAAATTATATTATATTTTAAATAACCAAATACT
TCCTGATTGACAAAAGATGGTATCTCAGATATTTAAAATG
ACAGTAATCAGTACTTGTGCTACACAGTGATACTGTACTT
AAATGTGACCCTGAAACACAAAACCTTATGTTGCTCAGGT
ATATTTTTGACTATAGCAAAATACATATTGCATGGGGCAT
AATTATAGATTTTTTATGCCCAAAAATCTGAAGATTATTA
GGTAAAGATCATAATCCATGAAGATAATTTGTAAATTGCC
CTCTGTAAATATATCAAAACATAATTTTGATTTGTAATGT
GCATTACTAAACACTTAATTTTGGGCAACTATAAAGATGA
TTTTCTAAATATTTAGATTTTTCTAGATTCTAGATATTAG
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GGCTTATTTATTAAGCCTTTAGTAAGTAAGTAATGTGTAT
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CGCTTCACAATCATGAGGGGCGTCTCTCCACACCAGCACC
AGTGTGCAGCGTCCACTTGGATGATGCGACGGCAGCCACA
GGACAATGGCGCGAGTGCACTCACCACACACCAGCTTCTG
GGGAAGTGAAGAGAAAGTAATAGAACCAATTCGGTGGATG
GGGGTAATCGGGAGGCCATGATTGTAATGGCCAATGGAGA
GAATTTAGTCAGGACACCAGGGTTACACCCCTACTCTTTA
CGAGAAGTGCCATAGGATTTTTAATGGCCACAGAGAGTCA
GGACCTCAGTTTAACATCTTATTCGAAAGACAGCGCCCAC
TGACAGTGTAGTGTCCCCTTCACTTTTACTGGGGCATTAC
AGACCACAGGTTGAGCGTCTCCTGCTGGCCTCACTAAAAC
CACTTCTAACTGCAACCTGGTTTTCCTATGTGGTTCCCTG
GTTTTCCCACTCTGACCAGGCTCACCCCTGCTTAGCTTCA
GTGAGTAACCGGTCTTGATATGGCTGTGGCAAGATGATTT
ATCAATCGCCATTTCAAAACCATTACACTTACGACTGGTA
TTGTGGCTCAGGGTCACGTAGTCTTTTAAAAACGTGCTGG
ATAAATTGGCGGTTCATTCCACTGTGGTGACCCTGGATTA
TTAAAGGAACTAAGATGAAAGGAAAATGAATGAATTGATG
TCTTCTGTAAATCATGACAAAAAAAACTTTGACAGTCATT
ATTGTTTGCTCATTTTTTTTAATTAATCAGGACACTTCAA
TGTTTAAAATACAAACTATCACACAATGCAAAAGAATCTT
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GTATGTGTCCTTCAATCACTGACTAAACATTGTTTGCACA
TTAAAATGCTGGTTGTTTCTGTTGTTACACATTGATGGAG
ACCCAGAAGATGCTCACAGTCTAAAATCTCTTCTTTAAAT
CGGATCAGTAAATCAATAATTGGTGTGACTAAATATGTAA
CGAGTTTGTTGACACTTTGAACGTAAAAACAAATCCACAC
TGCTTTGATGGTAAAAGCAAACAGGACAGCAAGAAACAAA
CAAACATATCTGTAATATTCGTTTGCTTTACATTAAACTG
CTTAATCATTCA

Segment Relationships
Protein Products
No data available
Supporting Sequences
Citations