Genomic Feature

p1CH1

ID
ZDB-ALT-180226-1
Name
p1CH1
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Mullins Laboratory
Current Source
Other Pages
Notes
No data available
Genome Browser
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 19: 35199870 - 35210177 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
TCTGCTCTCACTGGTAGACACCAGCGGGAAAAAAAGAGCTTCATCTCCAGTCTGCTGCAGCCACAGAGAATATGCTGCTGCTGCTTTAGCTTCCTCCTCCTCCCTCTCTCCCTCCTCCTCTCTCTCCTTTCCTCCTATTCACGTGCTCAGCCCTCCCTCTCTCTCTCCCTCTCCTGCTCTGATGCCTGGTGAGCTCAGAGCTCCACATACACGCAAACACGCACAATAATTCAATGGCCTTCAACTGGTTGGCAGCCAATACGGCAAGAATGAATTTGTATTTGTTGCCTTGGGATTATCCCTCTCTCCTACTTTTATATTTACATATCTATAGATAATAATACACCAAACAACACACATTAGCAAAACTCTGAGGGTTGTCTGTTGCTCAATAGGACAAATACACATGATCATGGCATACAAACATACATGTGTGACATATGCTGCACAAAGGAATATTTAGCCCCCACTGGAAATTCCAGTTTGTGTGGATTCCTACAGAATTGACTGGACTTTGTCAGTGAAAATTAAGAGCACATTAGGAAGTACCTTAAGGTGCTGTAGACATGAACGTCCCCAACACAAAACACAGCACTGTGACAACATTTAATCTTAAGATTAAAAGTTGCGTATAGAAGCATGAATGTGAAGCAAGCTGATGAATTAACAAGCAATAAATCAATTACAACCATGATAATCAGCCAGCTGAGCCTGAATTTTTATTCAATGTGGCTAATTGTCATGCACCCAGAGTCCCCTGAACTGTAATTGAGCCAGTAGATCAGTTATGTTTACTGACTGAGAGACTAGAACACAGCAATCAGCTTTTTTTTTCTACGACCATAGAGCATAAGATTTCTGCACACCACAATCCTTGCCAAAAACCCTCTGGCTGGACAACCACACCTTTTATGTAACAGCCAATCAGATCCACTCTTTTTTTGTGGCAGAGACAGTTGGCACAAATGCAGCTTGAGCTAATACACTATACAGCAGTAACAATAGCCTGATTGGCATTTTCCCAATGGGGCATAATTCTAGACAGAAAAATATGAGGTCAATATGAGGGTATACAAAACAGAATTCTGAAAGGCTGCAGTTAGCCTAAATTACAGCAGTGGATTTAAAACATAGGGAAGTGTCCCAGATAGAGTGTGGGGGAGGTTGGATAAGTCTCGCTTGGCTGTCTGAAATGAATGTACAATATGCATCAAAATGGCACCTAAAGAAGTAGTTTTCTAAAGCTGTTTCCTACTGACAAATAGCAGCTTTTCCTAATAGCTCGTAATGTGCCTGTAAAATTATTAGATTTGAAGACCAATCCCTAAATAAGTCATTGATTACGTTTAAATGGACATCAGTTATTGAATTATTTACCTTAATCTGAACAAGACAATAATATGTTTAAAGTGTTTACATGAGTTACTCTTTGAATGTTCCTTTTATAATCCCGTTTTACATGTTATAGCACAGGATTCGATTAACGTCATTGCGTCACCACGTTATCCTTGTTTCTTCCGTAGTTTAATTTTGAATTTGTCGATTAACTGCGGTTTGGCACTTTCACTTTCATTCAGGAACATTTCATGCATGCCACCAAAATGCATGGTCCCTTAGAATAGTCCTAACAGCTCCCCCCCACAGCGGCGTCCCTTACTGCACTTCAGTAATGTGTCTAAAATCAGCATACTCCACATGCCTTCAATTTCTGTTTAGTTTGATTATAACTTTAGTCCAATTAAATTAATCAAAAATCACTGTTTACATGGTAGAATCTTAATCAGAGTAATGTCTTAATCAGATTATTGGTGTCCATGTAAACATACTTAATACATTACATTGAGCAATGGGATACTGATTTTTTAGACTTATAACATTAATAATTTCTAAAGAGGTTTACCATTTTTAACCAGCCTTTTAGTCCACCTTTCAATAATGTTTCTAACAAAGTAGATTCTTCATACTTTACACCAGTGGTTCCCAAAGTGGAGGTCGGGACCCCCTGGGGGGTTGCAGGACAATGACACGGGGTTGCTTGGTGATTTCCAAGAAATCAAGTCAAATAAATTTTATTAAACTAAAAGATATACCACATACTATTAATAACCAAGAAAATAAAAATAGTAGTTGATAGTTACATAAAAAACGACAACATGCAAATGAAAAGCCTACAGCCTTTCAATAGTTTTTTCATATGAATGGTGTGTTAACGTTTACAACAAAGCAATTAACAACACAGCAATAGCGTCAGCTGCAGCAGATTGATTTTATAGCACCAGGTAAAACTTTGACACTTTTATGGCAATCAAATACAATAAAATAAATACAGGCCACAACTGAACATCTGAGAATGATCTCTGAGTGGGGGTCTCCAAAATTAAGCCAAGAATAGACTTGTGCTGAAAACATTGTGCCCACCAGTCTCTTTAAGTGAGGTTAACACTAAATTAAATAAATGAATAAATCACTGTAAAAGTCATATGGTTAATATACTGTTTTTTTGTGTTGTCAATATGCTTTATATAGGCCTATTGTTGTTATGCGCAATGTTTGTATATTTATAACCACCTCTAAGAAATTTGCGGGTCACGAGTCACTGGCATTGTTATTTTGGGAGTCGTGGGCTGAAAAGTTTGGGGACCTCTGCTTTACACCATTAGAATGTTATTCTTTGTGTACTCATTTGTTGTTTCAAATACTTCTTAAGTTAAAACTTCATTCCATTTCCCCTCTCTGTCTATCCCAGTGCACAATTATTCAGACGGTTTTAGTTTTGTCGCTGAGATGCAACGTGTACTTTAAGTACCAATTACAGCAATTTGTCAAGATAATAGAGAGTTTGTTTAGAACATCTGCTACTGGTTTGAAGAATTTTGCATGCAAGTTATAAGATTTAATTACAGTGGGGAAAAGAAAATATGTAGAATGGGTTCAATTCCACATACTGTTTTTCTTCCGTCTACCTGATTTGATATTACCTATCTCTGTGAGGCCTCTGTCTCCTCAGCTCATTTCTGCTGAATCATGATTGAAAATGCTCTGGGGTCATACTAAACTCAATCTCCTTGGCAACCAGCTGCATATGTCACCTTGTGATGTCAAGAGTGTGTTGAAAATAGCATTGCCCTCTAGTGGACAGTCATAAGTAGTGCAGCTCTTTTTTATTATTAACAGTCAAATTTAAGACTTTTTAAGACCATTGCGAATGAAATTCCAGACTTTTAGACTTTTTTATATATTATATTAAAAATATGTTATTTCTTAGCAACATATTTAAATAAATTGTCAAAACAAGCAAACCCTAGATGTAAGCATACACATTTGTAACATACTGTATCTTATTTTAATGTATGCACACAGTCTGTTCAGGTCAGTTTCCTCCCCATATACAGTATGGACTATAAATACAAAGGGAAATTCGAAACAAATGTTATTGTAGAGCTGATAATTAAACCATAAGTTTTAAATAGAGATTTAAATAGATTTTTGTTGGTTTGCTTGGATTGTTGAGATTGGATGCATGTTGGCCCGATTGGGCAACTGTACTTGGATATTGGACATAGGAAAATGAAGACCCGTTTACAATTATTTAGGACCTACAAGACAAAATTTCTGTGACTTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAATTTTTGTTTTGAATTTGGTGATTTTTTAAGAGCCCACGGACACATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGGCATAATGGAAAGTAACCTATTTTTATTTTACCACTCAAAGCGTATTTCCGATATGGAAGAAAACATAACAACCATACTGCATATAGTCACACTGTGTGTGCAGCTTTTCTGTTAGCAGATTGACAGATGGATGCACTTTATGAGCCAAAACTGGAAGTACGCATTTAGAGCCTATAGTACTTCTTATAATACTGTATCCCAGAAAGCATTTGCAAAGAATAATTGGAAGCAGTTTGAATTTACATAGCTTTAAATGGACATTATTGTTGATAGGATAATTGTAGTACTAGTAGTTCTGCAGTGAATGATACACAAGTATTCCTTTCCAGGCTTAGCAATACTTAAGGCCAAACATTTTCTTTTCCAATTCTGATCAATTACTATGTAACCTACTATGAAAGTGCCTTTATAAACGAGACATTTTTTTATTTTTCCATCCAACAGTGCAGTGGGGTAGAGCAGGGATGAAAGTGACAAAGAAATTTTCTTGAAGCCCTGACAACATTTGATTCCCAGGCTATAATAACATATTCAGCGTGCAACCCTTAATGGAGCTGCCAAATATCAACTGATTTCAGGACTGTGTCCCACAGATAGCTCCAAATTTTAGTTTAGTTTAGGTGGAGAAAGTAAACTATTGTAGCAGTTTATTTTTCCTTATTACAAGTTGTGTTTATCTTTTCAAGCATCATAGTAAGGATCAGTCTACAGGTTATTTAGTGCAATAACGCATCCTTAAGTTTGCAATCTCTGAGTTTTTCAGTTTAAAAGTAAATCAGGTTTAAATGGTACTGTAAGAGTTCCTGTGGGGACGAAAGTAACACTCTTATTTATATACGCTACTGCTAATAGACAGACTTTATTTTTCACTTCCACATCAAAGTTTTCAGTGTTTTGACGAAGATATTTTCTAAAATTAAAGCATATTTCCAATAATAATACTAAATATTTAAAAATTGTAACATTTTCCATTGTTGGATTGCTTTTGAAGCATTTAATAAAACTGAAGTTAAAAATGAAAATTATGGAAATAAAGGACAAAATATGTTTGCAGTGAACATTAAAAAGGTCATAGTCAGATATATTTCAAATCAACAAGATTAAGCCAGTAAATCTAGCAAATATTGTTGTTACTTCTGAACCAGCTGTGTGTTACTTTCATCCCTGCTAACGGGGTCAAAAGTAACAATGTGCAACCTTTGTTTAAAGTGAAGTTATATTGGAGTTGTTCCACATTGATACAAAAATAACAGCACATTTTGATTGAAGAC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Variant Notes
Macf1a-CH1 domain is deleted
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
10300 bp deleted (1)
Transcript Consequence
Exon Loss of Exon 5 (1)
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
GTGTACATCCATAGATTGAGGATTTGTAGACAAAAGAAAGAGAGATAGCTGACAAGGTGCCGCTCCCTGATGCTGTCGGCTTCTCTGGTCGTGGAATCTAATTAGAACGCCACCAGGACAGGGCTGGGCAGGGTAGTTGAACCATGGCTGGATGAGGACAGGAGGGAAATCCAGAGGAATCCTCCCCAAAGCCAGAGCTGCACTGCAAGCCTCACAGAGCGGTTGCCCCAGTGTTGAAAAAAGCGCAGCTCCATCAGTCAAGCACGGCAAAATTGATCCAATTTATACGGCGCCTTCCTTTGCACAAATCAGGTGCGAATGAAAACGGGTGACTTACATGTTTGAGTCTGCAGGGTTGCGAGATCCCGATTCTGAGACTGAAAGAATACGTGTTGCTGTATATGTGGTGTGCTTCAAGAGGCCTGCGGGATAGAGAGGAAGCCCGGAGCTCCAGTAAGAACAGGTTGCATGTATGCTCTTCTCAGTTGCTGGGTAGCTCC
TCTGCTCTCACTGGTAGACACCAGCGGGAAAAAAAGAGCTTCATCTCCAGTCTGCTGCAGCCACAGAGAATATGCTGCTGCTGCTTTAGCTTCCTCCTCCTCCCTCTCTCCCTCCTCCTCTCTCTCCTTTCCTCCTATTCACGTGCTCAGCCCTCCCTCTCTCTCTCCCTCTCCTGCTCTGATGCCTGGTGAGCTCAGAGCTCCACATACACGCAAACACGCACAATAATTCAATGGCCTTCAACTGGTTGGCAGCCAATACGGCAAGAATGAATTTGTATTTGTTGCCTTGGGATTATCCCTCTCTCCTACTTTTATATTTACATATCTATAGATAATAATACACCAAACAACACACATTAGCAAAACTCTGAGGGTTGTCTGTTGCTCAATAGGACAAATACACATGATCATGGCATACAAACATACATGTGTGACATATGCTGCACAAAGGAATATTTAGCCCCCACTGGAAATTCCAGTTTGTGTGGATTCCTACAGAATTGACTGGACTTTGTCAGTGAAAATTAAGAGCACATTAGGAAGTACCTTAAGGTGCTGTAGACATGAACGTCCCCAACACAAAACACAGCACTGTGACAACATTTAATCTTAAGATTAAAAGTTGCGTATAGAAGCATGAATGTGAAGCAAGCTGATGAATTAACAAGCAATAAATCAATTACAACCATGATAATCAGCCAGCTGAGCCTGAATTTTTATTCAATGTGGCTAATTGTCATGCACCCAGAGTCCCCTGAACTGTAATTGAGCCAGTAGATCAGTTATGTTTACTGACTGAGAGACTAGAACACAGCAATCAGCTTTTTTTTTCTACGACCATAGAGCATAAGATTTCTGCACACCACAATCCTTGCCAAAAACCCTCTGGCTGGACAACCACACCTTTTATGTAACAGCCAATCAGATCCACTCTTTTTTTGTGGCAGAGACAGTTGGCACAAATGCAGCTTGAGCTAATACACTATACAGCAGTAACAATAGCCTGATTGGCATTTTCCCAATGGGGCATAATTCTAGACAGAAAAATATGAGGTCAATATGAGGGTATACAAAACAGAATTCTGAAAGGCTGCAGTTAGCCTAAATTACAGCAGTGGATTTAAAACATAGGGAAGTGTCCCAGATAGAGTGTGGGGGAGGTTGGATAAGTCTCGCTTGGCTGTCTGAAATGAATGTACAATATGCATCAAAATGGCACCTAAAGAAGTAGTTTTCTAAAGCTGTTTCCTACTGACAAATAGCAGCTTTTCCTAATAGCTCGTAATGTGCCTGTAAAATTATTAGATTTGAAGACCAATCCCTAAATAAGTCATTGATTACGTTTAAATGGACATCAGTTATTGAATTATTTACCTTAATCTGAACAAGACAATAATATGTTTAAAGTGTTTACATGAGTTACTCTTTGAATGTTCCTTTTATAATCCCGTTTTACATGTTATAGCACAGGATTCGATTAACGTCATTGCGTCACCACGTTATCCTTGTTTCTTCCGTAGTTTAATTTTGAATTTGTCGATTAACTGCGGTTTGGCACTTTCACTTTCATTCAGGAACATTTCATGCATGCCACCAAAATGCATGGTCCCTTAGAATAGTCCTAACAGCTCCCCCCCACAGCGGCGTCCCTTACTGCACTTCAGTAATGTGTCTAAAATCAGCATACTCCACATGCCTTCAATTTCTGTTTAGTTTGATTATAACTTTAGTCCAATTAAATTAATCAAAAATCACTGTTTACATGGTAGAATCTTAATCAGAGTAATGTCTTAATCAGATTATTGGTGTCCATGTAAACATACTTAATACATTACATTGAGCAATGGGATACTGATTTTTTAGACTTATAACATTAATAATTTCTAAAGAGGTTTACCATTTTTAACCAGCCTTTTAGTCCACCTTTCAATAATGTTTCTAACAAAGTAGATTCTTCATACTTTACACCAGTGGTTCCCAAAGTGGAGGTCGGGACCCCCTGGGGGGTTGCAGGACAATGACACGGGGTTGCTTGGTGATTTCCAAGAAATCAAGTCAAATAAATTTTATTAAACTAAAAGATATACCACATACTATTAATAACCAAGAAAATAAAAATAGTAGTTGATAGTTACATAAAAAACGACAACATGCAAATGAAAAGCCTACAGCCTTTCAATAGTTTTTTCATATGAATGGTGTGTTAACGTTTACAACAAAGCAATTAACAACACAGCAATAGCGTCAGCTGCAGCAGATTGATTTTATAGCACCAGGTAAAACTTTGACACTTTTATGGCAATCAAATACAATAAAATAAATACAGGCCACAACTGAACATCTGAGAATGATCTCTGAGTGGGGGTCTCCAAAATTAAGCCAAGAATAGACTTGTGCTGAAAACATTGTGCCCACCAGTCTCTTTAAGTGAGGTTAACACTAAATTAAATAAATGAATAAATCACTGTAAAAGTCATATGGTTAATATACTGTTTTTTTGTGTTGTCAATATGCTTTATATAGGCCTATTGTTGTTATGCGCAATGTTTGTATATTTATAACCACCTCTAAGAAATTTGCGGGTCACGAGTCACTGGCATTGTTATTTTGGGAGTCGTGGGCTGAAAAGTTTGGGGACCTCTGCTTTACACCATTAGAATGTTATTCTTTGTGTACTCATTTGTTGTTTCAAATACTTCTTAAGTTAAAACTTCATTCCATTTCCCCTCTCTGTCTATCCCAGTGCACAATTATTCAGACGGTTTTAGTTTTGTCGCTGAGATGCAACGTGTACTTTAAGTACCAATTACAGCAATTTGTCAAGATAATAGAGAGTTTGTTTAGAACATCTGCTACTGGTTTGAAGAATTTTGCATGCAAGTTATAAGATTTAATTACAGTGGGGAAAAGAAAATATGTAGAATGGGTTCAATTCCACATACTGTTTTTCTTCCGTCTACCTGATTTGATATTACCTATCTCTGTGAGGCCTCTGTCTCCTCAGCTCATTTCTGCTGAATCATGATTGAAAATGCTCTGGGGTCATACTAAACTCAATCTCCTTGGCAACCAGCTGCATATGTCACCTTGTGATGTCAAGAGTGTGTTGAAAATAGCATTGCCCTCTAGTGGACAGTCATAAGTAGTGCAGCTCTTTTTTATTATTAACAGTCAAATTTAAGACTTTTTAAGACCATTGCGAATGAAATTCCAGACTTTTAGACTTTTTTATATATTATATTAAAAATATGTTATTTCTTAGCAACATATTTAAATAAATTGTCAAAACAAGCAAACCCTAGATGTAAGCATACACATTTGTAACATACTGTATCTTATTTTAATGTATGCACACAGTCTGTTCAGGTCAGTTTCCTCCCCATATACAGTATGGACTATAAATACAAAGGGAAATTCGAAACAAATGTTATTGTAGAGCTGATAATTAAACCATAAGTTTTAAATAGAGATTTAAATAGATTTTTGTTGGTTTGCTTGGATTGTTGAGATTGGATGCATGTTGGCCCGATTGGGCAACTGTACTTGGATATTGGACATAGGAAAATGAAGACCCGTTTACAATTATTTAGGACCTACAAGACAAAATTTCTGTGACTTTAAGACTTTTTAAGGCCTAAATTTTTGTTTTGAATTTGGTGATTTTTTAAGAGCCCACGGACACATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGGCATAATGGAAAGTAACCTATTTTTATTTTACCACTCAAAGCGTATTTCCGATATGGAAGAAAACATAACAACCATACTGCATATAGTCACACTGTGTGTGCAGCTTTTCTGTTAGCAGATTGACAGATGGATGCACTTTATGAGCCAAAACTGGAAGTACGCATTTAGAGCCTATAGTACTTCTTATAATACTGTATCCCAGAAAGCATTTGCAAAGAATAATTGGAAGCAGTTTGAATTTACATAGCTTTAAATGGACATTATTGTTGATAGGATAATTGTAGTACTAGTAGTTCTGCAGTGAATGATACACAAGTATTCCTTTCCAGGCTTAGCAATACTTAAGGCCAAACATTTTCTTTTCCAATTCTGATCAATTACTATGTAACCTACTATGAAAGTGCCTTTATAAACGAGACATTTTTTTATTTTTCCATCCAACAGTGCAGTGGGGTAGAGCAGGGATGAAAGTGACAAAGAAATTTTCTTGAAGCCCTGACAACATTTGATTCCCAGGCTATAATAACATATTCAGCGTGCAACCCTTAATGGAGCTGCCAAATATCAACTGATTTCAGGACTGTGTCCCACAGATAGCTCCAAATTTTAGTTTAGTTTAGGTGGAGAAAGTAAACTATTGTAGCAGTTTATTTTTCCTTATTACAAGTTGTGTTTATCTTTTCAAGCATCATAGTAAGGATCAGTCTACAGGTTATTTAGTGCAATAACGCATCCTTAAGTTTGCAATCTCTGAGTTTTTCAGTTTAAAAGTAAATCAGGTTTAAATGGTACTGTAAGAGTTCCTGTGGGGACGAAAGTAACACTCTTATTTATATACGCTACTGCTAATAGACAGACTTTATTTTTCACTTCCACATCAAAGTTTTCAGTGTTTTGACGAAGATATTTTCTAAAATTAAAGCATATTTCCAATAATAATACTAAATATTTAAAAATTGTAACATTTTCCATTGTTGGATTGCTTTTGAAGCATTTAATAAAACTGAAGTTAAAAATGAAAATTATGGAAATAAAGGACAAAATATGTTTGCAGTGAACATTAAAAAGGTCATAGTCAGATATATTTCAAATCAACAAGATTAAGCCAGTAAATCTAGCAAATATTGTTGTTACTTCTGAACCAGCTGTGTGTTACTTTCATCCCTGCTAACGGGGTCAAAAGTAACAATGTGCAACCTTTGTTTAAAGTGAAGTTATATTGGAGTTGTTCCACATTGATACAAAAATAACAGCACATTTTGATTGAAGAC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TAAGAAGTCCATGTCTTTCTTTATTCAATCAAAAATAAATGAAGGTTTTAGAGGAAAACATAACATACTTCAAATGGAAC  ...
Additional Sequence
None
Fish
Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations
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